forester/ruby/evoruby/lib/evo/io/parser/hmmscan_domain_extractor.rb

   1 #
   2 # = lib/evo/io/parser/hmmscan_domain_extractor.rb - HmmscanDomainExtractor class
   3 #
   4 # Copyright::    Copyright (C) 2017 Christian M. Zmasek
   5 # License::      GNU Lesser General Public License (LGPL)
   6 #
   7 # Last modified: 2017/02/16
   8
   9 require 'lib/evo/util/constants'
  10 require 'lib/evo/msa/msa_factory'
  11 require 'lib/evo/io/msa_io'
  12 require 'lib/evo/io/writer/fasta_writer'
  13 require 'lib/evo/io/parser/fasta_parser'
  14 require 'lib/evo/io/parser/hmmscan_parser'
  15
  16 module Evoruby
  17   class HmmscanDomainExtractor
  18
  19     ADD_TO_CLOSE_PAIRS = 0
  20     def initialize
  21     end
  22
  23     # raises ArgumentError, IOError, StandardError
  24     def parse( domain_id,
  25       hmmscan_output,
  26       fasta_sequence_file,
  27       outfile,
  28       passed_seqs_outfile,
  29       failed_seqs_outfile,
  30       e_value_threshold,
  31       length_threshold,
  32       add_position,
  33       add_domain_number,
  34       add_species,
  35       min_linker,
  36       log )
  37
  38       Util.check_file_for_readability( hmmscan_output )
  39       Util.check_file_for_readability( fasta_sequence_file )
  40       Util.check_file_for_writability( outfile + ".fasta" )
  41       Util.check_file_for_writability( passed_seqs_outfile )
  42       Util.check_file_for_writability( failed_seqs_outfile )
  43
  44       in_msa = nil
  45       factory = MsaFactory.new()
  46       in_msa = factory.create_msa_from_file( fasta_sequence_file, FastaParser.new() )
  47
  48       if ( in_msa == nil || in_msa.get_number_of_seqs() < 1 )
  49         error_msg = "could not find fasta sequences in " + fasta_sequence_file
  50         raise IOError, error_msg
  51       end
  52
  53       out_msa = Msa.new
  54
  55       failed_seqs = Msa.new
  56       passed_seqs = Msa.new
  57       out_msa_pairs = nil
  58       out_msa_isolated = nil
  59       out_msa_singles = nil
  60       out_msa_single_domains_protein_seqs = nil
  61       out_msa_close_pairs_protein_seqs = nil
  62       out_msa_close_pairs_only_protein_seqs = nil
  63       out_msa_isolated_protein_seqs = nil
  64       out_msa_isolated_only_protein_seqs = nil
  65       out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs = nil
  66       if min_linker
  67         out_msa_pairs = Msa.new
  68         out_msa_isolated = Msa.new
  69         out_msa_singles = Msa.new
  70         out_msa_single_domains_protein_seqs = Msa.new
  71         out_msa_close_pairs_protein_seqs = Msa.new
  72         out_msa_close_pairs_only_protein_seqs = Msa.new
  73         out_msa_isolated_protein_seqs = Msa.new
  74         out_msa_isolated_only_protein_seqs = Msa.new
  75         out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs  = Msa.new
  76       end
  77
  78       ld = Constants::LINE_DELIMITER
  79
  80       domain_pass_counter                = 0
  81       domain_fail_counter                = 0
  82       proteins_with_failing_domains      = 0
  83       domain_not_present_counter         = 0
  84       protein_counter                    = 1
  85       max_domain_copy_number_per_protein = -1
  86       max_domain_copy_number_sequence    = ""
  87       passing_target_length_sum          = 0
  88       overall_target_length_sum          = 0
  89       overall_target_length_min          = 10000000
  90       overall_target_length_max          = 0
  91       passing_target_length_min          = 10000000
  92       passing_target_length_max          = 0
  93
  94       hmmscan_datas = []
  95
  96       hmmscan_parser = HmmscanParser.new( hmmscan_output )
  97       results = hmmscan_parser.parse
  98
  99       prev_query = nil
 100       saw_target = false
 101
 102       results.each do | r |
 103
 104         if ( prev_query != nil ) && ( r.query != prev_query )
 105           protein_counter += 1
 106           if !saw_target
 107             log << domain_not_present_counter.to_s + ": " + prev_query.to_s + " lacks target domain" + ld
 108             domain_not_present_counter += 1
 109           end
 110           saw_target = false
 111         end
 112
 113         prev_query = r.query
 114
 115         if domain_id != r.model
 116           next
 117         end
 118
 119         saw_target = true
 120
 121         sequence  = r.query
 122         number    = r.number
 123         out_of    = r.out_of
 124         env_from  = r.env_from
 125         env_to    = r.env_to
 126         i_e_value = r.i_e_value
 127         prev_query = r.query
 128
 129         length = env_to - env_from + 1
 130
 131         overall_target_length_sum += length
 132         if length > overall_target_length_max
 133           overall_target_length_max = length
 134         end
 135         if length < overall_target_length_min
 136           overall_target_length_min = length
 137         end
 138
 139         if ( ( ( e_value_threshold < 0.0 ) || ( i_e_value <= e_value_threshold ) ) &&
 140         ( ( length_threshold <= 0 ) || ( length >= length_threshold.to_f ) ) )
 141           hmmscan_datas << HmmsearchData.new( sequence, number, out_of, env_from, env_to, i_e_value )
 142           passing_target_length_sum += length
 143           if length > passing_target_length_max
 144             passing_target_length_max = length
 145           end
 146           if length < passing_target_length_min
 147             passing_target_length_min = length
 148           end
 149           if ( number > max_domain_copy_number_per_protein )
 150             max_domain_copy_number_sequence    = sequence
 151             max_domain_copy_number_per_protein = number
 152           end
 153         else # no pass
 154           log << domain_fail_counter.to_s + ": " + sequence.to_s + " fails threshold(s)"
 155           if ( ( e_value_threshold.to_f >= 0.0 ) && ( i_e_value > e_value_threshold ) )
 156             log << " iE=" + i_e_value.to_s
 157           end
 158           if ( ( length_threshold.to_f > 0 ) && ( env_to - env_from + 1 ) < length_threshold.to_f )
 159             le = env_to - env_from + 1
 160             log << " l=" + le.to_s
 161           end
 162           log << ld
 163           domain_fail_counter += 1
 164         end
 165
 166         if number > out_of
 167           error_msg = "number > out_of (this should not have happened)"
 168           raise StandardError, error_msg
 169         end
 170
 171         if number == out_of
 172           if !hmmscan_datas.empty?
 173             process_hmmscan_datas( hmmscan_datas,
 174             in_msa,
 175             add_position,
 176             add_domain_number,
 177             add_species,
 178             out_msa,
 179             out_msa_singles,
 180             out_msa_pairs,
 181             out_msa_isolated,
 182             min_linker,
 183             out_msa_single_domains_protein_seqs,
 184             out_msa_close_pairs_protein_seqs,
 185             out_msa_close_pairs_only_protein_seqs,
 186             out_msa_isolated_protein_seqs,
 187             out_msa_isolated_only_protein_seqs,
 188             out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs )
 189             domain_pass_counter += hmmscan_datas.length
 190             if passed_seqs.find_by_name_start( sequence, true ).length < 1
 191               add_sequence( sequence, in_msa, passed_seqs )
 192             else
 193               error_msg = "this should not have happened"
 194               raise StandardError, error_msg
 195             end
 196           else # no pass
 197             if failed_seqs.find_by_name_start( sequence, true ).length < 1
 198               add_sequence( sequence, in_msa, failed_seqs )
 199               proteins_with_failing_domains += 1
 200             else
 201               error_msg = "this should not have happened"
 202               raise StandardError, error_msg
 203             end
 204           end
 205           hmmscan_datas.clear
 206         end
 207
 208       end # results.each do | r |
 209
 210       if (prev_query != nil) && (!saw_target)
 211         log << domain_not_present_counter.to_s + ": " + prev_query.to_s + " lacks target domain" + ld
 212         domain_not_present_counter += 1
 213       end
 214
 215       if domain_pass_counter < 1
 216         error_msg = "no domain sequences were extracted"
 217         raise IOError, error_msg
 218       end
 219
 220       if ( domain_not_present_counter + passed_seqs.get_number_of_seqs + proteins_with_failing_domains ) != protein_counter
 221         error_msg = "not present + passing + not passing != proteins in sequence (fasta) file (this should not have happened)"
 222         raise StandardError, error_msg
 223       end
 224
 225       puts
 226       log << ld
 227
 228       log << ld
 229       avg_pass = ( passing_target_length_sum / domain_pass_counter )
 230       puts( "Passing target domain lengths: average: " + avg_pass.to_s  )
 231       log << "Passing target domain lengths: average: " + avg_pass.to_s
 232       log << ld
 233       puts( "Passing target domain lengths: min-max: " + passing_target_length_min.to_s + "-"  + passing_target_length_max.to_s)
 234       log << "Passing target domain lengths: min-max: " + passing_target_length_min.to_s + "-"  + passing_target_length_max.to_s
 235       log << ld
 236       puts( "Passing target domain lengths:     sum: " + domain_pass_counter.to_s  )
 237       log << "Passing target domain lengths:     sum: " + domain_pass_counter.to_s
 238       log << ld
 239       log << ld
 240       puts
 241       sum = domain_pass_counter + domain_fail_counter
 242       avg_all = overall_target_length_sum / sum
 243       puts( "All target domain lengths:     average: " + avg_all.to_s  )
 244       log << "All target domain lengths:     average: " +avg_all.to_s
 245       log << ld
 246       puts( "All target domain lengths:     min-max: " + overall_target_length_min.to_s + "-"  + overall_target_length_max.to_s)
 247       log << "All target domain lengths:     min-max: " + overall_target_length_min.to_s + "-"  + overall_target_length_max.to_s
 248       log << ld
 249       puts( "All target domain lengths:         sum: " + sum.to_s  )
 250       log << "All target domain lengths:         sum: " + sum.to_s
 251
 252       puts
 253       puts( "Proteins with passing target domain(s): " + passed_seqs.get_number_of_seqs.to_s )
 254       puts( "Proteins with no passing target domain: " + proteins_with_failing_domains.to_s )
 255       puts( "Proteins with no target domain        : " + domain_not_present_counter.to_s )
 256
 257       log << ld
 258       log << ld
 259       puts
 260       puts( "Max target domain copy number per protein (includes non-passing): " + max_domain_copy_number_per_protein.to_s )
 261       log << "Max target domain copy number per protein (includes non-passing): " + max_domain_copy_number_per_protein.to_s
 262       log << ld
 263
 264       if ( max_domain_copy_number_per_protein > 1 )
 265         puts( "First target protein with this copy number: " + max_domain_copy_number_sequence )
 266         log << "First target protein with this copy number: " + max_domain_copy_number_sequence
 267         log << ld
 268       end
 269
 270       write_msa( out_msa, outfile + ".fasta"  )
 271       write_msa( passed_seqs, passed_seqs_outfile )
 272       write_msa( failed_seqs, failed_seqs_outfile )
 273
 274       if out_msa_pairs
 275         write_msa( out_msa_pairs, outfile + "_" + min_linker.to_s + ".fasta")
 276       end
 277
 278       if out_msa_singles
 279         write_msa( out_msa_singles, outfile + "_singles.fasta")
 280       end
 281
 282       if out_msa_isolated
 283         write_msa( out_msa_isolated, outfile + "_" + min_linker.to_s + "_isolated.fasta");
 284       end
 285
 286       if out_msa_single_domains_protein_seqs
 287         write_msa( out_msa_single_domains_protein_seqs, outfile + "_proteins_with_singles.fasta" )
 288       end
 289
 290       if out_msa_close_pairs_protein_seqs
 291         write_msa( out_msa_close_pairs_protein_seqs, outfile + "_" + min_linker.to_s + "_proteins_close_pairs.fasta" )
 292       end
 293
 294       if out_msa_close_pairs_only_protein_seqs
 295         write_msa( out_msa_close_pairs_only_protein_seqs, outfile + "_" + min_linker.to_s + "_proteins_with_close_pairs_only.fasta" )
 296       end
 297
 298       if  out_msa_isolated_protein_seqs
 299         write_msa(  out_msa_isolated_protein_seqs, outfile + "_" + min_linker.to_s + "_proteins_with_isolated_domains.fasta" )
 300       end
 301
 302       if out_msa_isolated_only_protein_seqs
 303         write_msa( out_msa_isolated_only_protein_seqs, outfile + "_" + min_linker.to_s + "_proteins_with_isolated_domains_only.fasta" )
 304       end
 305
 306       if out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs
 307         write_msa( out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs, outfile + "_" + min_linker.to_s + "_proteins_with_isolated_and_close_pairs.fasta" )
 308       end
 309
 310       if min_linker
 311         if ( out_msa_single_domains_protein_seqs.get_number_of_seqs +
 312         out_msa_close_pairs_only_protein_seqs.get_number_of_seqs +
 313         out_msa_isolated_only_protein_seqs.get_number_of_seqs +
 314         out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs.get_number_of_seqs ) != passed_seqs.get_number_of_seqs
 315           error_msg = "this should not have happened"
 316           raise StandardError, error_msg
 317         end
 318       end
 319
 320       log << ld
 321       log << "passing target domains                       : " + domain_pass_counter.to_s + ld
 322       log << "failing target domains                       : " + domain_fail_counter.to_s + ld
 323       log << "proteins in sequence (fasta) file            : " + in_msa.get_number_of_seqs.to_s + ld
 324       log << "proteins in hmmscan outputfile               : " + protein_counter.to_s + ld
 325       log << "proteins with passing target domain(s)       : " + passed_seqs.get_number_of_seqs.to_s + ld
 326       log << "proteins with no passing target domain       : " + proteins_with_failing_domains.to_s + ld
 327       log << "proteins with no target domain               : " + domain_not_present_counter.to_s + ld
 328       if min_linker
 329         log << "min linker length                            : " + min_linker.to_s + ld
 330         log << "single domains                               : " + out_msa_singles.get_number_of_seqs.to_s + ld
 331         log << "domains in close pairs                       : " + (2 * out_msa_pairs.get_number_of_seqs).to_s + ld
 332         log << "isolated domains                             : " + out_msa_isolated.get_number_of_seqs.to_s + ld
 333         log << "proteins with single domains                 : " + out_msa_single_domains_protein_seqs.get_number_of_seqs.to_s + ld
 334         log << "proteins with close pair domains             : " + out_msa_close_pairs_protein_seqs.get_number_of_seqs.to_s + ld
 335         log << "proteins with close pair domains only        : " + out_msa_close_pairs_only_protein_seqs.get_number_of_seqs.to_s + ld
 336         log << "proteins with isolated domains               : " + out_msa_isolated_protein_seqs.get_number_of_seqs.to_s + ld
 337         log << "proteins with isolated domains only          : " + out_msa_isolated_only_protein_seqs.get_number_of_seqs.to_s + ld
 338         log << "proteins with close pair and isolated domains: " + out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs.get_number_of_seqs.to_s + ld
 339       end
 340
 341       log << ld
 342
 343       return domain_pass_counter
 344
 345     end # parse
 346
 347     private
 348
 349     def write_msa( msa, filename )
 350       io = MsaIO.new()
 351       w = FastaWriter.new()
 352       w.set_line_width( 60 )
 353       w.clean( true )
 354       begin
 355         io.write_to_file( msa, filename, w )
 356       rescue Exception
 357         error_msg = "could not write to \"" + filename + "\""
 358         raise IOError, error_msg
 359       end
 360     end
 361
 362     def add_sequence( sequence_name, in_msa, add_to_msa )
 363       seqs = in_msa.find_by_name_start( sequence_name, true )
 364       if ( seqs.length < 1 )
 365         error_msg = "sequence \"" + sequence_name + "\" not found in sequence file"
 366         raise StandardError, error_msg
 367       end
 368       if ( seqs.length > 1 )
 369         error_msg = "sequence \"" + sequence_name + "\" not unique in sequence file"
 370         raise StandardError, error_msg
 371       end
 372       seq = in_msa.get_sequence( seqs[ 0 ] )
 373       add_to_msa.add_sequence( seq )
 374     end
 375
 376     def process_hmmscan_datas( hmmscan_datas,
 377       in_msa,
 378       add_position,
 379       add_domain_number,
 380       add_species,
 381       out_msa,
 382       out_msa_singles,
 383       out_msa_pairs,
 384       out_msa_isolated,
 385       min_linker,
 386       out_msa_single_domains_protein_seqs,
 387       out_msa_close_pairs_protein_seqs,
 388       out_msa_close_pairs_only_protein_seqs,
 389       out_msa_isolated_protein_seqs,
 390       out_msa_isolated_only_protein_seqs,
 391       out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs )
 392
 393       actual_out_of = hmmscan_datas.size
 394       saw_close_pair = false
 395       saw_isolated = false
 396
 397       seq_name = ""
 398       prev_seq_name = nil
 399
 400       hmmscan_datas.each_with_index do |hmmscan_data, index|
 401         if hmmscan_data.number < ( index + 1 )
 402           error_msg = "hmmscan_data.number < ( index + 1 ) (this should not have happened)"
 403           raise StandardError, error_msg
 404         end
 405
 406         seq_name =  hmmscan_data.seq_name
 407
 408         extract_domain( seq_name,
 409         index + 1,
 410         actual_out_of,
 411         hmmscan_data.env_from,
 412         hmmscan_data.env_to,
 413         in_msa,
 414         out_msa,
 415         add_position,
 416         add_domain_number,
 417         add_species )
 418
 419         if min_linker
 420           if actual_out_of == 1
 421             extract_domain( seq_name,
 422             1,
 423             1,
 424             hmmscan_data.env_from,
 425             hmmscan_data.env_to,
 426             in_msa,
 427             out_msa_singles,
 428             add_position,
 429             add_domain_number,
 430             add_species )
 431             if out_msa_single_domains_protein_seqs.find_by_name_start( seq_name, true ).length < 1
 432               add_sequence( seq_name, in_msa, out_msa_single_domains_protein_seqs )
 433             else
 434               error_msg = "this should not have happened"
 435               raise StandardError, error_msg
 436             end
 437
 438           else
 439             first = index == 0
 440             last = index == hmmscan_datas.length - 1
 441
 442             if ( ( first && ( ( hmmscan_datas[ index + 1 ].env_from - hmmscan_data.env_to ) > min_linker) )  ||
 443             ( last && ( ( hmmscan_data.env_from - hmmscan_datas[ index - 1 ].env_to ) > min_linker ) ) ||
 444             ( !first && !last &&  ( ( hmmscan_datas[ index + 1 ].env_from - hmmscan_data.env_to ) > min_linker ) &&
 445             ( ( hmmscan_data.env_from - hmmscan_datas[ index - 1 ].env_to ) > min_linker ) ) )
 446
 447               extract_domain( seq_name,
 448               index + 1,
 449               actual_out_of,
 450               hmmscan_data.env_from,
 451               hmmscan_data.env_to,
 452               in_msa,
 453               out_msa_isolated,
 454               add_position,
 455               add_domain_number,
 456               add_species )
 457               saw_isolated = true
 458
 459             elsif !first
 460
 461               from = hmmscan_datas[ index - 1 ].env_from
 462               to = hmmscan_data.env_to
 463
 464               if ADD_TO_CLOSE_PAIRS > 0
 465                 from = from - ADD_TO_CLOSE_PAIRS
 466                 if from < 1
 467                   from = 1
 468                 end
 469                 to = to + ADD_TO_CLOSE_PAIRS
 470                 temp_seqs = in_msa.find_by_name_start( seq_name, true )
 471                 temp_seq = in_msa.get_sequence( temp_seqs[ 0 ] )
 472                 if to >  temp_seq.get_length
 473                   to =  temp_seq.get_length
 474                 end
 475               end
 476
 477               extract_domain( seq_name,
 478               index.to_s  + "+" + ( index + 1 ).to_s,
 479               actual_out_of,
 480               from,
 481               to,
 482               in_msa,
 483               out_msa_pairs,
 484               add_position,
 485               add_domain_number,
 486               add_species )
 487               saw_close_pair = true
 488             end
 489           end
 490         end
 491         if prev_seq_name && prev_seq_name != seq_name
 492           error_msg = "this should not have happened"
 493           raise StandardError, error_msg
 494         end
 495         prev_seq_name = seq_name
 496       end # each
 497       if saw_isolated
 498         if out_msa_isolated_protein_seqs.find_by_name_start( seq_name, true ).length < 1
 499           add_sequence( seq_name, in_msa, out_msa_isolated_protein_seqs )
 500         else
 501           error_msg = "this should not have happened"
 502           raise StandardError, error_msg
 503         end
 504       end
 505       if saw_close_pair
 506         if out_msa_close_pairs_protein_seqs.find_by_name_start( seq_name, true ).length < 1
 507           add_sequence( seq_name, in_msa, out_msa_close_pairs_protein_seqs )
 508         else
 509           error_msg = "this should not have happened"
 510           raise StandardError, error_msg
 511         end
 512       end
 513       if saw_close_pair && saw_isolated
 514         if out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs.find_by_name_start( seq_name, true ).length < 1
 515           add_sequence( seq_name, in_msa, out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs )
 516         else
 517           error_msg = "this should not have happened"
 518           raise StandardError, error_msg
 519         end
 520       elsif saw_close_pair
 521         if out_msa_close_pairs_only_protein_seqs.find_by_name_start( seq_name, true ).length < 1
 522           add_sequence( seq_name, in_msa, out_msa_close_pairs_only_protein_seqs )
 523         else
 524           error_msg = "this should not have happened"
 525           raise StandardError, error_msg
 526         end
 527       elsif saw_isolated
 528         if out_msa_isolated_only_protein_seqs.find_by_name_start( seq_name, true ).length < 1
 529           add_sequence( seq_name, in_msa, out_msa_isolated_only_protein_seqs )
 530         else
 531           error_msg = "this should not have happened"
 532           raise StandardError, error_msg
 533         end
 534       end
 535     end # def process_hmmscan_data
 536
 537     def extract_domain( sequence,
 538       number,
 539       out_of,
 540       seq_from,
 541       seq_to,
 542       in_msa,
 543       out_msa,
 544       add_position,
 545       add_domain_number,
 546       add_species )
 547       if number.is_a?( Fixnum ) && ( number < 1 || out_of < 1 || number > out_of )
 548         error_msg = "number=" + number.to_s + ", out of=" + out_of.to_s
 549         raise StandardError, error_msg
 550       end
 551       if seq_from < 1 || seq_to < 1 || seq_from >= seq_to
 552         error_msg = "impossible: seq-from=" + seq_from.to_s + ", seq-to=" + seq_to.to_s
 553         raise StandardError, error_msg
 554       end
 555       seqs = in_msa.find_by_name_start( sequence, true )
 556       if seqs.length < 1
 557         error_msg = "sequence \"" + sequence + "\" not found in sequence file"
 558         raise IOError, error_msg
 559       end
 560       if seqs.length > 1
 561         error_msg = "sequence \"" + sequence + "\" not unique in sequence file"
 562         raise IOError, error_msg
 563       end
 564       # hmmscan is 1 based, whereas sequences are 0 bases in this package.
 565       seq = in_msa.get_sequence( seqs[ 0 ] ).get_subsequence( seq_from - 1, seq_to - 1 )
 566
 567       orig_name = seq.get_name
 568
 569       seq.set_name( orig_name.split[ 0 ] )
 570
 571       if add_position
 572         seq.set_name( seq.get_name + "_" + seq_from.to_s + "-" + seq_to.to_s )
 573       end
 574
 575       if out_of != 1 && add_domain_number
 576         seq.set_name( seq.get_name + "~" + number.to_s + "-" + out_of.to_s )
 577       end
 578
 579       if add_species
 580         a = orig_name.rindex "["
 581         b = orig_name.rindex "]"
 582         unless a && b
 583           error_msg = "species not found in " + orig_name
 584           raise StandardError, error_msg
 585         end
 586         species = orig_name[ a .. b ]
 587         seq.set_name( seq.get_name + " " + species )
 588       end
 589       out_msa.add_sequence( seq )
 590     end
 591
 592     def is_ignorable?( line )
 593       return ( line !~ /[A-Za-z0-9-]/ || line =~/^#/ )
 594     end
 595
 596   end # class HmmscanDomainExtractor
 597
 598   class HmmsearchData
 599     def initialize( seq_name, number, out_of, env_from, env_to, i_e_value )
 600       @seq_name = seq_name
 601       @number = number
 602       @out_of = out_of
 603       @env_from = env_from
 604       @env_to = env_to
 605       @i_e_value = i_e_value
 606     end
 607     attr_reader :seq_name, :number, :out_of, :env_from, :env_to, :i_e_value
 608   end
 609
 610 end # module Evoruby
 611