forester/ruby/evoruby/lib/evo/io/parser/hmmscan_parser.rb

   1 #
   2 # = lib/evo/io/parser/hmmscan_parser.rb - HmmscanParser class
   3 #
   4 # Copyright::    Copyright (C) 2017 Christian M. Zmasek
   5 # License::      GNU Lesser General Public License (LGPL)
   6 #
   7 # Last modified: 2017/02/12
   8
   9 class HmmscanParser
  10   def initialize file
  11     @file = file
  12   end
  13
  14   def parse
  15     results = []
  16     File.open( @file ).each do | line |
  17       line.strip!
  18       if !line.empty? && line[ 0 ] != "#"
  19         results << parse_line( line )
  20       end
  21     end
  22     results
  23   end
  24
  25   def parse_line( line )
  26     #         tn      acc     tlen    query   acc     qlen    Evalue  score   bias    #       of      c-E     i-E     score   bias    hf      ht      af      at      ef      et      acc     desc
  27     #         1       2       3       4       5       6       7       8       9       10      11      12      13      14      15      16      17      18      19      20      21      22      23
  28     if line =~ /^(\S+)\s+(\S+)\s+(\d+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\d+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\S+)\s+(.*)/
  29
  30       r = HmmscanResult.new
  31
  32       r.model      = $1
  33       r.tlen       = $3.to_i
  34       r.query      = $4
  35       r.qlen       = $6.to_i
  36
  37       r.fs_e_value = $7.to_f
  38       r.fs_score   = $8.to_f
  39
  40       r.number     = $10.to_i
  41       r.out_of     = $11.to_i
  42
  43       r.c_e_value  = $12.to_f
  44       r.i_e_value  = $13.to_f
  45       r.score      = $14.to_f
  46
  47       r.hmm_from   = $16.to_i
  48       r.hmm_to     = $17.to_i
  49
  50       r.ali_from   = $18.to_i
  51       r.ali_to     = $19.to_i
  52
  53       r.env_from   = $20.to_i
  54       r.env_to     = $21.to_i
  55
  56       r.desc       = $23
  57
  58       if r.number > r.out_of || r.hmm_from > r.hmm_to || r.ali_from > r.ali_to || r.env_from > r.env_to
  59         raise IOError, "illogical format: " + line
  60       end
  61
  62       r
  63     else
  64       raise IOError, "illegal format: " + line
  65     end
  66   end
  67 end
  68
  69 class HmmscanResult
  70
  71   attr_accessor :model
  72   attr_accessor :tlen
  73   attr_accessor :query
  74   attr_accessor :qlen
  75   attr_accessor :fs_e_value
  76   attr_accessor :fs_score
  77   attr_accessor :number
  78   attr_accessor :out_of
  79   attr_accessor :c_e_value
  80   attr_accessor :i_e_value
  81   attr_accessor :score
  82   attr_accessor :hmm_from
  83   attr_accessor :hmm_to
  84   attr_accessor :ali_from
  85   attr_accessor :ali_to
  86   attr_accessor :env_from
  87   attr_accessor :env_to
  88   attr_accessor :desc
  89
  90 end