forester/ruby/evoruby/lib/evo/io/parser/hmmscan_parser.rb

   1 #
   2 # To change this template, choose Tools | Templates
   3 # and open the template in the editor.
   4
   5
   6 class HmmscanParser
   7
   8   def initialize file
   9     @file = file
  10   end
  11
  12   def parse
  13     results = []
  14     File.open( @file ).each do | line |
  15       line.strip!
  16       if !line.empty? && line[ 0 ] != "#"
  17         results << parse_line( line )
  18       end
  19     end
  20     results
  21   end
  22
  23   def parse_line( line )
  24     #         tn      acc     tlen    query   acc     qlen    Evalue  score   bias    #       of      c-E     i-E     score   bias    hf      ht      af      at      ef      et      acc     desc
  25     #         1       2       3       4       5       6       7       8       9       10      11      12      13      14      15      16      17      18      19      20      21      22      23
  26     if line =~ /^(\S+)\s+(\S+)\s+(\d+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\d+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\S+)\s+(.*)/
  27
  28       r = HmmscanResult.new
  29
  30       r.model      = $1
  31       r.tlen       = $3.to_i
  32       r.query      = $4
  33       r.qlen       = $6.to_i
  34
  35       r.fs_e_value = $7.to_f
  36       r.fs_score   = $8.to_f
  37
  38       r.number     = $10.to_i
  39       r.out_of     = $11.to_i
  40
  41       r.c_e_value  = $12.to_f
  42       r.i_e_value  = $13.to_f
  43       r.score      = $14.to_f
  44
  45       r.hmm_from   = $16.to_i
  46       r.hmm_to     = $17.to_i
  47
  48       r.ali_from   = $18.to_i
  49       r.ali_to     = $19.to_i
  50
  51       r.env_from   = $20.to_i
  52       r.env_to     = $21.to_i
  53
  54       if r.number > r.out_of || r.hmm_from > r.hmm_to || r.ali_from > r.ali_to || r.env_from > r.env_to
  55         raise IOError, "illogical format: " + line
  56       end
  57
  58       r
  59     else
  60       raise IOError, "illegal format: " + line
  61     end
  62   end
  63 end
  64
  65 class HmmscanResult
  66
  67   attr_accessor :model
  68   attr_accessor :tlen
  69   attr_accessor :query
  70   attr_accessor :qlen
  71   attr_accessor :fs_e_value
  72   attr_accessor :fs_score
  73   attr_accessor :number
  74   attr_accessor :out_of
  75   attr_accessor :c_e_value
  76   attr_accessor :i_e_value
  77   attr_accessor :score
  78   attr_accessor :hmm_from
  79   attr_accessor :hmm_to
  80   attr_accessor :ali_from
  81   attr_accessor :ali_to
  82   attr_accessor :env_from
  83   attr_accessor :env_to
  84
  85 end