forester/ruby/evoruby/lib/evo/io/parser/sp_taxonomy_parser.rb

   1 #
   2 # = lib/evo/io/parser/sp_taxonomy_parser - SpTaxonomyParser class
   3 #
   4 # Copyright::  Copyright (C) 2006-2007 Christian M. Zmasek
   5 # License::    GNU Lesser General Public License (LGPL)
   6 #
   7 # $Id: sp_taxonomy_parser.rb,v 1.2 2008/12/31 03:21:45 cmzmasek Exp $
   8
   9
  10 module Evoruby
  11
  12     require 'lib/evo/taxonomy/sp_taxonomy'
  13
  14     class SpTaxonomyParser
  15
  16         START_OF_COMMENT_LINE_CHAR = "#"
  17
  18         # raises ArgumentError
  19         def SpTaxonomyParser.parse( path )
  20             Util.check_file_for_readability( path )
  21             row = 0
  22             sp_taxonomies = Array.new
  23             File.open( path ) do | file |
  24                 while line = file.gets
  25                     row += 1
  26                     if !Util.is_string_empty?( line )
  27                         if line =~ /([A-Z0-9]{3,5})\s+[A-Z]\s+(\d+):\s+N=(.+)/
  28                             code = $1
  29                             id = $2
  30                             sci_name = $3
  31                             tax = SpTaxonomy.new(code, id, sci_name )
  32                             #puts tax.to_str
  33                             sp_taxonomies.push( tax )
  34                         end
  35                     end
  36                 end
  37             end
  38             sp_taxonomies
  39         end
  40     end # class SpTaxonomyParser
  41
  42 end # module Evoruby