forester/ruby/evoruby/lib/evo/io/parser/uniprot_parser.rb

   1 #
   2 # = lib/evo/io/parser/uniprot_parser - UniprotParser class
   3 #
   4 # Copyright::  Copyright (C) 2012 Christian M. Zmasek
   5 # License::    GNU Lesser General Public License (LGPL)
   6 #
   7 # $Id:  Exp $
   8 #
   9 # last modified: 121003
  10
  11
  12 #require 'iconv'
  13
  14
  15 require 'lib/evo/util/util'
  16
  17 module Evoruby
  18
  19   class UniprotParser
  20
  21     ID = "ID"
  22     DE = "DE"
  23     DR = "DR"
  24     LAST = '//'
  25
  26     def initialize file
  27       Util.check_file_for_readability file
  28       @file = file
  29     end
  30
  31
  32
  33     def parse( ids )
  34       #ic = Iconv.new( 'UTF-8//IGNORE', 'UTF-8' )
  35       entries = []
  36       de = []
  37       dr = []
  38       read = false
  39       File.open( @file ).each do | line |
  40         if line.index ID == 0
  41           ids.each do | id |
  42             if line.index id == 0
  43               read = true
  44               break
  45             end
  46           end
  47         end
  48         if read
  49           if line.index LAST == 0
  50             read = false
  51             e = UniprotEntry.new
  52             e.de = de
  53             e.dr = dr
  54             entries << e
  55             de = []
  56             dr = []
  57           else
  58             if line.index DE == 0
  59               add( line, de )
  60             elsif line.index DR == 0
  61               add( line, dr )
  62             end
  63           end
  64         end
  65       end
  66       entries
  67     end
  68
  69     private
  70
  71     def add( line, ary )
  72       line =~/[A-Z]{2}\s+(.+)/
  73       ary << $1
  74     end
  75
  76
  77   end # class UniprotParser
  78
  79   class UniprotEntry
  80
  81     attr_accessor :id
  82     attr_accessor :ac
  83     attr_accessor :de
  84     attr_accessor :gn
  85     attr_accessor :os
  86     attr_accessor :ox
  87     attr_accessor :dr
  88     attr_accessor :pe
  89     attr_accessor :kw
  90
  91   end
  92
  93
  94 end # module Evoruby