forester/ruby/evoruby/lib/evo/io/parser/uniprot_parser.rb

   1 #
   2 # = lib/evo/io/parser/uniprot_parser - UniprotParser class
   3 #
   4 # Copyright::  Copyright (C) 2012 Christian M. Zmasek
   5 # License::    GNU Lesser General Public License (LGPL)
   6 #
   7 # $Id:  Exp $
   8 #
   9 # last modified: 121003
  10
  11
  12 #require 'iconv'
  13
  14
  15 require 'lib/evo/util/util'
  16
  17 module Evoruby
  18
  19   class UniprotParser
  20
  21     ID = "ID"
  22     DE = "DE"
  23     DR = "DR"
  24     LAST = '//'
  25
  26     def initialize
  27
  28     end
  29
  30
  31     def parse( lines )
  32       de = []
  33       dr = []
  34       id = nil
  35       lines.each do | line |
  36
  37         if line.include?( ID ) && line.index( ID ) == 0
  38           id = line.split[ 1 ]
  39         elsif id != nil
  40           if line.include?( LAST ) && line.index( LAST ) == 0
  41             e = UniprotEntry.new
  42             e.id = id
  43             e.de = de
  44             e.dr = dr
  45             return e
  46           else
  47             if line.include?( DE ) && line.index( DE ) == 0
  48               add( line, de )
  49             elsif line.include?( DR ) && line.index( DR ) == 0
  50               add( line, dr )
  51             end
  52           end
  53         end
  54       end
  55       return nil
  56     end
  57
  58     private
  59
  60     def add( line, ary )
  61       line =~/[A-Z]{2}\s+(.+)/
  62       ary << $1
  63     end
  64
  65
  66   end # class UniprotParser
  67
  68   class UniprotEntry
  69
  70     attr_accessor :id
  71     attr_accessor :ac
  72     attr_accessor :de
  73     attr_accessor :gn
  74     attr_accessor :os
  75     attr_accessor :ox
  76     attr_accessor :dr
  77     attr_accessor :pe
  78     attr_accessor :kw
  79
  80     def get_pdb_ids
  81       ids = []
  82       if dr != nil
  83         dr.each do | dr |
  84           if dr != nil
  85             if dr =~ /PDB;\s+([A-Z0-9]{4});/
  86               ids << $1
  87             end
  88           end
  89         end
  90       end
  91       ids
  92     end
  93
  94     def get_go_descriptions
  95       gos = []
  96       if dr != nil
  97         dr.each do | dr |
  98           if dr != nil
  99             if dr =~ /GO;\s+GO:\d+(.+);\s+([^;]+)/
 100               gos << $1
 101             end
 102           end
 103         end
 104       end
 105       gos
 106     end
 107
 108     def get_full_name
 109      # DE   RecName: Full=Apoptosis regulator Bcl-2;
 110     end
 111
 112
 113      def get_reactome_descriptions
 114       s = []
 115       if dr != nil
 116         dr.each do | dr |
 117           if dr != nil
 118             if dr =~ /Reactome;\s+REACT_\d+;\s+([^.]+)/
 119               s << $1
 120             end
 121           end
 122         end
 123       end
 124       s
 125     end
 126
 127
 128   end
 129
 130
 131
 132
 133
 134
 135
 136
 137 end # module Evoruby