forester/ruby/evoruby/lib/evo/io/parser/uniprot_parser.rb

   1 #
   2 # = lib/evo/io/parser/uniprot_parser - UniprotParser class
   3 #
   4 # Copyright::  Copyright (C) 2012 Christian M. Zmasek
   5 # License::    GNU Lesser General Public License (LGPL)
   6 #
   7 # $Id:  Exp $
   8 #
   9 # last modified: 121003
  10
  11
  12 #require 'iconv'
  13
  14
  15 require 'lib/evo/util/util'
  16
  17 module Evoruby
  18
  19   class UniprotParser
  20
  21     ID = "ID"
  22     DE = "DE"
  23     DR = "DR"
  24     LAST = '//'
  25
  26     def initialize file
  27       Util.check_file_for_readability file
  28       @file = file
  29     end
  30
  31
  32
  33     def parse( ids )
  34       #ic = Iconv.new( 'UTF-8//IGNORE', 'UTF-8' )
  35       entries = []
  36       de = []
  37       dr = []
  38       read = false
  39       File.open( @file ).each do | line |
  40         if line.index( ID ) == 0
  41           puts line
  42           ids.each do | id |
  43             puts " " + id
  44             if line.index( id ) == 0
  45               read = true
  46               break
  47             end
  48           end
  49         end
  50         if read
  51           if line.index LAST == 0
  52             read = false
  53             e = UniprotEntry.new
  54             e.de = de
  55             e.dr = dr
  56             entries[ id ] = e
  57             de = []
  58             dr = []
  59           else
  60             if line.index DE == 0
  61               add( line, de )
  62             elsif line.index DR == 0
  63               add( line, dr )
  64             end
  65           end
  66         end
  67       end
  68       entries
  69     end
  70
  71     private
  72
  73     def add( line, ary )
  74       line =~/[A-Z]{2}\s+(.+)/
  75       ary << $1
  76     end
  77
  78
  79   end # class UniprotParser
  80
  81   class UniprotEntry
  82
  83     attr_accessor :id
  84     attr_accessor :ac
  85     attr_accessor :de
  86     attr_accessor :gn
  87     attr_accessor :os
  88     attr_accessor :ox
  89     attr_accessor :dr
  90     attr_accessor :pe
  91     attr_accessor :kw
  92
  93   end
  94
  95
  96 end # module Evoruby