forester/ruby/evoruby/lib/evo/io/parser/uniprot_parser.rb

   1 #
   2 # = lib/evo/io/parser/uniprot_parser - UniprotParser class
   3 #
   4 # Copyright::  Copyright (C) 2012 Christian M. Zmasek
   5 # License::    GNU Lesser General Public License (LGPL)
   6 #
   7 # $Id:  Exp $
   8 #
   9 # last modified: 121003
  10
  11
  12 #require 'iconv'
  13
  14
  15 require 'lib/evo/util/util'
  16
  17 module Evoruby
  18
  19   class UniprotParser
  20
  21     ID = "ID"
  22     DE = "DE"
  23     DR = "DR"
  24     LAST = '//'
  25
  26     def initialize file
  27       Util.check_file_for_readability file
  28       @file = file
  29     end
  30
  31
  32     def parse( ids )
  33       entries = Hash.new
  34       de = []
  35       dr = []
  36       id = nil
  37       File.open( @file ).each do | line |
  38         if line.index( ID ) == 0
  39           #   puts line
  40           ids.each do | i |
  41             #puts " " + i
  42             if line.include?( i ) && line.split[ 1 ] == i
  43               id = i
  44               break
  45             end
  46           end
  47         end
  48         if id != nil
  49           if line.include?( LAST ) && line.index( LAST ) == 0
  50             e = UniprotEntry.new
  51             e.de = de
  52             e.dr = dr
  53             entries[ id ] = e
  54             puts id
  55             id = nil
  56             de = []
  57             dr = []
  58           else
  59             if line.include?( DE ) && line.index( DE ) == 0
  60               add( line, de )
  61             elsif line.include?( DR ) && line.index( DR ) == 0
  62               add( line, dr )
  63             end
  64           end
  65         end
  66       end
  67       entries
  68     end
  69
  70     private
  71
  72     def add( line, ary )
  73       line =~/[A-Z]{2}\s+(.+)/
  74       ary << $1
  75     end
  76
  77
  78   end # class UniprotParser
  79
  80   class UniprotEntry
  81
  82     attr_accessor :id
  83     attr_accessor :ac
  84     attr_accessor :de
  85     attr_accessor :gn
  86     attr_accessor :os
  87     attr_accessor :ox
  88     attr_accessor :dr
  89     attr_accessor :pe
  90     attr_accessor :kw
  91
  92   end
  93
  94
  95 end # module Evoruby