forester/ruby/scripts/bioruby_examples/msa_1.rb

   1 require 'rubygems'
   2 require 'bio'
   3
   4 # creating a Bio::Sequence::NA object containing ambiguous alphabets
   5 #as = Bio::Sequence::NA.new("atgcyrwskmbdhvn")
   6
   7 #print as.to_s
   8
   9 #print "\n"
  10
  11
  12 #seq1 = Bio::Sequence::AA.new("gggggg")
  13 #seq2 = Bio::Sequence::AA.new("ggggt")
  14 #seq3 = Bio::Sequence::AA.new("ggt")
  15
  16
  17
  18 seq1 = "KMLFGVVFFFGG"
  19 seq2 ="LMGGHHF"
  20 seq3 = "GKKKKGHHHGHRRRGR"
  21 seq4 = "KKKGHHHGHRERGR"
  22 seqs = [ seq1, seq2, seq3, seq4 ]
  23
  24
  25 # MAFFT
  26 options = [ '--maxiterate', '1000', '--localpair' ]
  27 mafft = Bio::MAFFT.new('/home/zma/SOFTWARE/mafft-6.847-without-extensions/scripts/mafft', options )
  28 report = mafft.query_align( seqs)
  29 #puts report.alignment.output_fasta
  30 report.alignment.each { |x| puts x.to_s }
  31 puts 'OK'
  32 puts
  33
  34 #clustalw
  35 clustalw = Bio::ClustalW.new('/home/zma/SOFTWARE/clustalw-2.1/src/clustalw2' )
  36 report = clustalw.query_align( seqs)
  37 #puts report.alignment.output_fasta.to_s
  38 report.alignment.each { |x| puts x.to_s }
  39 puts 'OK'
  40 puts
  41
  42 #muscle
  43 options = [ '-quiet', '-maxiters', '64' ]
  44 muscle = Bio::Muscle.new('/home/zma/SOFTWARE/muscle3.8.31/src/muscle', options )
  45 report = muscle.query_align( seqs)
  46 #puts report.alignment.output_fasta.to_s
  47 report.alignment.each { |x| puts x.to_s }
  48 puts 'OK'
  49 puts