forester/ruby/scripts/bioruby_examples/msa_1.rb

   1 require 'rubygems'
   2 require 'bio'
   3
   4 # creating a Bio::Sequence::NA object containing ambiguous alphabets
   5 #as = Bio::Sequence::NA.new("atgcyrwskmbdhvn")
   6
   7 #print as.to_s
   8
   9 #print "\n"
  10
  11
  12 #seq1 = Bio::Sequence::AA.new("gggggg")
  13 #seq2 = Bio::Sequence::AA.new("ggggt")
  14 #seq3 = Bio::Sequence::AA.new("ggt")
  15
  16
  17
  18 seqs = [ "KMLFGVVFFFGG",
  19          "LMGGHHF",
  20          "GKKKKGHHHGHRRRGR",
  21          "KKKKGHHHGHRRRGR" ]
  22
  23
  24 # MAFFT
  25 options = [ '--maxiterate', '1000', '--localpair' ]
  26 mafft = Bio::MAFFT.new('/home/zma/SOFTWARE/mafft-6.847-without-extensions/scripts/mafft', options )
  27 report = mafft.query_align( seqs)
  28
  29 # Accesses the actual alignment
  30 align = report.alignment
  31
  32 # Prints each sequence to the console.
  33 align.each { |s| puts s.to_s }
  34
  35
  36 puts 'MAFFT OK'
  37 puts
  38
  39 #clustalw
  40 clustalw = Bio::ClustalW.new('/home/zma/SOFTWARE/clustalw-2.1/src/clustalw2' )
  41 report = clustalw.query_align( seqs)
  42 #puts report.alignment.output_fasta.to_s
  43 report.alignment.each { |x| puts x.to_s }
  44 puts 'OK'
  45 puts
  46
  47 #muscle
  48 options = [ '-quiet', '-maxiters', '64' ]
  49 muscle = Bio::Muscle.new('/home/zma/SOFTWARE/muscle3.8.31/src/muscle', options )
  50 report = muscle.query_align( seqs)
  51 #puts report.alignment.output_fasta.to_s
  52 report.alignment.each { |x| puts x.to_s }
  53 puts 'OK'
  54 puts