forester/ruby/scripts/clean_fasta.rb

   1 require 'fileutils'
   2
   3 infile = ARGV[ 0 ]
   4
   5 File.open(infile, 'r') do |f|
   6    while line = f.gets
   7        if line =~ /(>.+)~.+/
   8           line = $1
   9        elsif line =~ /(>.+)|NAME=.+/
  10            line = $1
  11        end
  12        puts line
  13    end
  14 end
  15
  16
  17