forester/ruby/scripts/delete_ext_nodes.rb

   1 #!/usr/local/bin/ruby -w
   2
   3 infile = ARGV[ 0 ]
   4
   5 metazoa_choanoflagellata = [
   6 "Metazoa_Choanoflagellata",
   7 "Metazoa",
   8 "Bilateria_Cnidaria",
   9 "Bilateria",
  10 "Deuterostomia",
  11 "Chordata",
  12 "Urochordata_Vertebrata",
  13 "Vertebrata",
  14 "Tetrapoda",
  15 "Amniota",
  16 "Eutheria",
  17 "Euarchontoglires",
  18 "Primates",
  19 "Rodentia",
  20 "Teleostei",
  21 "Euteleostei",
  22 "Smegmamorpha",
  23 "Tetraodontiformes",
  24 "Urochordata",
  25 "Ascidiacea",
  26 "Urochordata",
  27 "Protostomia",
  28 "Ecdysozoa",
  29 "Arthropoda",
  30 "Insecta",
  31 "Lepidoptera_Diptera_Hymenoptera",
  32 "Diptera",
  33 "Culicoidea",
  34 "Hymenoptera",
  35 "Nematoda",
  36 "Annelida_Mollusca",
  37 "Annelida" ]
  38
  39 if infile == nil
  40  puts "no infile"
  41  exit
  42 end
  43
  44 File.open( infile ) do | file |
  45     while line = file.gets
  46         if line =~ /^[0-9A-Z]{3,5}\s/
  47         elsif line =~ /^\t/
  48         elsif line =~ /^{/
  49          elsif line =~ /^f_\d/
  50         else
  51             line =~ /(\S+)/
  52             first = $1
  53             if metazoa_choanoflagellata.include?( first )
  54                 puts( line )
  55             end
  56         end
  57     end
  58 end