forester/ruby/scripts/g.rb

   1 File.open( "g" ) do | file |
   2   while line = file.gets
   3     if line =~ /^(\S{3,5})\s+\S{3,5}/
   4       puts "/home/czmasek/DATA/GENOME_HMMSCAN/CDHIT_095_PFAM270X/" + $1 + ".hmmscan    " + $1
   5     else
   6       puts line
   7     end
   8   end
   9 end