forester/ruby/scripts/hmm_split.rb

   1 #!/usr/local/bin/ruby -w
   2 #
   3 # = hmm_split
   4 #
   5 # Copyright::    Copyright (C) 2017 Christian M Zmasek
   6 # License::      GNU Lesser General Public License (LGPL)
   7
   8 module ForesterScripts
   9
  10   if ( ARGV == nil || ARGV.length != 3 )
  11     puts( "usage: hmm_split.rb <Pfam HMM file> <outfile suffix> <outdir>" )
  12     exit( -1 )
  13   end
  14
  15   hmmfile = ARGV[ 0 ]
  16   suffix  = ARGV[ 1 ]
  17   outdir  = ARGV[ 2 ]
  18
  19   if ( !File.exist?( outdir ) )
  20     puts( "outdir [" + outdir + "] does not exist" )
  21     exit( -1 )
  22   end
  23   if ( !File.exist?( hmmfile ) )
  24     puts( "Pfam HMM file [" + hmmfile + "] does not exist" )
  25     exit( -1 )
  26   end
  27
  28   data = String.new
  29   name = String.new
  30   line_count = 0
  31   count = 0
  32
  33   File.open( hmmfile ) do | file |
  34     while line = file.gets
  35       data = data + line
  36       line_count += 1
  37       if ( line =~ /NAME\s+(.+)/ )
  38         if name.length > 0
  39           puts( "Pfam HMM file [" + hmmfile + "] format error [line: " + line + "]" )
  40           exit( -1 )
  41         end
  42         name = $1
  43       elsif ( line =~ /\/\// )
  44         if name.length < 1
  45           puts( "Pfam HMM file [" + hmmfile + "] format error [line: " + line + "]" )
  46           exit( -1 )
  47         end
  48
  49         outfile = outdir + '/' + name + suffix
  50         if ( File.exist?( outfile ) )
  51           puts( "file [" + outfile + "] already exists" )
  52           exit( -1 )
  53         end
  54         open( outfile, 'w' ) do | out |
  55           out.write( data )
  56         end
  57         count += 1
  58         puts( count.to_s + ": " + name )
  59         data = String.new
  60         name = String.new
  61       end
  62     end
  63   end
  64
  65   puts()
  66   puts( "wrote " + count.to_s + " individual HMM files to " + outdir )
  67
  68 end