forester/ruby/scripts/mv_slinks.rb

   1 #NEW_DIR = '/home/czmasek/WORK/GENOME_HMMPFAM/HMMSCAN3_no_bias_250/'
   2 #OLD_DIR = '/home/czmasek/WORK/GENOME_HMMPFAM/HMMSCAN30b3_no_bias_240/'
   3
   4 NEW_DIR = '/home/czmasek/WORK/GENOME_HMMPFAM/HMMSCAN3_no_bias_260/'
   5 OLD_DIR = '/home/czmasek/WORK/GENOME_HMMPFAM/HMMSCAN3_no_bias_250/'
   6
   7 # this need to be run in the dir where the links to be moved are
   8 # need to create a dir named 'newdir' first
   9
  10 Dir.foreach('.') { |f|
  11   if File.symlink?( f )
  12      link = File.readlink( f )
  13      puts f + ' -> ' + link
  14
  15      link =~ /\/([^\/]+)\/([^\/]+)\.hmmscan_250/
  16      group = $1
  17
  18      core_name = $2
  19      puts '  => ' + group + ' / ' + core_name
  20      new_link = NEW_DIR + group + '/' + core_name + '.hmmscan_260'
  21      puts '  => ' + new_link
  22      puts
  23      if ( !File.exists?( new_link ) )
  24         puts 'ERROR ' + new_link.to_s + ' does not exist'
  25         exit
  26      end
  27      if ( !File.exists?( link ) )
  28         puts 'ERROR ' + link.to_s + ' does not exist'
  29         exit
  30      end
  31      #what is called new_link will by linked to by 'newdir/' + f.to_s:
  32      File.symlink( new_link, 'newdir/' + f.to_s )
  33   end
  34 }
  35
  36
  37