forester/ruby/scripts/pfam_summarize.rb

   1 #!/usr/local/bin/ruby -w
   2 #
   3 # = pfam_summarize
   4 #
   5 # Copyright::  Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek. All rights reserved.
   6 # License::    GNU Lesser General Public License (LGPL)
   7 #
   8 # $Id: pfam_summarize.rb,v 1.2 2008/08/28 17:09:07 cmzmasek Exp $
   9 #
  10 # This extracts ID, AC, DE, TP, and DR values from Pfam data files.
  11 #
  12 # Created 2008-06-25 in San Diego, CA, USA by CMZ
  13 #
  14 # Usage: pfam_summarize.rb <infile: Pfam data file such as Pfam-A.full> <outfile>
  15
  16 require 'iconv'
  17
  18 module ForesterScripts
  19     if RUBY_VERSION !~ /1.9/
  20                       puts( "Your ruby version is #{RUBY_VERSION}, expected 1.9.x " )
  21                       exit( -1 )
  22                 end
  23     SEP = "\t"
  24     LINE_DELIMITER  = "\n"
  25
  26     if ( ARGV == nil || ARGV.length != 2 )
  27         puts( "usage: pfam_summarize.rb <infile: Pfam data file such as Pfam-A.full> <outfile>" )
  28         exit( -1 )
  29     end
  30
  31     pfamfile = ARGV[ 0 ]
  32     outfile  = ARGV[ 1 ]
  33
  34     if ( !File.exists?( pfamfile ) )
  35         puts( "Pfam data file [" + pfamfile + "] does not exist" )
  36         exit( -1 )
  37     end
  38     if ( File.exists?( outfile ) )
  39         puts( "outfile [" + outfile + "] already exists" )
  40         exit( -1 )
  41     end
  42
  43     ic = Iconv.new( 'UTF-8//IGNORE', 'UTF-8' )
  44
  45     id = nil
  46     ac = nil
  47     de = nil
  48     tp = nil
  49     dr = Array.new()
  50     line_count = 0
  51     count = 0
  52
  53     out = File.open( outfile, 'w' )
  54
  55     File.open( pfamfile ) do | file |
  56         while line = file.gets
  57             line_count += 1
  58
  59             line = ic.iconv( line )
  60
  61             if ( line =~ /#=GF ID\s+(.+)/ )
  62                 if ( id != nil )
  63                     puts( "Pfam data file [" + pfamfile + "] format error [line: " + line + "]" )
  64                     exit( -1 )
  65                 end
  66                 id = $1
  67             elsif ( line =~ /#=GF AC\s+(.+)/ )
  68                 ac = $1
  69             elsif ( line =~ /#=GF DE\s+(.+)/ )
  70                 de = $1
  71             elsif ( line =~ /#=GF TP\s+(.+)/ )
  72                 tp = $1
  73             elsif ( line =~ /#=GF DR\s+(.+)/ )
  74                 dr.push( $1 )
  75             elsif ( line =~ /^\/\// )
  76                 if ( id == nil || ac == nil )
  77                     puts( "Pfam data file [" + pfamfile + "] format error [line: " + line + "]" )
  78                     exit( -1 )
  79                 end
  80                 out.write( id )
  81                 out.write( SEP )
  82                 out.write( ac )
  83                 out.write( SEP )
  84                 out.write( tp )
  85                 out.write( SEP )
  86                 out.write( '[' )
  87                 out.write( de )
  88                 out.write( ']' )
  89                 out.write( SEP )
  90                 out.write( '[' )
  91                 dr.each { |d|
  92                     out.write( d )
  93                     out.write( ' ' )
  94                 }
  95                 out.write( ']' )
  96                 out.write( LINE_DELIMITER )
  97
  98                 id = nil
  99                 ac = nil
 100                 de = nil
 101                 tp = nil
 102                 dr = Array.new()
 103                 count += 1
 104             end
 105         end
 106     end
 107
 108     out.close
 109
 110     puts()
 111     puts( "Summarized data for " + count.to_s + " individual Pfams to " + outfile )
 112     puts( "OK" )
 113     puts()
 114
 115 end # module ForesterScripts
 116