forester/ruby/scripts/pfam_to_scop.rb

   1 #!/usr/local/bin/ruby -w
   2 #
   3 # = pfam_to_scop
   4 #
   5 # Copyright::  Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek. All rights reserved.
   6 # License::    GNU Lesser General Public License (LGPL)
   7 #
   8 # $Id: pfam_to_scop.rb,v 1.2 2008/08/28 17:09:07 cmzmasek Exp $
   9 #
  10 # This extracts ID and SCOP fa (or fa and sf) from Pfam data files.
  11 #
  12 # Created 2008-06-25 in San Diego, CA, USA by CMZ
  13 #
  14 # Usage: pfam_to_scop.rb <infile: Pfam data file such as Pfam-A.full> <outfile>
  15
  16 require 'iconv'
  17
  18 module ForesterScripts
  19
  20     if RUBY_VERSION !~ /1.9/
  21                       puts( "Your ruby version is #{RUBY_VERSION}, expected 1.9.x " )
  22                       exit( -1 )
  23                 end
  24
  25     SF = true
  26
  27     SEP = "\t"
  28     LINE_DELIMITER  = "\n"
  29
  30     if ( ARGV == nil || ARGV.length != 2 )
  31         puts( "usage: pfam_to_scop.rb <infile: Pfam data file such as Pfam-A.full> <outfile>" )
  32         exit( -1 )
  33     end
  34
  35     pfamfile = ARGV[ 0 ]
  36     outfile  = ARGV[ 1 ]
  37
  38     if ( !File.exists?( pfamfile ) )
  39         puts( "Pfam data file [" + pfamfile + "] does not exist" )
  40         exit( -1 )
  41     end
  42     if ( File.exists?( outfile ) )
  43         puts( "outfile [" + outfile + "] already exists" )
  44         exit( -1 )
  45     end
  46
  47     ic = Iconv.new( 'UTF-8//IGNORE', 'UTF-8' )
  48
  49     id = nil
  50     scops = Array.new()
  51     line_count = 0
  52     count = 0
  53     scop_count = 0
  54
  55     out = File.open( outfile, 'w' )
  56
  57     File.open( pfamfile ) do | file |
  58         while line = file.gets
  59             line_count += 1
  60
  61             line = ic.iconv( line )
  62
  63             if ( line =~ /#=GF ID\s+(.+)/ )
  64                 if ( id != nil )
  65                     puts( "Pfam data file [" + pfamfile + "] format error [line: " + line + "]" )
  66                     exit( -1 )
  67                 end
  68                 id = $1
  69             elsif ( line =~ /#=GF\s+DR\s+SCOP;\s+(\w+);\s+fa/ )
  70                 scops.push( $1 )
  71             elsif ( SF && line =~ /#=GF\s+DR\s+SCOP;\s+(\w+);\s+sf/ )
  72                 scops.push( $1 )
  73             elsif ( line =~ /^\/\// )
  74                 if ( id == nil )
  75                     puts( "Pfam data file [" + pfamfile + "] format error [line: " + line + "]" )
  76                     exit( -1 )
  77                 end
  78                 scops.each { |s|
  79                     out.write( id )
  80                     out.write( SEP )
  81                     out.write( s )
  82                     out.write( LINE_DELIMITER )
  83                     scop_count += 1
  84                 }
  85                 id = nil
  86                 scops = Array.new()
  87                 count += 1
  88             end
  89         end
  90     end
  91
  92     out.close
  93
  94     puts()
  95     if ( SF )
  96         puts( "Extracted #{scop_count} scop fa and sf identifiers for #{count.to_s} individual Pfams to " + outfile )
  97     else
  98         puts( "Extracted #{scop_count} scop fa identifiers for #{count.to_s} individual Pfams to " + outfile )
  99     end
 100     puts( "OK" )
 101     puts()
 102
 103 end # module ForesterScripts