forester/ruby/scripts/rb_dir_qsub.rb

   1 #!/usr/local/bin/ruby -w
   2 #
   3 # = rb_dir_qsub
   4 #
   5 # Copyright::  Copyright (C) 2006-2008 Christian M. Zmasek
   6 # License::    GNU Lesser General Public License (LGPL)
   7 #
   8 # $Id: rb_dir_qsub.rb,v 1.15 2009/11/07 02:06:59 cmzmasek Exp $
   9 #
  10 # To execute qsub commands.
  11 # Submits PRG for every file in the current directory.
  12 #
  13 # Examples for PARAMETER_FILE:
  14 #
  15 # PRG:     /home/user/SOFTWARE/HMMER/hmmer-2.3.2/src/hmmpfam
  16 # OPT:     -E 20 -A 0 /home/user/DATA/PFAM/Pfam_ls
  17 # SUFFIX:  _hmmpfam_22_20_ls
  18 #
  19 # PRG:     /home/user/SOFTWARE/WUBLAST/tblastn
  20 # OPT:
  21 # VOPT:    AMPQU
  22 # VOPT:    HYDMA
  23 # SUFFIX:  _blast
  24 #
  25 # PRG:     /home/czmasek/SOFTWARE/HMMER/hmmer-3.0b2/binaries/intel-linux-x86_64/hmmscan
  26 # OPT:     -E 2 --notextw --qformat fasta /home/czmasek/DATA/PFAM/PFAM240/Pfam-A.hmm
  27 # SUFFIX:  .hmmscan30b2_240
  28 # OUTPUT:  --domtblout
  29
  30
  31 module ForesterScripts
  32
  33     if RUBY_VERSION !~ /1.9/
  34         puts( "Your ruby version is #{RUBY_VERSION}, expected 1.9.x " )
  35         exit( -1 )
  36     end
  37
  38     PARAMETER_FILE = 'parameters.rb_dir_qsub'
  39     SLEEP          = 1.0
  40     REMOVE_SUFFIX  = true
  41
  42     PRG         = 'PRG:'
  43     OPT         = 'OPT:'
  44     VOPT        = 'VOPT:'
  45     OUTPUT_OPT  = 'OUTPUT:'
  46     SUFFIX      = 'SUFFIX:'
  47     INPUT_PART  = 'INPUT_PART:'
  48
  49
  50     PBS_O_WORKDIR       = '$PBS_O_WORKDIR/'
  51     TMP_CMD_FILE_SUFFIX = '__QSUB'
  52     NAME                = 'rb_dir_qsub'
  53
  54     if ( !File.exists?( PARAMETER_FILE ) )
  55         puts( '[' + NAME + '] > parameters file "' + PARAMETER_FILE + '" not found' )
  56         Process.exit!
  57     end
  58     puts( '[' + NAME + '] > reading ' + PARAMETER_FILE )
  59
  60     prg = ''
  61     opt = ''
  62     vopts = Array.new
  63     suffix = ''
  64     input_part = ''
  65     output_opt = ''
  66     open( PARAMETER_FILE ).each { |line|
  67         if ( line.length > 1 && line =~ /^[^#]\S+/ )
  68             if line =~ /^#{PRG}\s+(\S+)/
  69                 prg = $1
  70             end
  71             if line =~ /^\s*#{OPT}\s+(\S+.+)/
  72                 opt = $1
  73             end
  74             if line =~ /^\s*#{VOPT}\s+(\S+.+)/
  75                 vopts.push( $1 )
  76             end
  77             if line =~ /^\s*#{SUFFIX}\s+(\S+)/
  78                 suffix = $1
  79             end
  80             if line =~ /^\s*#{INPUT_PART}\s+(\S+)/
  81                 input_part = $1
  82             end
  83             if line =~ /^\s*#{OUTPUT_OPT}\s+(\S+.+)/
  84                 output_opt = $1
  85             end
  86         end
  87     }
  88     if ( prg.length < 1 )
  89         puts( '[' + NAME + '] > no program name found in parameters file "' + PARAMETER_FILE + '"' )
  90         Process.exit!
  91     end
  92     puts( '[' + NAME + '] > program: ' + prg )
  93     puts( '[' + NAME + '] > option :  ' + opt )
  94     vopts.each { |vopt|
  95         puts( '[' + NAME + '] > voption:  ' + vopt )
  96     }
  97     puts( '[' + NAME + '] > suffix :  ' + suffix )
  98     if ( input_part.length > 0 )
  99         puts( '[' + NAME + '] > input:  ' + input_part )
 100     end
 101     if ( output_opt.length > 0 )
 102         puts( '[' + NAME + '] > output opt :  ' + output_opt )
 103     end
 104     if vopts.empty?
 105         vopts.push( "" )
 106     end
 107
 108     files = Dir.entries( "." )
 109
 110     files.each { |file|
 111         if ( !File.directory?( file ) && file !~ /^\./ && file !~ /#{PARAMETER_FILE}/ )
 112
 113             if ( input_part.length > 0 && file !~ /#{input_part}/ )
 114                 next
 115             end
 116             vopts.each { |vopt|
 117                 cmd = ""
 118                 outputfile = file.to_str
 119                 if REMOVE_SUFFIX
 120                     if outputfile =~ /(.+)\..{1,5}/
 121                         outputfile = $1
 122                     end
 123                 end
 124                 if output_opt.length > 0
 125                     cmd = prg + ' ' +
 126                      output_opt + ' ' + PBS_O_WORKDIR + outputfile + suffix + ' ' +
 127                      opt + ' ' +
 128                      PBS_O_WORKDIR + file.to_str +
 129                      ' > /dev/null'
 130                 elsif vopt.length > 0
 131                     cmd = prg + ' ' + opt + ' ' + vopt + ' ' + PBS_O_WORKDIR + file.to_str +
 132                      ' > ' + PBS_O_WORKDIR + vopt + "_" + outputfile + suffix
 133                 else
 134                     cmd = prg + ' ' + opt + ' ' + PBS_O_WORKDIR + file.to_str +
 135                      ' > ' + PBS_O_WORKDIR + outputfile + suffix
 136                 end
 137                 tmp_cmd_file = file.to_str + TMP_CMD_FILE_SUFFIX
 138                 if File.exists?( tmp_cmd_file )
 139                     File.delete( tmp_cmd_file )
 140                 end
 141                 open( tmp_cmd_file, 'w' ) do |f|
 142                     f.write( cmd )
 143                 end
 144                 puts( '[' + NAME + '] > excuting ' + cmd )
 145                 IO.popen( 'qsub ' + tmp_cmd_file , 'r+' ) do |pipe|
 146                     pipe.close_write
 147                     puts pipe.read
 148                 end
 149                 sleep( SLEEP )
 150                 if File.exists?( tmp_cmd_file )
 151                     File.delete( tmp_cmd_file )
 152                 end
 153             }
 154         end
 155     }
 156     puts( '[' + NAME + '] > OK.' )
 157     puts
 158
 159 end