forester/ruby/scripts/rb_dir_x.rb

   1 #!/usr/local/bin/ruby -w
   2 #
   3 # = rb_x_qsub
   4 #
   5 # Copyright::  Copyright (C) 2006-2008 Christian M. Zmasek
   6 # License::    GNU Lesser General Public License (LGPL)
   7 #
   8 # $Id: rb_dir_x.rb,v 1.8 2008/09/16 23:31:39 cmzmasek Exp $
   9 #
  10 # To execute qsub commands.
  11 # Submits PRG for every file in the current directory.
  12 #
  13 # Examples for PARAMETER_FILE:
  14 #
  15 # PRG:     /home/user/SOFTWARE/HMMER/hmmer-2.3.2/src/hmmpfam
  16 # OPT:     -E 20 -A 0 /home/user/DATA/PFAM/Pfam_ls
  17 # SUFFIX:  _hmmpfam_22_20_ls
  18 #
  19 # PRG:     /home/user/SOFTWARE/WUBLAST/tblastn
  20 # OPT:
  21 # VOPT:    AMPQU
  22 # VOPT:    HYDMA
  23 # SUFFIX:  _blast
  24
  25
  26 module ForesterScripts
  27
  28     if RUBY_VERSION !~ /1.9/
  29         puts( "Your ruby version is #{RUBY_VERSION}, expected 1.9.x " )
  30         exit( -1 )
  31     end
  32
  33     PARAMETER_FILE    = 'parameters.rb_dir_x'
  34     SLEEP = 1.0
  35     SPAWN = true
  36
  37     PRG         = 'PRG:'
  38     OPT         = 'OPT:'
  39     VOPT        = 'VOPT:'
  40     OUTPUT_OPT  = 'OUTPUT:' # TODO e.g. > or -o
  41     SUFFIX      = 'SUFFIX:'
  42     INPUT_PART  = 'INPUT_PART:'
  43
  44     NAME        = 'rb_dir_x'
  45
  46     if ( !File.exists?( PARAMETER_FILE ) )
  47         puts( '[' + NAME + '] > parameters file "' + PARAMETER_FILE + '" not found' )
  48         Process.exit!
  49     end
  50     puts( '[' + NAME + '] > reading ' + PARAMETER_FILE )
  51
  52     prg = ''
  53     opt = ''
  54     vopts = Array.new
  55     suffix = ''
  56     input_part = ''
  57     open( PARAMETER_FILE ).each { |line|
  58         if ( line.length > 1 && line =~ /^[^#]\S+/ )
  59             if line =~ /^#{PRG}\s+(\S+)/
  60                 prg = $1
  61             end
  62             if line =~ /^\s*#{OPT}\s+(\S+.+)/
  63                 opt = $1
  64             end
  65             if line =~ /^\s*#{VOPT}\s+(\S+.+)/
  66                 vopts.push( $1 )
  67             end
  68             if line =~ /^\s*#{SUFFIX}\s+(\S+)/
  69                 suffix = $1
  70             end
  71             if line =~ /^\s*#{INPUT_PART}\s+(\S+)/
  72                 input_part = $1
  73             end
  74         end
  75     }
  76     if ( prg.length < 1 )
  77         puts( '[' + NAME + '] > no program name found in parameters file "' + PARAMETER_FILE + '"' )
  78         Process.exit!
  79     end
  80     puts( '[' + NAME + '] > program: ' + prg )
  81     puts( '[' + NAME + '] > option :  ' + opt )
  82     vopts.each { |vopt|
  83         puts( '[' + NAME + '] > voption:  ' + vopt )
  84     }
  85     puts( '[' + NAME + '] > suffix :  ' + suffix )
  86     if ( input_part.length > 0 )
  87         puts( '[' + NAME + '] > input  :  ' + input_part )
  88     end
  89     if vopts.empty?
  90         vopts.push( "" )
  91     end
  92
  93     files = Dir.entries( "." )
  94
  95     files.each { |file|
  96         if ( !File.directory?( file ) && file !~ /^\./ && file !~ /#{PARAMETER_FILE}/ )
  97
  98             if ( input_part.length > 0 && file !~ /#{input_part}/ )
  99                 next
 100             end
 101             vopts.each { |vopt|
 102                 cmd = ""
 103                 if vopt.length > 0
 104                     cmd = 'nohup ' + prg + ' ' + opt + ' ' + vopt + ' ' + file.to_str +
 105                      ' > ' + vopt + "_" + file.to_str + suffix + ' &'
 106                 else
 107                     cmd = 'nohup ' + prg + ' ' + opt + ' ' + file.to_str +
 108                      ' > ' + file.to_str + suffix + ' &'
 109                 end
 110
 111                 puts( '[' + NAME + '] > excuting ' + cmd )
 112                 if SPAWN
 113                     spawn( cmd, STDERR => "/dev/null" )
 114                 else
 115                     IO.popen( cmd , 'r+' ) do |pipe|
 116                         pipe.close_write
 117                         puts pipe.read
 118                     end
 119                 end
 120                 sleep( SLEEP )
 121
 122             }
 123         end
 124     }
 125     puts( '[' + NAME + '] > OK.' )
 126     puts
 127
 128 end