forester/ruby/scripts/replace_id.rb

   1 #!/usr/local/bin/ruby -w
   2 #
   3 # = replace_id
   4 #
   5 # Copyright::  Copyright (C) 2006-2008 Christian M. Zmasek
   6 # License::    GNU Lesser General Public License (LGPL)
   7 #
   8 # $Id: replace_id.rb,v 1.8 2008/08/28 17:09:07 cmzmasek Exp $
   9 #
  10 # To replace ()by way of example '123_CHI5' with '123_CHICK5'
  11 # given a mapping file containing '123_CHICKEN'
  12 # (in the form '123_CHICKEN: some description which is ignored').
  13 #
  14 # Note. This will break if the species id ends with a number (as is
  15 # in the case for many bacteria).
  16
  17
  18 module ForesterScripts
  19
  20 if RUBY_VERSION !~ /1.9/
  21                   puts( "Your ruby version is #{RUBY_VERSION}, expected 1.9.x " )
  22                   exit( -1 )
  23             end
  24
  25     NUMBER_OF_LETTERS = 3
  26
  27     if ( ARGV == nil || ARGV.length != 3 )
  28         puts( "usage: replace_id.rb <map-file> <infile> <outfile>" )
  29         exit( -1 )
  30     end
  31     mapfile = ARGV[ 0 ]
  32     infile  = ARGV[ 1 ]
  33     outfile = ARGV[ 2 ]
  34
  35
  36     if ( File.exists?( outfile ) )
  37         puts( "outfile [" + outfile + "] already exists" )
  38         exit( -1 )
  39     end
  40     if ( !File.exists?( infile) )
  41         puts( "infile [" + infile + "] does not exist" )
  42         exit( -1 )
  43     end
  44     if ( !File.exists?( mapfile ) )
  45         puts( "mapfile [" + mapfile + "] does not exist" )
  46         exit( -1 )
  47     end
  48
  49     number_to_complete_id_map = Hash.new
  50
  51     File.open( mapfile ) do | file |
  52         while line = file.gets
  53             if ( line =~ /(\d+_\S+)\s*:/ )
  54                 complete_id = $1
  55                 complete_id =~ /(\d+)_\S+/
  56                 number_to_complete_id_map[ $1 ] = complete_id
  57                 puts( $1 + ' => ' + complete_id )
  58             end
  59         end
  60     end
  61
  62     if ( number_to_complete_id_map.size < 1 )
  63         puts( "mapping file was empty" )
  64         exit( -1 )
  65     end
  66
  67     data_str = String.new
  68
  69     File.open( infile ) do | file |
  70         while line = file.gets
  71             data_str = data_str + line.chomp
  72         end
  73     end
  74
  75     replacements = 0
  76     number_to_complete_id_map.each_pair{ |number, id|
  77         data_str.gsub!( /\b#{number}_[A-Z]{#{NUMBER_OF_LETTERS}}/, id )
  78     }
  79
  80     open( outfile, 'w' ) do |file|
  81         file.write( data_str )
  82     end
  83
  84     puts( "wrote " + outfile )
  85     puts( "OK" )
  86
  87 end
  88