forester/ruby/scripts/x.rb

   1 PRG = "/home/czmasek/SOFTWARE/FORESTER/DEV/forester/forester/ruby/evoruby/exe/hsp.rb"
   2 Dir.foreach(".") do |f|
   3   next if f == '.' or f == '..'
   4   if f =~ /^([A-Z0-9]{3,6})\.hmmscan_260/
   5     taxon = $1
   6     cmd = "#{PRG} -ie=10 -a -pe=1 -m=RRMa -s=#{taxon} #{taxon}.hmmscan_260 #{taxon}_ie10_domain_table > #{taxon}_ie10_summary_table.txt"
   7     puts cmd
   8     output = IO.popen( cmd )
   9   elsif f =~ /^([A-Z0-9]{3,6})_cdhit090\.hmmscan_260/
  10     taxon = $1
  11     cmd = "#{PRG} -ie=10 -a -pe=1 -m=RRMa -s=#{taxon} #{taxon}_cdhit090.hmmscan_260 #{taxon}_cdhit090_ie10_domain_table > #{taxon}_cdhit090_ie10_summary_table.txt"
  12     puts cmd
  13     output = IO.popen( cmd )
  14   end
  15 end