forester/test_data/hmmpfam_output2

   1
   2 Query sequence: 1
   3 Accession:      [none]
   4 Description:
   5
   6 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
   7 Model    Description                                    Score    E-value  N
   8 -------- -----------                                    -----    ------- ---
   9
  10
  11 Parsed for domains:
  12 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
  13 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
  14 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
  15
  16
  17 //
  18
  19 hmmpfam - search one or more sequences against HMM database
  20 HMMER 2.3.2 (Oct 2003)
  21 Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine
  22 Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)
  23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
  24 HMM file:                 /home/yye/db/pfam20.0/Pfam_ls
  25 Sequence file:            Human.fasta.1
  26 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
  27
  28
  29 Query sequence: 2
  30 Accession:      [none]
  31 Description:
  32
  33 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
  34 Model    Description                                    Score    E-value  N
  35 -------- -----------                                    -----    ------- ---
  36
  37
  38 Parsed for domains:
  39 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
  40 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
  41 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
  42 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
  43
  44
  45 //
  46
  47 Query sequence: 3
  48 Accession:      [none]
  49 Description:
  50
  51 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
  52 Model    Description                                    Score    E-value  N
  53 -------- -----------                                    -----    ------- ---
  54
  55
  56 Parsed for domains:
  57 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
  58 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
  59 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
  60 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
  61 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
  62 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
  63 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
  64
  65
  66 //
  67
  68 Query sequence: 4
  69 Accession:      [none]
  70 Description:
  71
  72 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
  73 Model    Description                                    Score    E-value  N
  74 -------- -----------                                    -----    ------- ---
  75
  76
  77 Parsed for domains:
  78 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
  79 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
  80 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
  81 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
  82
  83
  84 //
  85
  86
  87
  88 hmmpfam - search one or more sequences against HMM database
  89 HMMER 2.3.2 (Oct 2003)
  90 Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine
  91 Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)
  92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
  93 HMM file:                 /home/yye/db/pfam20.0/Pfam_ls
  94 Sequence file:            Human.fasta.1
  95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
  96
  97
  98 hmmpfam - search one or more sequences against HMM database
  99 HMMER 2.3.2 (Oct 2003)
 100 Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine
 101 Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)
 102 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
 103 HMM file:                 /home/yye/db/pfam20.0/Pfam_ls
 104 Sequence file:            Human.fasta.1
 105 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
 106
 107 Query sequence: 5
 108 Accession:      [none]
 109 Description:
 110
 111 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 112 Model    Description                                    Score    E-value  N
 113 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 114
 115
 116 Parsed for domains:
 117 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 118 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 119 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 120 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 121 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 122
 123
 124 //
 125
 126 hmmpfam - search one or more sequences against HMM database
 127 HMMER 2.3.2 (Oct 2003)
 128 Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine
 129 Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)
 130 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
 131 HMM file:                 /home/yye/db/pfam20.0/Pfam_ls
 132 Sequence file:            Human.fasta.1
 133 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
 134
 135 Query sequence: 6
 136 Accession:      [none]
 137 Description:
 138
 139 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 140 Model    Description                                    Score    E-value  N
 141 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 142
 143
 144 Parsed for domains:
 145 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 146 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 147 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 148 Y          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 149
 150
 151
 152 //
 153
 154 Query sequence: 7
 155 Accession:      [none]
 156 Description:
 157
 158 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 159 Model    Description                                    Score    E-value  N
 160 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 161
 162
 163 Parsed for domains:
 164 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 165 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 166 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 167 X          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 168
 169
 170 //
 171
 172 Query sequence: 8
 173 Accession:      [none]
 174 Description:
 175
 176 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 177 Model    Description                                    Score    E-value  N
 178 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 179
 180
 181 Parsed for domains:
 182 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 183 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 184 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 185 Z          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 186
 187
 188 //
 189
 190 Query sequence: 9
 191 Accession:      [none]
 192 Description:
 193
 194 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 195 Model    Description                                    Score    E-value  N
 196 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 197
 198
 199 Parsed for domains:
 200 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 201 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 202 U          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 203
 204
 205 //
 206
 207
 208 hmmpfam - search one or more sequences against HMM database
 209 HMMER 2.3.2 (Oct 2003)
 210 Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine
 211 Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)
 212 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
 213 HMM file:                 /home/yye/db/pfam20.0/Pfam_ls
 214 Sequence file:            Human.fasta.1
 215 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
 216
 217 Query sequence: 10
 218 Accession:      [none]
 219 Description:
 220
 221 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 222 Model    Description                                    Score    E-value  N
 223 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 224
 225
 226 Parsed for domains:
 227 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 228 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 229 U          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 230 U          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 231 U          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 232 U          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 233
 234
 235 //
 236
 237 Query sequence: 11
 238 Accession:      [none]
 239 Description:
 240
 241 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 242 Model    Description                                    Score    E-value  N
 243 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 244
 245
 246 Parsed for domains:
 247 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 248 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 249 V          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 250 V          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 251
 252 //
 253
 254
 255 Query sequence: 12
 256 Accession:      [none]
 257 Description:
 258
 259 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 260 Model    Description                                    Score    E-value  N
 261 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 262
 263
 264 Parsed for domains:
 265 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 266 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 267 W          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 268
 269
 270 //
 271
 272
 273 Query sequence: 13
 274 Accession:      [none]
 275 Description:
 276
 277 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 278 Model    Description                                    Score    E-value  N
 279 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 280
 281
 282 Parsed for domains:
 283 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 284 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 285 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 286
 287
 288 //
 289
 290 Query sequence: 14
 291 Accession:      [none]
 292 Description:
 293
 294 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 295 Model    Description                                    Score    E-value  N
 296 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 297
 298
 299 Parsed for domains:
 300 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 301 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 302 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 303 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 304
 305
 306 //
 307
 308 Query sequence: 15
 309 Accession:      [none]
 310 Description:
 311
 312 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 313 Model    Description                                    Score    E-value  N
 314 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 315
 316
 317 Parsed for domains:
 318 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 319 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 320 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 321 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 322 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 323 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 324
 325
 326 //
 327
 328
 329 Query sequence: 16
 330 Accession:      [none]
 331 Description:
 332
 333 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 334 Model    Description                                    Score    E-value  N
 335 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 336
 337
 338 Parsed for domains:
 339 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 340 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 341 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 342 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 343 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 344 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 345
 346
 347 //
 348
 349 Query sequence: 17
 350 Accession:      [none]
 351 Description:
 352
 353 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 354 Model    Description                                    Score    E-value  N
 355 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 356
 357
 358 Parsed for domains:
 359 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 360 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 361 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 362 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 363 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 364 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 365 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 366 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 367 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 368 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 369
 370 Alignments of top-scoring domains:
 371
 372 //
 373
 374
 375 Query sequence: 18
 376 Accession:      [none]
 377 Description:
 378
 379 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 380 Model    Description                                    Score    E-value  N
 381 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 382
 383
 384 Parsed for domains:
 385 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 386 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 387 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 388 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 389 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 390 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 391 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 392 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 393 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 394 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 395 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 396 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 397 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 398 E          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 399 X          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 400 Y          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 401 Z          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 402 U          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 403 V          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 404 W          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 405
 406 Alignments of top-scoring domains:
 407
 408 //
 409
 410
 411 Query sequence: 19
 412 Accession:      [none]
 413 Description:
 414
 415 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 416 Model    Description                                    Score    E-value  N
 417 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 418
 419
 420 Parsed for domains:
 421 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 422 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 423 NN          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 424
 425 Alignments of top-scoring domains:
 426
 427 //
 428
 429 Query sequence: 20
 430 Accession:      [none]
 431 Description:
 432
 433 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 434 Model    Description                                    Score    E-value  N
 435 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 436
 437
 438 Parsed for domains:
 439 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 440 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 441 MM          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 442
 443 Alignments of top-scoring domains:
 444
 445 //
 446
 447 Query sequence: 21
 448 Accession:      [none]
 449 Description:
 450
 451 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 452 Model    Description                                    Score    E-value  N
 453 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 454
 455
 456 Parsed for domains:
 457 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 458 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 459 MM          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 460 OO          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 461 OO          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 462
 463 Alignments of top-scoring domains:
 464
 465 //
 466
 467 Query sequence: 22
 468 Accession:      [none]
 469 Description:
 470
 471 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 472 Model    Description                                    Score    E-value  N
 473 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 474
 475
 476 Parsed for domains:
 477 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 478 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 479 PP          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 480
 481
 482 Alignments of top-scoring domains:
 483
 484 //
 485
 486 Query sequence: 23
 487 Accession:      [none]
 488 Description:
 489
 490 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 491 Model    Description                                    Score    E-value  N
 492 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 493
 494
 495 Parsed for domains:
 496 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 497 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 498 PP          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 499
 500
 501 Alignments of top-scoring domains:
 502
 503 //
 504
 505 Query sequence: 24
 506 Accession:      [none]
 507 Description:
 508
 509 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 510 Model    Description                                    Score    E-value  N
 511 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 512
 513
 514 Parsed for domains:
 515 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 516 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 517 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 518 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 519
 520 Alignments of top-scoring domains:
 521
 522 //
 523
 524 Query sequence: 25
 525 Accession:      [none]
 526 Description:
 527
 528 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 529 Model    Description                                    Score    E-value  N
 530 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 531
 532
 533 Parsed for domains:
 534 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 535 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 536 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 537 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 538
 539 Alignments of top-scoring domains:
 540
 541 //
 542
 543 Query sequence: 26
 544 Accession:      [none]
 545 Description:
 546
 547 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 548 Model    Description                                    Score    E-value  N
 549 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 550
 551
 552 Parsed for domains:
 553 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 554 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 555 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 556 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 557 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 558 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 559 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 560 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 561 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 562 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 563 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 564 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 565 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 566 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 567
 568 Alignments of top-scoring domains:
 569
 570 //
 571
 572 Query sequence: 27
 573 Accession:      [none]
 574 Description:
 575
 576 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 577 Model    Description                                    Score    E-value  N
 578 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 579
 580
 581 Parsed for domains:
 582 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 583 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 584 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 585
 586 Alignments of top-scoring domains:
 587
 588 //
 589 Query sequence: 28
 590 Accession:      sdfjspdjfsjf
 591 Description:    sdf;smdf;ms;fdm
 592 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 593 Model    Description                                    Score    E-value  N
 594 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 595 Parsed for domains:
 596 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 597 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 598 singlet          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 599 //
 600 Query sequence: 29
 601 Accession:      sdfjspdjfsjf
 602 Description:    sdf;smdf;ms;fdm
 603 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
 604 Model    Description                                    Score    E-value  N
 605 -------- -----------                                    -----    ------- ---
 606 Parsed for domains:
 607 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
 608 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
 609 three          1/3      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 610 three          2/3      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 611 three          3/3      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
 612 //