compactor work
[jalview.git] / forester / test_data / hmmpfam_output2
1
2 Query sequence: 1
3 Accession:      [none]
4 Description:    
5
6 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
7 Model    Description                                    Score    E-value  N 
8 -------- -----------                                    -----    ------- ---
9
10
11 Parsed for domains:
12 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
13 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
14 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
15
16
17 //
18
19 hmmpfam - search one or more sequences against HMM database
20 HMMER 2.3.2 (Oct 2003)
21 Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine
22 Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)
23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
24 HMM file:                 /home/yye/db/pfam20.0/Pfam_ls
25 Sequence file:            Human.fasta.1
26 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
27
28
29 Query sequence: 2
30 Accession:      [none]
31 Description:    
32
33 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
34 Model    Description                                    Score    E-value  N 
35 -------- -----------                                    -----    ------- ---
36
37
38 Parsed for domains:
39 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
40 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
41 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
42 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
43
44
45 //
46
47 Query sequence: 3
48 Accession:      [none]
49 Description:    
50
51 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
52 Model    Description                                    Score    E-value  N 
53 -------- -----------                                    -----    ------- ---
54
55
56 Parsed for domains:
57 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
58 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
59 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
60 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
61 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
62 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
63 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
64
65
66 //
67
68 Query sequence: 4
69 Accession:      [none]
70 Description:    
71
72 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
73 Model    Description                                    Score    E-value  N 
74 -------- -----------                                    -----    ------- ---
75
76
77 Parsed for domains:
78 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
79 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
80 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
81 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
82
83
84 //
85
86
87
88 hmmpfam - search one or more sequences against HMM database
89 HMMER 2.3.2 (Oct 2003)
90 Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine
91 Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)
92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
93 HMM file:                 /home/yye/db/pfam20.0/Pfam_ls
94 Sequence file:            Human.fasta.1
95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
96
97
98 hmmpfam - search one or more sequences against HMM database
99 HMMER 2.3.2 (Oct 2003)
100 Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine
101 Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)
102 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
103 HMM file:                 /home/yye/db/pfam20.0/Pfam_ls
104 Sequence file:            Human.fasta.1
105 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
106
107 Query sequence: 5
108 Accession:      [none]
109 Description:    
110
111 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
112 Model    Description                                    Score    E-value  N 
113 -------- -----------                                    -----    ------- ---
114
115
116 Parsed for domains:
117 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
118 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
119 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
120 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
121 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
122
123
124 //
125
126 hmmpfam - search one or more sequences against HMM database
127 HMMER 2.3.2 (Oct 2003)
128 Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine
129 Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)
130 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
131 HMM file:                 /home/yye/db/pfam20.0/Pfam_ls
132 Sequence file:            Human.fasta.1
133 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
134
135 Query sequence: 6
136 Accession:      [none]
137 Description:    
138
139 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
140 Model    Description                                    Score    E-value  N 
141 -------- -----------                                    -----    ------- ---
142
143
144 Parsed for domains:
145 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
146 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
147 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
148 Y          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
149
150
151
152 //
153
154 Query sequence: 7
155 Accession:      [none]
156 Description:    
157
158 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
159 Model    Description                                    Score    E-value  N 
160 -------- -----------                                    -----    ------- ---
161
162
163 Parsed for domains:
164 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
165 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
166 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
167 X          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
168
169
170 //
171
172 Query sequence: 8
173 Accession:      [none]
174 Description:    
175
176 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
177 Model    Description                                    Score    E-value  N 
178 -------- -----------                                    -----    ------- ---
179
180
181 Parsed for domains:
182 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
183 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
184 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
185 Z          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
186
187
188 //
189
190 Query sequence: 9
191 Accession:      [none]
192 Description:    
193
194 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
195 Model    Description                                    Score    E-value  N 
196 -------- -----------                                    -----    ------- ---
197
198
199 Parsed for domains:
200 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
201 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
202 U          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
203
204
205 //
206
207
208 hmmpfam - search one or more sequences against HMM database
209 HMMER 2.3.2 (Oct 2003)
210 Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine
211 Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)
212 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
213 HMM file:                 /home/yye/db/pfam20.0/Pfam_ls
214 Sequence file:            Human.fasta.1
215 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
216
217 Query sequence: 10
218 Accession:      [none]
219 Description:    
220
221 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
222 Model    Description                                    Score    E-value  N 
223 -------- -----------                                    -----    ------- ---
224
225
226 Parsed for domains:
227 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
228 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
229 U          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
230 U          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
231 U          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
232 U          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
233
234
235 //
236
237 Query sequence: 11
238 Accession:      [none]
239 Description:    
240
241 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
242 Model    Description                                    Score    E-value  N 
243 -------- -----------                                    -----    ------- ---
244
245
246 Parsed for domains:
247 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
248 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
249 V          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
250 V          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
251
252 //
253
254
255 Query sequence: 12
256 Accession:      [none]
257 Description:    
258
259 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
260 Model    Description                                    Score    E-value  N 
261 -------- -----------                                    -----    ------- ---
262
263
264 Parsed for domains:
265 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
266 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
267 W          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
268
269
270 //
271
272
273 Query sequence: 13
274 Accession:      [none]
275 Description:    
276
277 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
278 Model    Description                                    Score    E-value  N 
279 -------- -----------                                    -----    ------- ---
280
281
282 Parsed for domains:
283 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
284 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
285 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
286
287
288 //
289
290 Query sequence: 14
291 Accession:      [none]
292 Description:    
293
294 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
295 Model    Description                                    Score    E-value  N 
296 -------- -----------                                    -----    ------- ---
297
298
299 Parsed for domains:
300 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
301 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
302 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
303 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
304
305
306 //
307
308 Query sequence: 15
309 Accession:      [none]
310 Description:    
311
312 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
313 Model    Description                                    Score    E-value  N 
314 -------- -----------                                    -----    ------- ---
315
316
317 Parsed for domains:
318 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
319 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
320 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
321 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
322 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
323 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
324
325
326 //
327
328
329 Query sequence: 16
330 Accession:      [none]
331 Description:    
332
333 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
334 Model    Description                                    Score    E-value  N 
335 -------- -----------                                    -----    ------- ---
336
337
338 Parsed for domains:
339 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
340 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
341 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
342 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
343 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
344 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
345
346
347 //
348
349 Query sequence: 17
350 Accession:      [none]
351 Description:    
352
353 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
354 Model    Description                                    Score    E-value  N 
355 -------- -----------                                    -----    ------- ---
356
357
358 Parsed for domains:
359 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
360 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
361 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
362 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
363 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
364 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
365 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
366 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
367 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
368 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
369
370 Alignments of top-scoring domains:
371
372 //
373
374
375 Query sequence: 18
376 Accession:      [none]
377 Description:    
378
379 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
380 Model    Description                                    Score    E-value  N 
381 -------- -----------                                    -----    ------- ---
382
383
384 Parsed for domains:
385 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
386 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
387 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
388 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
389 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
390 A          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
391 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
392 B          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
393 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
394 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
395 C          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
396 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
397 D          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
398 E          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
399 X          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
400 Y          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
401 Z          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
402 U          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
403 V          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
404 W          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
405
406 Alignments of top-scoring domains:
407
408 //
409
410
411 Query sequence: 19
412 Accession:      [none]
413 Description:    
414
415 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
416 Model    Description                                    Score    E-value  N 
417 -------- -----------                                    -----    ------- ---
418
419
420 Parsed for domains:
421 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
422 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
423 NN          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
424
425 Alignments of top-scoring domains:
426
427 //
428
429 Query sequence: 20
430 Accession:      [none]
431 Description:    
432
433 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
434 Model    Description                                    Score    E-value  N 
435 -------- -----------                                    -----    ------- ---
436
437
438 Parsed for domains:
439 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
440 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
441 MM          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
442
443 Alignments of top-scoring domains:
444
445 //
446
447 Query sequence: 21
448 Accession:      [none]
449 Description:    
450
451 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
452 Model    Description                                    Score    E-value  N 
453 -------- -----------                                    -----    ------- ---
454
455
456 Parsed for domains:
457 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
458 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
459 MM          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
460 OO          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
461 OO          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
462
463 Alignments of top-scoring domains:
464
465 //
466
467 Query sequence: 22
468 Accession:      [none]
469 Description:    
470
471 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
472 Model    Description                                    Score    E-value  N 
473 -------- -----------                                    -----    ------- ---
474
475
476 Parsed for domains:
477 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
478 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
479 PP          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
480
481
482 Alignments of top-scoring domains:
483
484 //
485
486 Query sequence: 23
487 Accession:      [none]
488 Description:    
489
490 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
491 Model    Description                                    Score    E-value  N 
492 -------- -----------                                    -----    ------- ---
493
494
495 Parsed for domains:
496 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
497 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
498 PP          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
499
500
501 Alignments of top-scoring domains:
502
503 //
504
505 Query sequence: 24
506 Accession:      [none]
507 Description:    
508
509 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
510 Model    Description                                    Score    E-value  N 
511 -------- -----------                                    -----    ------- ---
512
513
514 Parsed for domains:
515 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
516 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
517 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
518 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
519
520 Alignments of top-scoring domains:
521
522 //
523
524 Query sequence: 25
525 Accession:      [none]
526 Description:    
527
528 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
529 Model    Description                                    Score    E-value  N 
530 -------- -----------                                    -----    ------- ---
531
532
533 Parsed for domains:
534 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
535 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
536 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
537 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
538
539 Alignments of top-scoring domains:
540
541 //
542
543 Query sequence: 26
544 Accession:      [none]
545 Description:    
546
547 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
548 Model    Description                                    Score    E-value  N 
549 -------- -----------                                    -----    ------- ---
550
551
552 Parsed for domains:
553 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
554 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
555 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
556 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
557 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
558 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
559 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
560 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
561 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
562 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
563 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
564 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
565 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
566 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
567
568 Alignments of top-scoring domains:
569
570 //
571
572 Query sequence: 27
573 Accession:      [none]
574 Description:    
575
576 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
577 Model    Description                                    Score    E-value  N 
578 -------- -----------                                    -----    ------- ---
579
580
581 Parsed for domains:
582 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
583 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
584 QQ          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
585
586 Alignments of top-scoring domains:
587
588 //
589 Query sequence: 28
590 Accession:      sdfjspdjfsjf
591 Description:    sdf;smdf;ms;fdm
592 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
593 Model    Description                                    Score    E-value  N 
594 -------- -----------                                    -----    ------- ---
595 Parsed for domains:
596 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
597 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
598 singlet          1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
599 //
600 Query sequence: 29
601 Accession:      sdfjspdjfsjf
602 Description:    sdf;smdf;ms;fdm
603 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
604 Model    Description                                    Score    E-value  N 
605 -------- -----------                                    -----    ------- ---
606 Parsed for domains:
607 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
608 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
609 three          1/3      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
610 three          2/3      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
611 three          3/3      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.01
612 //