forester/test_data/hmmpfam_output_short

   1 hmmpfam - search one or more sequences against HMM database
   2 HMMER 2.3.2 (Oct 2003)
   3 Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine
   4 Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)
   5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
   6 HMM file:                 /home/yye/db/pfam20.0/Pfam_ls
   7 Sequence file:            Human.fasta.1
   8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
   9
  10 Query sequence: ENSP00000285681
  11 Accession:      223
  12 Description:    pep:known chromosome:NCBI36:21:16024215:16174248:1 gene:ENSG00000155313 transcript:ENST00000285681
  13
  14 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
  15 Model    Description                                    Score    E-value  N
  16 -------- -----------                                    -----    ------- ---
  17 UCH      Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase          176.2    7.7e-50   1
  18 UIM      Ubiquitin interaction motif                     38.8    1.7e-08   2
  19 UBA      UBA/TS-N domain                                 23.2    0.00084   1
  20
  21 Parsed for domains:
  22 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
  23 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
  24 UBA        1/1      16    57 ..     1    41 []    23.2  0.00084
  25 UIM        1/2      96   113 ..     1    18 []    24.5  0.00035
  26 UIM        2/2     123   140 ..     1    18 []    14.3  7.7e-50
  27 UCH        1/1     166   654 ..     1   318 []   176.2  0.3
  28 //
  29
  30 Query sequence: ENSP00000310334
  31 Accession:      [none]
  32 Description:    pep:known chromosome:NCBI36:21:16364713:16901413:1 gene:ENSG00000174496 transcript:ENST00000308787
  33
  34 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
  35 Model    Description                                    Score    E-value  N
  36 -------- -----------                                    -----    ------- ---
  37         [no hits above thresholds]
  38
  39 Parsed for domains:
  40 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
  41 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
  42         [no hits above thresholds]
  43
  44 //