in progress
[jalview.git] / forester / test_data / obo_test
1 format-version: 1.2
2 date: 05:10:2007 17:50
3 saved-by: midori
4 auto-generated-by: OBO-Edit 1.101
5 subsetdef: goslim_generic "Generic GO slim"
6 subsetdef: goslim_goa "GOA and proteome slim"
7 subsetdef: goslim_plant "Plant GO slim"
8 subsetdef: goslim_yeast "Yeast GO slim"
9 subsetdef: gosubset_prok "Prokaryotic GO subset"
10 default-namespace: gene_ontology
11 remark: cvs version: $Revision: 1.4 $
12 [Term]
13 id: GO:0000001
14 name: mitochondrion inheritance
15 namespace: biological_process
16 def: "The distribution of mitochondria, including the mitochondrial genome, into daughter cells after mitosis or meiosis, mediated by interactions between mitochondria and the cytoskeleton." [GOC:mcc, PMID:10873824, PMID:11389764]
17 synonym: "mitochondrial inheritance" EXACT []
18 is_a: GO:0048308 ! organelle inheritance
19 is_a: GO:0048311 ! mitochondrion distribution
20 is_obsolete: true
21 consider: GO:0009055
22 [Term]
23 id:GO:0000002
24 name:mitochondrial genome maintenance
25 namespace:biological_process
26 comment:comment
27 def:"The maintenance of the structure and integrity of the mitochondrial genome." [GOC:ai]  
28 is_a:GO:0007005!mitochondrion organization and biogenesis
29 is_obsolete: false
30 xref: EC:2.4.1.-
31 xref: Reactome:7672
32 xref: MetaCyc:SIROHEME-FERROCHELAT-RXN
33 xref: RESID:AA02376
34 xref: UM-BBD_enzymeID:e0271
35 relationship: part_of GO:0007052 ! mitotic spindle organization and biogenesis
36
37
38  [Term]
39 id: GO:0000003
40 name: reproduction
41 namespace: biological_process
42 alt_id: GO:0019952
43 alt_id: GO:0050876
44 def: "The production by an organism of new individuals that contain some portion of their genetic material inherited from that organism." [GOC:go_curators, GOC:isa_complete, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
45 subset: goslim_generic
46 subset: goslim_plant
47 subset: gosubset_prok
48 synonym: "reproductive physiological process" EXACT []
49 is_a: GO:0008150 ! biological_process
50
51 [Term]
52 id: GO:0000005
53 name: ribosomal chaperone activity
54 namespace: molecular_function
55 def: "OBSOLETE. Assists in the correct assembly of ribosomes or ribosomal subunits in vivo, but is not a component of the assembled ribosome when performing its normal biological function." [GOC:jl, PMID:12150913]
56 comment: This term was made obsolete because it refers to a class of gene products and a biological process rather than a molecular function.
57 is_obsolete: true
58 consider: GO:0042254
59 consider: GO:0051082
60
61 [Term]
62 id: GO:0000006
63 name: high affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
64 namespace: molecular_function
65 def: "Catalysis of the transfer of a solute or solutes from one side of a membrane to the other according to the reaction: Zn2+(out) = Zn2+(in), probably powered by proton motive force. In high affinity transport the transporter is able to bind the solute even if it is only present at very low concentrations." [TC:2.A.5.1.1]
66 is_a: GO:0005385 ! zinc ion transmembrane transporter activity
67
68 [Term]
69 id: GO:0000007
70 name: low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
71 namespace: molecular_function
72 def: "Catalysis of the transfer of a solute or solutes from one side of a membrane to the other according to the reaction: Zn2+ = Zn2+, probably powered by proton motive force. In low affinity transport the transporter is able to bind the solute only if it is present at very high concentrations." [GOC:mtg_transport, ISBN:0815340729]
73 is_a: GO:0005385 ! zinc ion transmembrane transporter activity
74
75 [Term]
76 id: GO:0000008
77 name: thioredoxin
78 namespace: molecular_function
79 alt_id: GO:0000013
80 def: "OBSOLETE. A small disulfide-containing redox protein that serves as a general protein disulfide oxidoreductase. Interacts with a broad range of proteins by a redox mechanism, based on the reversible oxidation of 2 cysteine thiol groups to a disulfide, accompanied by the transfer of 2 electrons and 2 protons. The net result is the covalent interconversion of a disulfide and a dithiol." [GOC:kd]
81 comment: This term was made obsolete because it represents gene products.
82 is_obsolete: true
83 consider: GO:0030508
84
85 [Term]
86 id: GO:0000009
87 name: alpha-1,6-mannosyltransferase activity
88 namespace: molecular_function
89 def: "Catalysis of the transfer of a mannose residue from GDP-mannose to an oligosaccharide, forming an alpha-1,6-linkage." [GOC:mcc, PMID:2644248]
90 xref: EC:2.4.1.-
91 is_a: GO:0000030 ! mannosyltransferase activity
92
93 [Term]
94 id: GO:0000010
95 name: trans-hexaprenyltranstransferase activity
96 namespace: molecular_function
97 def: "Catalysis of the reaction: all-trans-hexaprenyl diphosphate + isopentenyl diphosphate = diphosphate + all-trans-heptaprenyl diphosphate." [EC:2.5.1.30]
98 subset: gosubset_prok
99 synonym: "all-trans-heptaprenyl-diphosphate synthase activity" EXACT [EC:2.5.1.30]
100 synonym: "heptaprenyl diphosphate synthase activity" EXACT [EC:2.5.1.30]
101 synonym: "heptaprenyl pyrophosphate synthetase activity" EXACT [EC:2.5.1.30]
102 xref: EC:2.5.1.30
103 xref: MetaCyc:TRANS-HEXAPRENYLTRANSTRANSFERASE-RXN
104 is_a: GO:0016765 ! transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups
105
106 [Term]
107 id: GO:0000011
108 name: vacuole inheritance
109 namespace: biological_process
110 def: "The distribution of vacuoles into daughter cells after mitosis or meiosis, mediated by interactions between vacuoles and the cytoskeleton." [GOC:mcc, PMID:10873824, PMID:14616069]
111 is_a: GO:0007033 ! vacuole organization and biogenesis
112 is_a: GO:0048308 ! organelle inheritance
113
114 [Term]
115 id: GO:0000012
116 name: single strand break repair
117 namespace: biological_process
118 def: "The repair of single strand breaks in DNA. Repair of such breaks is mediated by the same enzyme systems as are used in base excision repair." [http://www.ultranet.com/~jkimball/BiologyPages/D/DNArepair.html]
119 subset: gosubset_prok
120 is_a: GO:0006281 ! DNA repair
121
122 [Term]
123 id: GO:0000014
124 name: single-stranded DNA specific endodeoxyribonuclease activity
125 namespace: molecular_function
126 def: "Catalysis of the hydrolysis of ester linkages within a single-stranded deoxyribonucleic acid molecule by creating internal breaks." [GOC:mah]
127 is_a: GO:0004520 ! endodeoxyribonuclease activity
128
129 [Term]
130 id: GO:0000015
131 name: phosphopyruvate hydratase complex
132 namespace: cellular_component
133 def: "A multimeric enzyme complex, usually a dimer or an octamer, that catalyzes the conversion of 2-phospho-D-glycerate to phosphoenolpyruvate and water." [GOC:jl, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
134 subset: gosubset_prok
135 synonym: "enolase complex" EXACT []
136 is_a: GO:0043234 ! protein complex
137 is_a: GO:0044445 ! cytosolic part
138
139 [Term]
140 id: GO:0000016
141 name: lactase activity
142 namespace: molecular_function
143 def: "Catalysis of the reaction: lactose + H2O = D-glucose + D-galactose." [EC:3.2.1.108]
144 xref: EC:3.2.1.108
145 xref: MetaCyc:LACTASE-RXN
146 xref: Reactome:20536
147 is_a: GO:0004553 ! hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
148
149 [Term]
150 id: GO:0000017
151 name: alpha-glucoside transport
152 namespace: biological_process
153 def: "The directed movement of alpha-glucosides into, out of, within or between cells. Alpha-glucosides are glycosides in which the sugar moiety is a glucose residue, and the anomeric carbon of the bond is in an alpha configuration." [GOC:jl, http://www.biochem.purdue.edu/, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
154 is_a: GO:0042946 ! glucoside transport
155
156 [Term]
157 id: GO:0000018
158 name: regulation of DNA recombination
159 namespace: biological_process
160 def: "Any process that modulates the frequency, rate or extent of DNA recombination, a process by which a new genotype is formed by reassortment of genes resulting in gene combinations different from those that were present in the parents." [GOC:go_curators, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
161 subset: gosubset_prok
162 is_a: GO:0051052 ! regulation of DNA metabolic process
163 relationship: part_of GO:0006310 ! DNA recombination
164
165 [Term]
166 id: GO:0000019
167 name: regulation of mitotic recombination
168 namespace: biological_process
169 def: "Any process that modulates the frequency, rate or extent of DNA recombination during mitosis." [GOC:go_curators]
170 synonym: "regulation of recombination within rDNA repeats" NARROW []
171 is_a: GO:0000018 ! regulation of DNA recombination
172 relationship: part_of GO:0006312 ! mitotic recombination
173
174 [Term]
175 id: GO:0000020
176 name: negative regulation of recombination within rDNA repeats
177 namespace: biological_process
178 def: "OBSOLETE. Any process that stops, prevents or reduces the frequency, rate or extent of genetic recombination within the DNA of the genes coding for ribosomal RNA." [GOC:go_curators, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
179 comment: This term was made obsolete because it describes a substrate-specific process.
180 is_obsolete: true
181 consider: GO:0045950
182
183 [Term]
184 id: GO:0000022
185 name: mitotic spindle elongation
186 namespace: biological_process
187 def: "Lengthening of the distance between poles of the mitotic spindle." [GOC:mah]
188 synonym: "spindle elongation during mitosis" EXACT []
189 is_a: GO:0051231 ! spindle elongation
190 relationship: part_of GO:0007052 ! mitotic spindle organization and biogenesis
191
192 [Term]
193 id: GO:0000023
194 name: maltose metabolic process
195 namespace: biological_process
196 def: "The chemical reactions and pathways involving the disaccharide maltose (4-O-alpha-D-glucopyranosyl-D-glucopyranose), an intermediate in the catabolism of glycogen and starch." [GOC:jl, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
197 subset: gosubset_prok
198 synonym: "malt sugar metabolic process" EXACT []
199 synonym: "malt sugar metabolism" EXACT []
200 synonym: "maltose metabolism" EXACT []
201 is_a: GO:0005984 ! disaccharide metabolic process
202
203 [Term]
204 id: GO:0000024
205 name: maltose biosynthetic process
206 namespace: biological_process
207 def: "The chemical reactions and pathways resulting in the formation of the disaccharide maltose (4-O-alpha-D-glucopyranosyl-D-glucopyranose)." [GOC:jl, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
208 subset: gosubset_prok
209 synonym: "malt sugar biosynthesis" EXACT []
210 synonym: "malt sugar biosynthetic process" EXACT []
211 synonym: "maltose anabolism" EXACT []
212 synonym: "maltose biosynthesis" EXACT []
213 synonym: "maltose formation" EXACT []
214 synonym: "maltose synthesis" EXACT []
215 is_a: GO:0000023 ! maltose metabolic process
216 is_a: GO:0046351 ! disaccharide biosynthetic process
217
218 [Term]
219 id: GO:0000025
220 name: maltose catabolic process
221 namespace: biological_process
222 def: "The chemical reactions and pathways resulting in the breakdown of the disaccharide maltose (4-O-alpha-D-glucopyranosyl-D-glucopyranose)." [GOC:jl, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
223 subset: gosubset_prok
224 synonym: "malt sugar catabolic process" EXACT []
225 synonym: "malt sugar catabolism" EXACT []
226 synonym: "maltose breakdown" EXACT []
227 synonym: "maltose degradation" EXACT []
228 synonym: "maltose hydrolysis" NARROW []
229 xref: MetaCyc:MALTOSECAT-PWY
230 is_a: GO:0000023 ! maltose metabolic process
231 is_a: GO:0046352 ! disaccharide catabolic process
232
233 [Term]
234 id: GO:0000026
235 name: alpha-1,2-mannosyltransferase activity
236 namespace: molecular_function
237 def: "Catalysis of the transfer of a mannose residue from GDP-mannose to an oligosaccharide, forming an alpha-1,2-linkage." [GOC:mcc, PMID:10521541]
238 xref: EC:2.4.1.-
239 is_a: GO:0000030 ! mannosyltransferase activity
240 [Term]
241 id: GO:0000027
242 name: ribosomal large subunit assembly and maintenance
243 namespace: biological_process
244 def: "The aggregation and bonding together of constituent RNAs and proteins to form and maintain the large ribosomal subunit." [GOC:jl]
245 subset: gosubset_prok
246 is_a: GO:0042257 ! ribosomal subunit assembly
247 relationship: part_of GO:0042273 ! ribosomal large subunit biogenesis and assembly
248 [Term]
249 id: GO:0000028
250 name: ribosomal small subunit assembly and maintenance
251 namespace: biological_process
252 def: "The aggregation and bonding together of constituent RNAs and proteins to form and maintain the small ribosomal subunit." [GOC:jl]
253 subset: gosubset_prok
254 is_a: GO:0042257 ! ribosomal subunit assembly
255 relationship: part_of GO:0042274 ! ribosomal small subunit biogenesis and assembly
256
257 [Other]
258 id: 12
259 name: something else
260 [Typedef]
261 id: part_of
262 name: part of
263 is_transitive: true
264 [Term]
265 id: GO:0000030
266 name: mannosyltransferase activity
267 namespace: molecular_function
268 def: "Catalysis of the transfer of a mannosyl group to an acceptor molecule, typically another carbohydrate or a lipid." [GOC:ai]
269 subset: gosubset_prok
270 xref: EC:2.4.1.-
271 xref: Reactome:7672
272 is_a: GO:0016758 ! transferase activity, transferring hexosyl groups
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293