forester/test_data/obo_test

   1 format-version: 1.2
   2 date: 05:10:2007 17:50
   3 saved-by: midori
   4 auto-generated-by: OBO-Edit 1.101
   5 subsetdef: goslim_generic "Generic GO slim"
   6 subsetdef: goslim_goa "GOA and proteome slim"
   7 subsetdef: goslim_plant "Plant GO slim"
   8 subsetdef: goslim_yeast "Yeast GO slim"
   9 subsetdef: gosubset_prok "Prokaryotic GO subset"
  10 default-namespace: gene_ontology
  11 remark: cvs version: $Revision: 1.4 $
  12 [Term]
  13 id: GO:0000001
  14 name: mitochondrion inheritance
  15 namespace: biological_process
  16 def: "The distribution of mitochondria, including the mitochondrial genome, into daughter cells after mitosis or meiosis, mediated by interactions between mitochondria and the cytoskeleton." [GOC:mcc, PMID:10873824, PMID:11389764]
  17 synonym: "mitochondrial inheritance" EXACT []
  18 is_a: GO:0048308 ! organelle inheritance
  19 is_a: GO:0048311 ! mitochondrion distribution
  20 is_obsolete: true
  21 consider: GO:0009055
  22 [Term]
  23 id:GO:0000002
  24 name:mitochondrial genome maintenance
  25 namespace:biological_process
  26 comment:comment
  27 def:"The maintenance of the structure and integrity of the mitochondrial genome." [GOC:ai]
  28 is_a:GO:0007005!mitochondrion organization and biogenesis
  29 is_obsolete: false
  30 xref: EC:2.4.1.-
  31 xref: Reactome:7672
  32 xref: MetaCyc:SIROHEME-FERROCHELAT-RXN
  33 xref: RESID:AA02376
  34 xref: UM-BBD_enzymeID:e0271
  35 relationship: part_of GO:0007052 ! mitotic spindle organization and biogenesis
  36
  37
  38  [Term]
  39 id: GO:0000003
  40 name: reproduction
  41 namespace: biological_process
  42 alt_id: GO:0019952
  43 alt_id: GO:0050876
  44 def: "The production by an organism of new individuals that contain some portion of their genetic material inherited from that organism." [GOC:go_curators, GOC:isa_complete, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
  45 subset: goslim_generic
  46 subset: goslim_plant
  47 subset: gosubset_prok
  48 synonym: "reproductive physiological process" EXACT []
  49 is_a: GO:0008150 ! biological_process
  50
  51 [Term]
  52 id: GO:0000005
  53 name: ribosomal chaperone activity
  54 namespace: molecular_function
  55 def: "OBSOLETE. Assists in the correct assembly of ribosomes or ribosomal subunits in vivo, but is not a component of the assembled ribosome when performing its normal biological function." [GOC:jl, PMID:12150913]
  56 comment: This term was made obsolete because it refers to a class of gene products and a biological process rather than a molecular function.
  57 is_obsolete: true
  58 consider: GO:0042254
  59 consider: GO:0051082
  60
  61 [Term]
  62 id: GO:0000006
  63 name: high affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
  64 namespace: molecular_function
  65 def: "Catalysis of the transfer of a solute or solutes from one side of a membrane to the other according to the reaction: Zn2+(out) = Zn2+(in), probably powered by proton motive force. In high affinity transport the transporter is able to bind the solute even if it is only present at very low concentrations." [TC:2.A.5.1.1]
  66 is_a: GO:0005385 ! zinc ion transmembrane transporter activity
  67
  68 [Term]
  69 id: GO:0000007
  70 name: low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
  71 namespace: molecular_function
  72 def: "Catalysis of the transfer of a solute or solutes from one side of a membrane to the other according to the reaction: Zn2+ = Zn2+, probably powered by proton motive force. In low affinity transport the transporter is able to bind the solute only if it is present at very high concentrations." [GOC:mtg_transport, ISBN:0815340729]
  73 is_a: GO:0005385 ! zinc ion transmembrane transporter activity
  74
  75 [Term]
  76 id: GO:0000008
  77 name: thioredoxin
  78 namespace: molecular_function
  79 alt_id: GO:0000013
  80 def: "OBSOLETE. A small disulfide-containing redox protein that serves as a general protein disulfide oxidoreductase. Interacts with a broad range of proteins by a redox mechanism, based on the reversible oxidation of 2 cysteine thiol groups to a disulfide, accompanied by the transfer of 2 electrons and 2 protons. The net result is the covalent interconversion of a disulfide and a dithiol." [GOC:kd]
  81 comment: This term was made obsolete because it represents gene products.
  82 is_obsolete: true
  83 consider: GO:0030508
  84
  85 [Term]
  86 id: GO:0000009
  87 name: alpha-1,6-mannosyltransferase activity
  88 namespace: molecular_function
  89 def: "Catalysis of the transfer of a mannose residue from GDP-mannose to an oligosaccharide, forming an alpha-1,6-linkage." [GOC:mcc, PMID:2644248]
  90 xref: EC:2.4.1.-
  91 is_a: GO:0000030 ! mannosyltransferase activity
  92
  93 [Term]
  94 id: GO:0000010
  95 name: trans-hexaprenyltranstransferase activity
  96 namespace: molecular_function
  97 def: "Catalysis of the reaction: all-trans-hexaprenyl diphosphate + isopentenyl diphosphate = diphosphate + all-trans-heptaprenyl diphosphate." [EC:2.5.1.30]
  98 subset: gosubset_prok
  99 synonym: "all-trans-heptaprenyl-diphosphate synthase activity" EXACT [EC:2.5.1.30]
 100 synonym: "heptaprenyl diphosphate synthase activity" EXACT [EC:2.5.1.30]
 101 synonym: "heptaprenyl pyrophosphate synthetase activity" EXACT [EC:2.5.1.30]
 102 xref: EC:2.5.1.30
 103 xref: MetaCyc:TRANS-HEXAPRENYLTRANSTRANSFERASE-RXN
 104 is_a: GO:0016765 ! transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups
 105
 106 [Term]
 107 id: GO:0000011
 108 name: vacuole inheritance
 109 namespace: biological_process
 110 def: "The distribution of vacuoles into daughter cells after mitosis or meiosis, mediated by interactions between vacuoles and the cytoskeleton." [GOC:mcc, PMID:10873824, PMID:14616069]
 111 is_a: GO:0007033 ! vacuole organization and biogenesis
 112 is_a: GO:0048308 ! organelle inheritance
 113
 114 [Term]
 115 id: GO:0000012
 116 name: single strand break repair
 117 namespace: biological_process
 118 def: "The repair of single strand breaks in DNA. Repair of such breaks is mediated by the same enzyme systems as are used in base excision repair." [http://www.ultranet.com/~jkimball/BiologyPages/D/DNArepair.html]
 119 subset: gosubset_prok
 120 is_a: GO:0006281 ! DNA repair
 121
 122 [Term]
 123 id: GO:0000014
 124 name: single-stranded DNA specific endodeoxyribonuclease activity
 125 namespace: molecular_function
 126 def: "Catalysis of the hydrolysis of ester linkages within a single-stranded deoxyribonucleic acid molecule by creating internal breaks." [GOC:mah]
 127 is_a: GO:0004520 ! endodeoxyribonuclease activity
 128
 129 [Term]
 130 id: GO:0000015
 131 name: phosphopyruvate hydratase complex
 132 namespace: cellular_component
 133 def: "A multimeric enzyme complex, usually a dimer or an octamer, that catalyzes the conversion of 2-phospho-D-glycerate to phosphoenolpyruvate and water." [GOC:jl, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
 134 subset: gosubset_prok
 135 synonym: "enolase complex" EXACT []
 136 is_a: GO:0043234 ! protein complex
 137 is_a: GO:0044445 ! cytosolic part
 138
 139 [Term]
 140 id: GO:0000016
 141 name: lactase activity
 142 namespace: molecular_function
 143 def: "Catalysis of the reaction: lactose + H2O = D-glucose + D-galactose." [EC:3.2.1.108]
 144 xref: EC:3.2.1.108
 145 xref: MetaCyc:LACTASE-RXN
 146 xref: Reactome:20536
 147 is_a: GO:0004553 ! hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
 148
 149 [Term]
 150 id: GO:0000017
 151 name: alpha-glucoside transport
 152 namespace: biological_process
 153 def: "The directed movement of alpha-glucosides into, out of, within or between cells. Alpha-glucosides are glycosides in which the sugar moiety is a glucose residue, and the anomeric carbon of the bond is in an alpha configuration." [GOC:jl, http://www.biochem.purdue.edu/, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
 154 is_a: GO:0042946 ! glucoside transport
 155
 156 [Term]
 157 id: GO:0000018
 158 name: regulation of DNA recombination
 159 namespace: biological_process
 160 def: "Any process that modulates the frequency, rate or extent of DNA recombination, a process by which a new genotype is formed by reassortment of genes resulting in gene combinations different from those that were present in the parents." [GOC:go_curators, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
 161 subset: gosubset_prok
 162 is_a: GO:0051052 ! regulation of DNA metabolic process
 163 relationship: part_of GO:0006310 ! DNA recombination
 164
 165 [Term]
 166 id: GO:0000019
 167 name: regulation of mitotic recombination
 168 namespace: biological_process
 169 def: "Any process that modulates the frequency, rate or extent of DNA recombination during mitosis." [GOC:go_curators]
 170 synonym: "regulation of recombination within rDNA repeats" NARROW []
 171 is_a: GO:0000018 ! regulation of DNA recombination
 172 relationship: part_of GO:0006312 ! mitotic recombination
 173
 174 [Term]
 175 id: GO:0000020
 176 name: negative regulation of recombination within rDNA repeats
 177 namespace: biological_process
 178 def: "OBSOLETE. Any process that stops, prevents or reduces the frequency, rate or extent of genetic recombination within the DNA of the genes coding for ribosomal RNA." [GOC:go_curators, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
 179 comment: This term was made obsolete because it describes a substrate-specific process.
 180 is_obsolete: true
 181 consider: GO:0045950
 182
 183 [Term]
 184 id: GO:0000022
 185 name: mitotic spindle elongation
 186 namespace: biological_process
 187 def: "Lengthening of the distance between poles of the mitotic spindle." [GOC:mah]
 188 synonym: "spindle elongation during mitosis" EXACT []
 189 is_a: GO:0051231 ! spindle elongation
 190 relationship: part_of GO:0007052 ! mitotic spindle organization and biogenesis
 191
 192 [Term]
 193 id: GO:0000023
 194 name: maltose metabolic process
 195 namespace: biological_process
 196 def: "The chemical reactions and pathways involving the disaccharide maltose (4-O-alpha-D-glucopyranosyl-D-glucopyranose), an intermediate in the catabolism of glycogen and starch." [GOC:jl, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
 197 subset: gosubset_prok
 198 synonym: "malt sugar metabolic process" EXACT []
 199 synonym: "malt sugar metabolism" EXACT []
 200 synonym: "maltose metabolism" EXACT []
 201 is_a: GO:0005984 ! disaccharide metabolic process
 202
 203 [Term]
 204 id: GO:0000024
 205 name: maltose biosynthetic process
 206 namespace: biological_process
 207 def: "The chemical reactions and pathways resulting in the formation of the disaccharide maltose (4-O-alpha-D-glucopyranosyl-D-glucopyranose)." [GOC:jl, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
 208 subset: gosubset_prok
 209 synonym: "malt sugar biosynthesis" EXACT []
 210 synonym: "malt sugar biosynthetic process" EXACT []
 211 synonym: "maltose anabolism" EXACT []
 212 synonym: "maltose biosynthesis" EXACT []
 213 synonym: "maltose formation" EXACT []
 214 synonym: "maltose synthesis" EXACT []
 215 is_a: GO:0000023 ! maltose metabolic process
 216 is_a: GO:0046351 ! disaccharide biosynthetic process
 217
 218 [Term]
 219 id: GO:0000025
 220 name: maltose catabolic process
 221 namespace: biological_process
 222 def: "The chemical reactions and pathways resulting in the breakdown of the disaccharide maltose (4-O-alpha-D-glucopyranosyl-D-glucopyranose)." [GOC:jl, ISBN:0198506732 "Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology"]
 223 subset: gosubset_prok
 224 synonym: "malt sugar catabolic process" EXACT []
 225 synonym: "malt sugar catabolism" EXACT []
 226 synonym: "maltose breakdown" EXACT []
 227 synonym: "maltose degradation" EXACT []
 228 synonym: "maltose hydrolysis" NARROW []
 229 xref: MetaCyc:MALTOSECAT-PWY
 230 is_a: GO:0000023 ! maltose metabolic process
 231 is_a: GO:0046352 ! disaccharide catabolic process
 232
 233 [Term]
 234 id: GO:0000026
 235 name: alpha-1,2-mannosyltransferase activity
 236 namespace: molecular_function
 237 def: "Catalysis of the transfer of a mannose residue from GDP-mannose to an oligosaccharide, forming an alpha-1,2-linkage." [GOC:mcc, PMID:10521541]
 238 xref: EC:2.4.1.-
 239 is_a: GO:0000030 ! mannosyltransferase activity
 240 [Term]
 241 id: GO:0000027
 242 name: ribosomal large subunit assembly and maintenance
 243 namespace: biological_process
 244 def: "The aggregation and bonding together of constituent RNAs and proteins to form and maintain the large ribosomal subunit." [GOC:jl]
 245 subset: gosubset_prok
 246 is_a: GO:0042257 ! ribosomal subunit assembly
 247 relationship: part_of GO:0042273 ! ribosomal large subunit biogenesis and assembly
 248 [Term]
 249 id: GO:0000028
 250 name: ribosomal small subunit assembly and maintenance
 251 namespace: biological_process
 252 def: "The aggregation and bonding together of constituent RNAs and proteins to form and maintain the small ribosomal subunit." [GOC:jl]
 253 subset: gosubset_prok
 254 is_a: GO:0042257 ! ribosomal subunit assembly
 255 relationship: part_of GO:0042274 ! ribosomal small subunit biogenesis and assembly
 256
 257 [Other]
 258 id: 12
 259 name: something else
 260 [Typedef]
 261 id: part_of
 262 name: part of
 263 is_transitive: true
 264 [Term]
 265 id: GO:0000030
 266 name: mannosyltransferase activity
 267 namespace: molecular_function
 268 def: "Catalysis of the transfer of a mannosyl group to an acceptor molecule, typically another carbohydrate or a lipid." [GOC:ai]
 269 subset: gosubset_prok
 270 xref: EC:2.4.1.-
 271 xref: Reactome:7672
 272 is_a: GO:0016758 ! transferase activity, transferring hexosyl groups
 273
 274
 275
 276
 277
 278
 279
 280
 281
 282
 283
 284
 285
 286
 287
 288
 289
 290
 291
 292
 293