forester_applications/src/org/forester/applications/core_chars.java

   1
   2 package org.forester.applications;
   3
   4 // $Id:
   5 // FORESTER -- software libraries and applications
   6 // for evolutionary biology research and applications.
   7 //
   8 // Copyright (C) 2008-2011 Christian M. Zmasek
   9 // Copyright (C) 2008-2011 Burnham Institute for Medical Research
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  28 // javac -cp ~/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester/java/forester.jar
  29 // ~/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester_applications/src/org/forester/applications/core_chars.java
  30 // java -Xmx2048m -cp
  31 // /home/czmasek/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester_applications/src/:/home/czmasek/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester/java/forester.jar
  32 // org.forester.applications.core_chars
  33 import java.io.File;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.SortedSet;
  36 import java.util.TreeSet;
  37
  38 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  39 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  40 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  41 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  42
  43 public class core_chars {
  44
  45     final static boolean SIMPLE = true;
  46
  47     public static void main( final String args[] ) {
  48         if ( args.length != 1 ) {
  49             System.err.println();
  50             System.err.println( "core_chars: wrong number of arguments" );
  51             System.err.println( "Usage: \"get_subtree_specific_chars <intree>" );
  52             System.err.println();
  53             System.exit( -1 );
  54         }
  55         final File infile = new File( args[ 0 ] );
  56         Phylogeny phy = null;
  57         try {
  58             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  59             phy = factory.create( infile, org.forester.io.parsers.util.ParserUtils
  60                                   .createParserDependingOnFileType( infile, true ) )[ 0 ];
  61         }
  62         catch ( final Exception e ) {
  63             System.err.println( e + "\nCould not read " + infile + "\n" );
  64             System.exit( -1 );
  65         }
  66         final SortedSet<String> a = getAllExternalPresentAndGainedCharacters( phy.getNode( "Opisthokonta" ) );
  67         final SortedSet<String> b = getAllExternalPresentAndGainedCharacters( phy.getNode( "THETRA" ) );
  68         final SortedSet<String> c = getAllExternalPresentAndGainedCharacters( phy.getNode( "Amoebozoa" ) );
  69         final SortedSet<String> d = getAllExternalPresentAndGainedCharacters( phy.getNode( "Archaeplastida" ) );
  70         final SortedSet<String> e = getAllExternalPresentAndGainedCharacters( phy.getNode( "Chromalveolate" ) );
  71         final SortedSet<String> f = getAllExternalPresentAndGainedCharacters( phy.getNode( "Excavata" ) );
  72         a.retainAll( b );
  73         a.retainAll( c );
  74         a.retainAll( d );
  75         a.retainAll( e );
  76         a.retainAll( f );
  77         System.out.println( a.size() );
  78         for( final String s : a ) {
  79             System.out.println( s );
  80         }
  81     }
  82
  83     private static SortedSet<String> getAllExternalPresentAndGainedCharacters( final PhylogenyNode node ) {
  84         final SortedSet<String> chars = new TreeSet<String>();
  85         final List<PhylogenyNode> descs = node.getAllExternalDescendants();
  86         for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
  87             chars.addAll( desc.getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters() );
  88             chars.addAll( desc.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters() );
  89         }
  90         return chars;
  91     }
  92 }