forester_applications/src/org/forester/applications/get_genome_counts_per_char.java

   1
   2 package org.forester.applications;
   3
   4 // $Id:
   5 // FORESTER -- software libraries and applications
   6 // for evolutionary biology research and applications.
   7 //
   8 // Copyright (C) 2008-2011 Christian M. Zmasek
   9 // Copyright (C) 2008-2011 Burnham Institute for Medical Research
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  28 // javac -cp ~/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester/java/forester.jar
  29 // ~/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester_applications/src/org/forester/applications/get_genome_counts_per_char.java
  30 // java -Xmx2048m -cp
  31 // /home/czmasek/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester_applications/src/:/home/czmasek/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester/java/forester.jar
  32 // org.forester.applications.get_genome_counts_per_char
  33 import java.io.File;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.SortedSet;
  36 import java.util.TreeSet;
  37
  38 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  39 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  40 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  41 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  42 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  43
  44 public class get_genome_counts_per_char {
  45
  46     final static boolean SIMPLE = true;
  47
  48     public static void main( final String args[] ) {
  49         if ( args.length != 1 ) {
  50             System.err.println();
  51             System.err.println( "get_genome_counts_per_char: wrong number of arguments" );
  52             System.err.println( "Usage: \"get_subtree_specific_chars <intree>" );
  53             System.err.println();
  54             System.exit( -1 );
  55         }
  56         final File infile = new File( args[ 0 ] );
  57         Phylogeny phy = null;
  58         try {
  59             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  60             phy = factory.create( infile, org.forester.io.parsers.util.ParserUtils
  61                                   .createParserDependingOnFileType( infile, true ) )[ 0 ];
  62         }
  63         catch ( final Exception e ) {
  64             System.err.println( e + "\nCould not read " + infile + "\n" );
  65             System.exit( -1 );
  66         }
  67         final SortedSet<String> all_chars = getAllExternalPresentAndGainedCharacters( phy.getRoot() );
  68         final SortedSet<String> human = getAllExternalPresentAndGainedCharacters( phy.getNode( "HUMAN" ) );
  69         final SortedSet<String> primates = getAllExternalPresentAndGainedCharacters( phy.getNode( find( "Primates", phy ) ) );
  70         final SortedSet<String> mammalia = getAllExternalPresentAndGainedCharacters( phy.getNode(find( "Mammalia", phy ) ) );
  71         final SortedSet<String> metazoa = getAllExternalPresentAndGainedCharacters( phy.getNode(find( "Metazoa", phy ) ) );
  72         final SortedSet<String> fungi = getAllExternalPresentAndGainedCharacters( phy.getNode(find( "Fungi", phy ) ) );
  73         final SortedSet<String> plants = getAllExternalPresentAndGainedCharacters( phy.getNode(find( "Viridiplantae", phy ) ) );
  74         System.out.println( "Sum of all external characters:\t" + all_chars.size() );
  75         System.out.println();
  76         final List<PhylogenyNode> ext = phy.getRoot().getAllExternalDescendants();
  77         System.out.println( "genomes" + "\t" + ext.size() );
  78         for( final String c : all_chars ) {
  79             int count = 0;
  80             for( final PhylogenyNode e : ext ) {
  81                 if ( e.getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().contains( c )
  82                         || e.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().contains( c ) ) {
  83                     count++;
  84                 }
  85             }
  86             if ( count < 1 ) {
  87                 System.err.println( "error" );
  88                 System.exit( -1 );
  89             }
  90             System.out.print( c + "\t" + count + "\t" );
  91             if ( human.contains( c ) ) {
  92                 System.out.print( "HUMAN" + "\t" );
  93             }
  94             else {
  95                 System.out.print( "" + "\t" );
  96             }
  97             if ( primates.contains( c ) ) {
  98                 System.out.print( "PRIMATES" + "\t" );
  99             }
 100             else {
 101                 System.out.print( "" + "\t" );
 102             }
 103             if ( mammalia.contains( c ) ) {
 104                 System.out.print( "MAMMALS" + "\t" );
 105             }
 106             else {
 107                 System.out.print( "" + "\t" );
 108             }
 109             if ( metazoa.contains( c ) ) {
 110                 System.out.print( "METAZOA" + "\t" );
 111             }
 112             else {
 113                 System.out.print( "" + "\t" );
 114             }
 115             if ( fungi.contains( c ) ) {
 116                 System.out.print( "FUNGI" + "\t" );
 117             }
 118             else {
 119                 System.out.print( "" + "\t" );
 120             }
 121             if ( plants.contains( c ) ) {
 122                 System.out.print( "PLANTS" + "\t" );
 123             }
 124             else {
 125                 System.out.print( "" + "\t" );
 126             }
 127             System.out.println();
 128         }
 129     }
 130
 131     private static Long find( final String s, final Phylogeny phy ) {
 132         final List<Long> l = PhylogenyMethods.searchData( s, phy, true, false, false, false, 0 );
 133         if ( l.size() != 1 ) {
 134             System.err.println( "error: " + s );
 135             System.exit( -1 );
 136         }
 137         return l.get( 0 );
 138     }
 139
 140     private static SortedSet<String> getAllExternalPresentAndGainedCharacters( final PhylogenyNode node ) {
 141         final SortedSet<String> chars = new TreeSet<String>();
 142         final List<PhylogenyNode> descs = node.getAllExternalDescendants();
 143         for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
 144             chars.addAll( desc.getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters() );
 145             chars.addAll( desc.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters() );
 146         }
 147         return chars;
 148     }
 149 }