forester_applications/src/org/forester/applications/get_loss_nodes.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25 // javac -cp ~/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester/java/forester.jar
  26 // ~/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester_applications/src/org/forester/applications/get_loss_nodes.java
  27 // java -Xmx2048m -cp
  28 // /home/czmasek/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester_applications/src/:/home/czmasek/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester/java/forester.jar
  29 // org.forester.applications.get_loss_nodes
  30
  31 package org.forester.applications;
  32
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.IOException;
  35 import java.util.List;
  36
  37 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  38 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  39 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  40 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  41 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  42 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  43 import org.forester.util.ForesterUtil;
  44
  45 public class get_loss_nodes {
  46
  47     public static void main( final String args[] ) {
  48         if ( args.length != 2 ) {
  49             System.out.println( "get_loss_nodes: Wrong number of arguments" );
  50             System.out.println( "Usage: \"get_loss_nodes <phylogeny file> <file with characters>\"" );
  51             System.exit( -1 );
  52         }
  53         final File phylogeny_infile = new File( args[ 0 ] );
  54         Phylogeny p = null;
  55         try {
  56             final PhylogenyParser pp = org.forester.io.parsers.util.ParserUtils
  57                     .createParserDependingOnFileType( phylogeny_infile, true );
  58             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  59             p = factory.create( phylogeny_infile, pp )[ 0 ];
  60         }
  61         catch ( final Exception e ) {
  62             e.printStackTrace();
  63             System.exit( -1 );
  64         }
  65         List<String> chars = null;
  66         try {
  67             chars = ForesterUtil.file2list( new File( args[ 1 ] ) );
  68         }
  69         catch ( final IOException e ) {
  70             e.printStackTrace();
  71             System.exit( -1 );
  72         }
  73         for( final String c : chars ) {
  74             boolean found = false;
  75             for( final PhylogenyNodeIterator it = p.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
  76                 final PhylogenyNode n = it.next();
  77                 if ( n.getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().contains( c ) ) {
  78                     if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
  79                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) {
  80                         System.out.println( c + "\t" + n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() );
  81                     }
  82                     else {
  83                         System.out.println( c + "\t" + n.getName() );
  84                     }
  85                     found = true;
  86                 }
  87             }
  88             if ( !found ) {
  89                 System.out.println( c + "\t" + "never lost" );
  90             }
  91         }
  92     }
  93 }