forester_applications/src/org/forester/applications/inverted_dcs.java

   1
   2 package org.forester.applications;
   3
   4 // $Id:
   5 // FORESTER -- software libraries and applications
   6 // for evolutionary biology research and applications.
   7 //
   8 // Copyright (C) 2008-2011 Christian M. Zmasek
   9 // Copyright (C) 2008-2011 Burnham Institute for Medical Research
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  28 // javac -cp ~/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester/java/forester.jar
  29 // ~/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester_applications/src/org/forester/applications/inverted_dcs.java
  30 // java -Xmx2048m -cp
  31 // /home/czmasek/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester_applications/src/:/home/czmasek/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester/java/forester.jar
  32 // org.forester.applications.inverted_dcs
  33 import java.io.File;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.SortedSet;
  36 import java.util.TreeSet;
  37
  38 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  39 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  40 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  41 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  42
  43 public class inverted_dcs {
  44
  45     final static boolean SIMPLE = true;
  46
  47     public static void main( final String args[] ) {
  48         if ( args.length != 1 ) {
  49             System.err.println();
  50             System.err.println( "inverted_dcs: wrong number of arguments" );
  51             System.err.println( "Usage: \"get_subtree_specific_chars <intree>" );
  52             System.err.println();
  53             System.exit( -1 );
  54         }
  55         final File infile = new File( args[ 0 ] );
  56         Phylogeny phy = null;
  57         try {
  58             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  59             phy = factory.create( infile, org.forester.io.parsers.util.ParserUtils
  60                     .createParserDependingOnFileType( infile, true ) )[ 0 ];
  61         }
  62         catch ( final Exception e ) {
  63             System.err.println( e + "\nCould not read " + infile + "\n" );
  64             System.exit( -1 );
  65         }
  66         final SortedSet<String> orig = getAllExternalPresentAndGainedCharacters( phy.getRoot() );
  67         System.out.println( "total=" + orig.size() );
  68         for( final String dc : orig ) {
  69             final String split[] = dc.split( "=" );
  70             final String inv = split[ 1 ] + "=" + split[ 0 ];
  71             if ( orig.contains( inv ) ) {
  72                 System.out.println( dc );
  73             }
  74         }
  75     }
  76
  77     private static SortedSet<String> getAllExternalPresentAndGainedCharacters( final PhylogenyNode node ) {
  78         final SortedSet<String> chars = new TreeSet<String>();
  79         final List<PhylogenyNode> descs = node.getAllExternalDescendants();
  80         for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
  81             chars.addAll( desc.getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters() );
  82             chars.addAll( desc.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters() );
  83         }
  84         return chars;
  85     }
  86 }