forester_applications/src/org/forester/applications/map_lengths.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for genomics and evolutionary biology research.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2011 Christian M Zmasek
   7 // Copyright (C) 2011 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  26
  27 package org.forester.applications;
  28
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.util.List;
  32
  33 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  34 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  35 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  36 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  37 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  38 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesList;
  39 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  40 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  41 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  42 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  43 import org.forester.sequence.MolecularSequence;
  44 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  45 import org.forester.util.ForesterUtil;
  46
  47 public class map_lengths {
  48
  49     final static private String PRG_NAME = "map_lengths";
  50
  51     public static void main( final String[] args ) {
  52         CommandLineArguments cla = null;
  53         try {
  54             cla = new CommandLineArguments( args );
  55         }
  56         catch ( final Exception e ) {
  57             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  58         }
  59         try {
  60             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  61             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
  62             ;
  63             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( cla.getFile( 0 ), xml_parser );
  64             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 0 ];
  65             for( int i = 1; i < cla.getNumberOfNames(); i++ ) {
  66                 final String fasta_name = cla.getName( i );
  67                 final List<MolecularSequence> seqs = FastaParser.parse( new File( fasta_name ) );
  68                 for( int s = 0; s < seqs.size(); s++ ) {
  69                     final MolecularSequence seq = seqs.get( s );
  70                     final int actual_length = seq.getLength() - seq.getNumberOfGapResidues();
  71                     String node_name = "" + seq.getIdentifier();
  72                     node_name = node_name.substring( 0, node_name.indexOf( "/" ) );
  73                     final PhylogenyNode n = phy.getNode( node_name );
  74                     if ( n.getNodeData().getProperties() == null ) {
  75                         n.getNodeData().setProperties( new PropertiesList() );
  76                     }
  77                     final PropertiesList properties = n.getNodeData().getProperties();
  78                     final Property p = new Property( "r:" + i, "" + actual_length, "", "xsd:integer", AppliesTo.NODE );
  79                     properties.addProperty( p );
  80                 }
  81             }
  82             Archaeopteryx.createApplication( phy );
  83         }
  84         catch ( final IOException e ) {
  85             // TODO Auto-generated catch block
  86             e.printStackTrace();
  87         }
  88     }
  89 }