forester_applications/src/org/forester/applications/shared_chars_in_ext_nodes.java

   1
   2 package org.forester.applications;
   3
   4 // $Id:
   5 // FORESTER -- software libraries and applications
   6 // for evolutionary biology research and applications.
   7 //
   8 // Copyright (C) 2008-2011 Christian M. Zmasek
   9 // Copyright (C) 2008-2011 Burnham Institute for Medical Research
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  28 // javac -cp ~/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester/java/forester.jar
  29 // ~/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester_applications/src/org/forester/applications/shared_chars_in_ext_nodes.java
  30 // java -Xmx2048m -cp
  31 // /home/czmasek/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester_applications/src/:/home/czmasek/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester/java/forester.jar
  32 // org.forester.applications.shared_chars_in_ext_nodes
  33 import java.io.File;
  34 import java.util.SortedSet;
  35 import java.util.TreeSet;
  36
  37 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  38 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  39 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  40 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  41 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  42
  43 public class shared_chars_in_ext_nodes {
  44
  45     final static boolean SIMPLE = true;
  46
  47     public static void main( final String args[] ) {
  48         if ( args.length != 2 ) {
  49             System.err.println();
  50             System.err.println( "shared_chars_in_ext_nodes: wrong number of arguments" );
  51             System.err.println( "Usage: \"shared_chars_in_ext_nodes <intree> <node name>" );
  52             System.err.println();
  53             System.exit( -1 );
  54         }
  55         final File infile = new File( args[ 0 ] );
  56         final String node_name = args[ 1 ];
  57         Phylogeny phy = null;
  58         try {
  59             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  60             phy = factory.create( infile, org.forester.io.parsers.util.ParserUtils
  61                     .createParserDependingOnFileType( infile, true ) )[ 0 ];
  62         }
  63         catch ( final Exception e ) {
  64             System.err.println( e + "\nCould not read " + infile + "\n" );
  65             System.exit( -1 );
  66         }
  67         final SortedSet<String> a = phy.getNode( node_name ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters();
  68         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward(); it.hasNext(); ) {
  69             final PhylogenyNode n = it.next();
  70             final SortedSet<String> b = n.getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters();
  71             final SortedSet<String> a_copy = copy( a );
  72             a_copy.retainAll( b );
  73             final double ratio = ( double ) a_copy.size() / b.size();
  74             System.out.println( n.getName() + "\t\"" + a_copy.size() + "/" + b.size() + "\"\t" + ratio );
  75         }
  76     }
  77
  78     private static SortedSet<String> copy( final SortedSet<String> set ) {
  79         final SortedSet<String> copy = new TreeSet<String>();
  80         for( final String i : set ) {
  81             copy.add( i );
  82         }
  83         return copy;
  84     }
  85 }