in pprogress...
[jalview.git] / forester_applications / src / org / forester / applications / simple_node_processor.java
1 // $Id:
2 // FORESTER -- software libraries and applications
3 // for evolutionary biology research and applications.
4 //
5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
7 // All rights reserved
8 //
9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
11 // License as published by the Free Software Foundation; either
12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
13 //
14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
17 // Lesser General Public License for more details.
18 //
19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
22 //
23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
24 // WWW: www.phylosoft.org
25 // javac -cp ~/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester/java/forester.jar
26 // ~/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester_applications/src/org/forester/applications/simple_node_processor.java
27 // java -Xmx2048m -cp
28 // /home/czmasek/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester_applications/src/:/home/czmasek/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester/java/forester.jar
29 // org.forester.applications.simple_node_processor
30
31 package org.forester.applications;
32
33 import java.io.File;
34
35 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
36 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
37 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
38 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
39 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
40 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
41 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
42 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
43 import org.forester.util.CommandLineArguments;
44 import org.forester.util.ForesterUtil;
45
46 public class simple_node_processor {
47
48     public static void main( final String args[] ) {
49         File in = null;
50         final File out = null;
51         try {
52             CommandLineArguments cla = null;
53             cla = new CommandLineArguments( args );
54             in = cla.getFile( 0 );
55             //   in = new File( "");
56             //out = cla.getFile( 1 );
57             // if ( out.exists() ) {
58             //      System.out.println( out + " already exists" );
59             //      System.exit( -1 );
60             //  }
61             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
62             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
63             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( in, xml_parser );
64             final Phylogeny phylogeny_0 = phylogenies_0[ 0 ];
65             final PhylogenyNodeIterator it = phylogeny_0.iteratorPostorder();
66             int i = 0;
67             while ( it.hasNext() ) {
68                 final PhylogenyNode node = it.next();
69                 processNode( node, i, phylogeny_0 );
70                 i++;
71             }
72             final PhylogenyWriter writer = new PhylogenyWriter();
73             //writer.toPhyloXML( out, phylogeny_0, 0 );
74         }
75         catch ( final Exception e ) {
76             System.out.println( e.getLocalizedMessage() );
77             e.printStackTrace();
78             System.exit( -1 );
79         }
80     }
81
82     //    private static void processNode( final PhylogenyNode node, final int i ) {
83     //        node.setDistanceToParent( PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT );
84     //        if ( !node.isExternal() ) {
85     //            if ( ( node.getName() == null ) || node.getName().isEmpty() ) {
86     //                node.setName( BASE + i );
87     //            }
88     //        }
89     //    }
90     private static void processNode( final PhylogenyNode node, final int i, final Phylogeny phy ) {
91         //if ( node.isExternal() ) {
92         //    final String c = "" + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount();
93         //    final String s = node.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName();
94         //    System.out.println( s + "\t" + c );
95         //}
96         //        if ( !node.isExternal() ) {
97         //            if ( !node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
98         //                if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
99         //                    if ( ( node.getName().indexOf( "_" ) < 0 ) && ( node.getName().indexOf( "&" ) < 0 )
100         //                            && ( node.getName().indexOf( " " ) < 0 ) ) {
101         //                        Taxonomy t = new Taxonomy();
102         //                        t.setScientificName( node.getName() );
103         //                        node.getNodeData().addTaxonomy( t );
104         //                        node.setName( "" );
105         //                    }
106         //                }
107         //            }
108         //        }
109         if ( node.isExternal() ) {
110             //final Taxonomy t = node.getNodeData().getTaxonomy();
111             //System.out.println( t.getTaxonomyCode() + "\t" + t.getScientificName() + "\t" + t.getCommonName()
112             //        + "\t" + label );
113             //            if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
114             //                final Taxonomy t = node.getNodeData().getTaxonomy();
115             //                if ( !ForesterUtil.isEmpty( t.getTaxonomyCode() ) && ( t.getTaxonomyCode().length() == 5 ) ) {
116             //                    if ( node.getName().equalsIgnoreCase( t.getTaxonomyCode() ) ) {
117             //                        node.setName( "" );
118             //                    }
119             //                }
120             //            }
121             if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
122                 final Taxonomy t = node.getNodeData().getTaxonomy();
123                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( t.getTaxonomyCode() ) ) {
124                     final String c = t.getTaxonomyCode();
125                     if ( c.indexOf( "XX" ) == 3 ) {
126                         System.out.println( "FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( \"" + c + "\", " + t.getIdentifier().getValue()
127                                             + ");" );
128                     }
129                     //   SurfacingUtil.obtainHexColorStringDependingOnTaxonomyGroup( t.getTaxonomyCode(), phy );
130                 }
131             }
132         }
133     }
134 }