forester_applications/src/org/forester/applications/simple_node_processor.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org
  25 // javac -cp ~/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester/java/forester.jar
  26 // ~/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester_applications/src/org/forester/applications/simple_node_processor.java
  27 // java -Xmx2048m -cp
  28 // /home/czmasek/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester_applications/src/:/home/czmasek/SOFTWARE_DEV/ECLIPSE_WORKSPACE/forester/java/forester.jar
  29 // org.forester.applications.simple_node_processor
  30
  31 package org.forester.applications;
  32
  33 import java.io.File;
  34
  35 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  36 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  37 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  38 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  39 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  40 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  41 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  42 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  43 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  44 import org.forester.util.ForesterUtil;
  45
  46 public class simple_node_processor {
  47
  48     private final static String BASE = "b_";
  49
  50     public static void main( final String args[] ) {
  51         File in = null;
  52         File out = null;
  53         try {
  54             CommandLineArguments cla = null;
  55             cla = new CommandLineArguments( args );
  56             in = cla.getFile( 0 );
  57             out = cla.getFile( 1 );
  58             // if ( out.exists() ) {
  59             //      System.out.println( out + " already exists" );
  60             //      System.exit( -1 );
  61             //  }
  62             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  63             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
  64             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( in, xml_parser );
  65             final Phylogeny phylogeny_0 = phylogenies_0[ 0 ];
  66             final PhylogenyNodeIterator it = phylogeny_0.iteratorPostorder();
  67             int i = 0;
  68             while ( it.hasNext() ) {
  69                 final PhylogenyNode node = it.next();
  70                 processNode( node, i );
  71                 i++;
  72             }
  73             final PhylogenyWriter writer = new PhylogenyWriter();
  74             writer.toPhyloXML( out, phylogeny_0, 0 );
  75         }
  76         catch ( final Exception e ) {
  77             System.out.println( e.getLocalizedMessage() );
  78             e.printStackTrace();
  79             System.exit( -1 );
  80         }
  81     }
  82
  83     //    private static void processNode( final PhylogenyNode node, final int i ) {
  84     //        node.setDistanceToParent( PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT );
  85     //        if ( !node.isExternal() ) {
  86     //            if ( ( node.getName() == null ) || node.getName().isEmpty() ) {
  87     //                node.setName( BASE + i );
  88     //            }
  89     //        }
  90     //    }
  91     private static void processNode( final PhylogenyNode node, final int i ) {
  92         //if ( node.isExternal() ) {
  93         //    final String c = "" + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount();
  94         //    final String s = node.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName();
  95         //    System.out.println( s + "\t" + c );
  96         //}
  97         //        if ( !node.isExternal() ) {
  98         //            if ( !node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
  99         //                if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 100         //                    if ( ( node.getName().indexOf( "_" ) < 0 ) && ( node.getName().indexOf( "&" ) < 0 )
 101         //                            && ( node.getName().indexOf( " " ) < 0 ) ) {
 102         //                        Taxonomy t = new Taxonomy();
 103         //                        t.setScientificName( node.getName() );
 104         //                        node.getNodeData().addTaxonomy( t );
 105         //                        node.setName( "" );
 106         //                    }
 107         //                }
 108         //            }
 109         //        }
 110         if ( node.isExternal() ) {
 111             if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 112                 Taxonomy t = node.getNodeData().getTaxonomy();
 113                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( t.getTaxonomyCode() ) && t.getTaxonomyCode().length() == 5 ) {
 114                     if ( node.getName().equalsIgnoreCase( t.getTaxonomyCode() ) ) {
 115                         node.setName( "" );
 116                     }
 117                 }
 118             }
 119         }
 120     }
 121 }