forester_applications/src/org/forester/applications/wiki_examples.java

   1
   2 package org.forester.applications;
   3
   4 import java.awt.Color;
   5 import java.io.File;
   6 import java.io.IOException;
   7 import java.util.HashMap;
   8 import java.util.Map;
   9
  10 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  11 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  12 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  13 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  14 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  15 import org.forester.phylogeny.data.BranchColor;
  16 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  17
  18 public class wiki_examples {
  19
  20     public static void main( final String[] args ) {
  21         // Reading-in of (a) tree(s) from a file.
  22         final File treefile = new File( args[ 0 ] );
  23         PhylogenyParser parser = null;
  24         try {
  25             parser = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( treefile, true );
  26         }
  27         catch ( final IOException e ) {
  28             e.printStackTrace();
  29         }
  30         Phylogeny[] phys = null;
  31         try {
  32             phys = PhylogenyMethods.readPhylogenies( parser, treefile );
  33         }
  34         catch ( final IOException e ) {
  35             e.printStackTrace();
  36         }
  37         final Phylogeny phy = phys[ 0 ];
  38         // Read node->color map into a map
  39         final Map<String, Color> colors = new HashMap<String, Color>();
  40         // read it in from file...
  41         // Iterate over nodes and set colors from 'colors' map
  42         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
  43             // if node-name (?) in 'colors' map
  44             it.next().getBranchData().setBranchColor( new BranchColor( colors.get( "xx" ) ) );
  45         }
  46         // For testing, use Aptx...
  47         Archaeopteryx.createApplication( phy );
  48         // Finally, create
  49     }
  50 }