gui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.Annotation;
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.io.FormatAdapter;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.awt.Dimension;
  34 import java.awt.Font;
  35 import java.awt.FontMetrics;
  36 import java.awt.Graphics;
  37 import java.awt.Graphics2D;
  38 import java.awt.Image;
  39 import java.awt.MediaTracker;
  40 import java.awt.RenderingHints;
  41 import java.awt.Toolkit;
  42 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  43 import java.awt.event.ActionEvent;
  44 import java.awt.event.ActionListener;
  45 import java.awt.event.MouseEvent;
  46 import java.awt.event.MouseListener;
  47 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  48 import java.awt.geom.AffineTransform;
  49 import java.awt.image.BufferedImage;
  50 import java.util.Arrays;
  51 import java.util.Vector;
  52 import java.util.regex.Pattern;
  53
  54 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  55 import javax.swing.JMenuItem;
  56 import javax.swing.JPanel;
  57 import javax.swing.JPopupMenu;
  58 import javax.swing.SwingUtilities;
  59 import javax.swing.ToolTipManager;
  60
  61 /**
  62  * DOCUMENT ME!
  63  *
  64  * @author $author$
  65  * @version $Revision$
  66  */
  67 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener,
  68         MouseMotionListener, ActionListener
  69 {
  70   String TOGGLE_LABELSCALE = MessageManager.getString("label.scale_label_to_column");
  71
  72   String ADDNEW = MessageManager.getString("label.add_new_row");
  73
  74   String EDITNAME = MessageManager.getString("label.edit_label_description");
  75
  76   String HIDE = MessageManager.getString("label.hide_row");
  77
  78   String DELETE = MessageManager.getString("label.delete_row");
  79
  80   String SHOWALL = MessageManager.getString("label.show_all_hidden_rows");
  81
  82   String OUTPUT_TEXT = MessageManager.getString("label.export_annotation");
  83
  84   String COPYCONS_SEQ = MessageManager.getString("label.copy_consensus_sequence");
  85
  86   boolean resizePanel = false;
  87
  88   Image image;
  89
  90   AlignmentPanel ap;
  91
  92   AlignViewport av;
  93
  94   boolean resizing = false;
  95
  96   MouseEvent dragEvent;
  97
  98   int oldY;
  99
 100   int selectedRow;
 101
 102   int scrollOffset = 0;
 103
 104   Font font = new Font("Arial", Font.PLAIN, 11);
 105
 106   private boolean hasHiddenRows;
 107
 108   /**
 109    * Creates a new AnnotationLabels object.
 110    *
 111    * @param ap
 112    *          DOCUMENT ME!
 113    */
 114   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
 115   {
 116     this.ap = ap;
 117     av = ap.av;
 118     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 119
 120     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");
 121     Image temp = null;
 122
 123     if (url != null)
 124     {
 125       temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
 126     }
 127
 128     try
 129     {
 130       MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
 131       mt.addImage(temp, 0);
 132       mt.waitForID(0);
 133     } catch (Exception ex)
 134     {
 135     }
 136
 137     BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
 138             temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 139     Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();
 140     g.rotate(Math.toRadians(90));
 141     g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);
 142     image = bi;
 143
 144     addMouseListener(this);
 145     addMouseMotionListener(this);
 146     addMouseWheelListener(ap.annotationPanel);
 147   }
 148
 149   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 150   {
 151     this.av = av;
 152   }
 153
 154   /**
 155    * DOCUMENT ME!
 156    *
 157    * @param y
 158    *          DOCUMENT ME!
 159    */
 160   public void setScrollOffset(int y)
 161   {
 162     scrollOffset = y;
 163     repaint();
 164   }
 165
 166   /**
 167    * sets selectedRow to -2 if no annotation preset, -1 if no visible row is at
 168    * y
 169    *
 170    * @param y
 171    *          coordinate position to search for a row
 172    */
 173   void getSelectedRow(int y)
 174   {
 175     int height = 0;
 176     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 177             .getAlignmentAnnotation();
 178     selectedRow = -2;
 179     if (aa != null)
 180     {
 181       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 182       {
 183         selectedRow = -1;
 184         if (!aa[i].visible)
 185         {
 186           continue;
 187         }
 188
 189         height += aa[i].height;
 190
 191         if (y < height)
 192         {
 193           selectedRow = i;
 194
 195           break;
 196         }
 197       }
 198     }
 199   }
 200
 201   /**
 202    * DOCUMENT ME!
 203    *
 204    * @param evt
 205    *          DOCUMENT ME!
 206    */
 207   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 208   {
 209     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 210             .getAlignmentAnnotation();
 211
 212     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 213     {
 214       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation(null,
 215               null, new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 216
 217       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 218       {
 219         return;
 220       }
 221
 222       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 223       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 224     }
 225     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 226     {
 227       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 228       repaint();
 229     }
 230     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 231     {
 232       aa[selectedRow].visible = false;
 233     }
 234     else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))
 235     {
 236       ap.av.getAlignment().deleteAnnotation(aa[selectedRow]);
 237     }
 238     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 239     {
 240       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 241       {
 242         if (!aa[i].visible && aa[i].annotations != null)
 243         {
 244           aa[i].visible = true;
 245         }
 246       }
 247     }
 248     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 249     {
 250       new AnnotationExporter().exportAnnotations(ap,
 251               new AlignmentAnnotation[]
 252               { aa[selectedRow] }, null, null);
 253     }
 254     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 255     {
 256       SequenceI cons = null;
 257       if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 258       {
 259         cons = aa[selectedRow].groupRef.getConsensusSeq();
 260       }
 261       else
 262       {
 263         cons = av.getConsensusSeq();
 264       }
 265       if (cons != null)
 266       {
 267         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 268       }
 269
 270     }
 271     else if (evt.getActionCommand().equals(TOGGLE_LABELSCALE))
 272     {
 273       aa[selectedRow].scaleColLabel = !aa[selectedRow].scaleColLabel;
 274     }
 275
 276     refresh();
 277
 278   }
 279
 280   /**
 281    * Redraw sensibly.
 282    */
 283   protected void refresh()
 284   {
 285     ap.validateAnnotationDimensions(false);
 286     ap.addNotify();
 287     ap.repaint();
 288   }
 289
 290   /**
 291    * DOCUMENT ME!
 292    *
 293    * @param e
 294    *          DOCUMENT ME!
 295    */
 296   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 297   {
 298     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 299             annotation.description, "       Annotation Name ",
 300             "Annotation Description ", "Edit Annotation Name/Description",
 301             ap.alignFrame);
 302
 303     if (!dialog.accept)
 304     {
 305       return false;
 306     }
 307
 308     annotation.label = dialog.getName();
 309
 310     String text = dialog.getDescription();
 311     if (text != null && text.length() == 0)
 312     {
 313       text = null;
 314     }
 315     annotation.description = text;
 316
 317     return true;
 318   }
 319
 320   /**
 321    * DOCUMENT ME!
 322    *
 323    * @param evt
 324    *          DOCUMENT ME!
 325    */
 326   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 327   {
 328     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 329     oldY = evt.getY();
 330   }
 331
 332   /**
 333    * DOCUMENT ME!
 334    *
 335    * @param evt
 336    *          DOCUMENT ME!
 337    */
 338   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 339   {
 340     int start = selectedRow;
 341     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 342     int end = selectedRow;
 343
 344     if (start != end)
 345     {
 346       // Swap these annotations
 347       AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 348               .getAlignmentAnnotation()[start];
 349       if (end == -1)
 350       {
 351         end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 352       }
 353       AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 354               .getAlignmentAnnotation()[end];
 355
 356       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 357       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 358     }
 359
 360     resizePanel = false;
 361     dragEvent = null;
 362     repaint();
 363     ap.annotationPanel.repaint();
 364   }
 365
 366   /**
 367    * DOCUMENT ME!
 368    *
 369    * @param evt
 370    *          DOCUMENT ME!
 371    */
 372   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 373   {
 374     if (evt.getY() < 10)
 375     {
 376       resizePanel = true;
 377       repaint();
 378     }
 379   }
 380
 381   /**
 382    * DOCUMENT ME!
 383    *
 384    * @param evt
 385    *          DOCUMENT ME!
 386    */
 387   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 388   {
 389     if (dragEvent == null)
 390     {
 391       resizePanel = false;
 392       repaint();
 393     }
 394   }
 395
 396   /**
 397    * DOCUMENT ME!
 398    *
 399    * @param evt
 400    *          DOCUMENT ME!
 401    */
 402   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 403   {
 404     dragEvent = evt;
 405
 406     if (resizePanel)
 407     {
 408       Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();
 409       int dif = evt.getY() - oldY;
 410
 411       dif /= ap.av.charHeight;
 412       dif *= ap.av.charHeight;
 413
 414       if ((d.height - dif) > 20)
 415       {
 416         ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,
 417                 d.height - dif));
 418         d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();
 419         ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 420                 d.width, d.height - dif));
 421         ap.paintAlignment(true);
 422       }
 423
 424       ap.addNotify();
 425     }
 426     else
 427     {
 428       repaint();
 429     }
 430   }
 431
 432   /**
 433    * DOCUMENT ME!
 434    *
 435    * @param evt
 436    *          DOCUMENT ME!
 437    */
 438   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 439   {
 440     resizePanel = evt.getY() < 10;
 441
 442     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 443
 444     if (selectedRow > -1
 445             && ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length > selectedRow)
 446     {
 447       AlignmentAnnotation aa = ap.av.getAlignment()
 448               .getAlignmentAnnotation()[selectedRow];
 449
 450       StringBuffer desc = new StringBuffer();
 451       if (aa.description != null
 452               && !aa.description.equals("New description"))
 453       {
 454         // TODO: we could refactor and merge this code with the code in
 455         // jalview.gui.SeqPanel.mouseMoved(..) that formats sequence feature
 456         // tooltips
 457         desc.append(aa.getDescription(true).trim());
 458         // check to see if the description is an html fragment.
 459         if (desc.length() < 6
 460                 || (desc.substring(0, 6).toLowerCase().indexOf("<html>") < 0))
 461         {
 462           // clean the description ready for embedding in html
 463           desc = new StringBuffer(Pattern.compile("<").matcher(desc)
 464                   .replaceAll("&lt;"));
 465           desc.insert(0, "<html>");
 466         }
 467         else
 468         {
 469           // remove terminating html if any
 470           int i = desc.substring(desc.length() - 7).toLowerCase()
 471                   .lastIndexOf("</html>");
 472           if (i > -1)
 473           {
 474             desc.setLength(desc.length() - 7 + i);
 475           }
 476         }
 477         if (aa.hasScore())
 478         {
 479           desc.append("<br/>");
 480         }
 481
 482       }
 483       else
 484       {
 485         // begin the tooltip's html fragment
 486         desc.append("<html>");
 487       }
 488       if (aa.hasScore())
 489       {
 490         // TODO: limit precision of score to avoid noise from imprecise doubles
 491         // (64.7 becomes 64.7+/some tiny value).
 492         desc.append(" Score: " + aa.score);
 493       }
 494
 495       if (desc.length() > 6)
 496       {
 497         desc.append("</html>");
 498         this.setToolTipText(desc.toString());
 499       }
 500       else
 501       {
 502         this.setToolTipText(null);
 503       }
 504     }
 505
 506   }
 507
 508   /**
 509    * DOCUMENT ME!
 510    *
 511    * @param evt
 512    *          DOCUMENT ME!
 513    */
 514   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 515   {
 516     final AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 517             .getAlignmentAnnotation();
 518     if (SwingUtilities.isLeftMouseButton(evt))
 519     {
 520       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 521       {
 522         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 523         {
 524           if (evt.getClickCount() >= 2)
 525           {
 526             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 527             // click highlights/scrolls, second selects
 528             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 529             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 530             aa[selectedRow].groupRef); // );
 531             ap.paintAlignment(false);
 532             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 533             ap.av.sendSelection();
 534           }
 535           else
 536           {
 537             ap.seqPanel.ap.idPanel
 538                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 539                             .getSequences(null));
 540           }
 541           return;
 542         }
 543         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 544         {
 545           if (evt.getClickCount() == 1)
 546           {
 547             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(Arrays
 548                     .asList(new SequenceI[]
 549                     { aa[selectedRow].sequenceRef }));
 550           }
 551           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 552           {
 553             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 554             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 555             if (sg!=null)
 556             {
 557               // we make a copy rather than edit the current selection if no modifiers pressed
 558               // see Enhancement JAL-1557
 559               if (!(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown()))
 560               {
 561                 sg = new SequenceGroup(sg);
 562                 sg.clear();
 563                 sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 564               } else {
 565                 if (evt.isControlDown())
 566                 {
 567                   sg.addOrRemove(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 568                 } else {
 569                   // notionally, we should also add intermediate sequences from last added sequence ?
 570                   sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 571                 }
 572               }
 573             } else {
 574               sg = new SequenceGroup();
 575               sg.setStartRes(0);
 576               sg.setEndRes(ap.av.getAlignment().getWidth()-1);
 577               sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 578             }
 579             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 580             ap.av.sendSelection();
 581             ap.paintAlignment(false);
 582             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 583           }
 584
 585         }
 586       }
 587     }
 588     if (!SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 589     {
 590       return;
 591     }
 592
 593     JPopupMenu pop = new JPopupMenu(
 594             MessageManager.getString("label.annotations"));
 595     JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);
 596     item.addActionListener(this);
 597     pop.add(item);
 598     if (selectedRow < 0)
 599     {
 600       if (hasHiddenRows)
 601       { // let the user make everything visible again
 602         item = new JMenuItem(SHOWALL);
 603         item.addActionListener(this);
 604         pop.add(item);
 605       }
 606       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 607       return;
 608     }
 609     item = new JMenuItem(EDITNAME);
 610     item.addActionListener(this);
 611     pop.add(item);
 612     item = new JMenuItem(HIDE);
 613     item.addActionListener(this);
 614     pop.add(item);
 615     // JAL-1264 hide all sequence-specific annotations of this type
 616     final String label = aa[selectedRow].label;
 617     if (selectedRow < aa.length)
 618     {
 619       if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 620       {
 621         JMenuItem hideType = new JMenuItem();
 622         String text = MessageManager.getString("label.hide_all") + " " + label;
 623         hideType.setText(text);
 624         hideType.addActionListener(new ActionListener()
 625         {
 626           @Override
 627           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 628           {
 629             for (AlignmentAnnotation ann : ap.av.getAlignment()
 630                     .getAlignmentAnnotation())
 631             {
 632               if (ann.sequenceRef != null && ann.label != null
 633                       && ann.label.equals(label))
 634               {
 635                 ann.visible = false;
 636               }
 637             }
 638             refresh();
 639           }
 640         });
 641         pop.add(hideType);
 642       }
 643     }
 644     item = new JMenuItem(DELETE);
 645     item.addActionListener(this);
 646     pop.add(item);
 647     if (hasHiddenRows)
 648     {
 649       item = new JMenuItem(SHOWALL);
 650       item.addActionListener(this);
 651       pop.add(item);
 652     }
 653     item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);
 654     item.addActionListener(this);
 655     pop.add(item);
 656     // TODO: annotation object should be typed for autocalculated/derived
 657     // property methods
 658     if (selectedRow < aa.length)
 659     {
 660       if (!aa[selectedRow].autoCalculated)
 661       {
 662         if (aa[selectedRow].graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)
 663         {
 664           // display formatting settings for this row.
 665           pop.addSeparator();
 666           // av and sequencegroup need to implement same interface for
 667           item = new JCheckBoxMenuItem(TOGGLE_LABELSCALE,
 668                   aa[selectedRow].scaleColLabel);
 669           item.addActionListener(this);
 670           pop.add(item);
 671         }
 672       }
 673       else if (label.indexOf("Consensus") > -1)
 674       {
 675         pop.addSeparator();
 676         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 677         final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(
 678                         MessageManager.getString("label.ignore_gaps_consensus"),
 679                 (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 680                         .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 681                         .getIgnoreGapsConsensus());
 682         final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 683         cbmi.addActionListener(new ActionListener()
 684         {
 685           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 686           {
 687             if (aaa.groupRef != null)
 688             {
 689               // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 690               aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 691               ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 692             }
 693             else
 694             {
 695               ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
 696             }
 697           }
 698         });
 699         pop.add(cbmi);
 700         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 701         if (aaa.groupRef != null)
 702         {
 703           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 704                           MessageManager.getString("label.show_group_histogram"),
 705                   aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 706           chist.addActionListener(new ActionListener()
 707           {
 708             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 709             {
 710               // TODO: pass on reference
 711               // to ap
 712               // so the
 713               // view
 714               // can be
 715               // updated.
 716               aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 717               ap.repaint();
 718               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 719             }
 720           });
 721           pop.add(chist);
 722           final JCheckBoxMenuItem cprofl = new JCheckBoxMenuItem(
 723                           MessageManager.getString("label.show_group_logo"),
 724                   aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 725           cprofl.addActionListener(new ActionListener()
 726           {
 727             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 728             {
 729               // TODO: pass on reference
 730               // to ap
 731               // so the
 732               // view
 733               // can be
 734               // updated.
 735               aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 736               ap.repaint();
 737               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 738             }
 739           });
 740           pop.add(cprofl);
 741           final JCheckBoxMenuItem cproflnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 742                           MessageManager.getString("label.normalise_group_logo"),
 743                   aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 744           cproflnorm.addActionListener(new ActionListener()
 745           {
 746             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 747             {
 748
 749               // TODO: pass on reference
 750               // to ap
 751               // so the
 752               // view
 753               // can be
 754               // updated.
 755               aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cproflnorm.getState());
 756               // automatically enable logo display if we're clicked
 757               aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 758               ap.repaint();
 759               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 760             }
 761           });
 762           pop.add(cproflnorm);
 763         }
 764         else
 765         {
 766           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 767                           MessageManager.getString("label.show_histogram"), av.isShowConsensusHistogram());
 768           chist.addActionListener(new ActionListener()
 769           {
 770             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 771             {
 772               // TODO: pass on reference
 773               // to ap
 774               // so the
 775               // view
 776               // can be
 777               // updated.
 778               av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 779               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 780               ap.repaint();
 781               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 782             }
 783           });
 784           pop.add(chist);
 785           final JCheckBoxMenuItem cprof = new JCheckBoxMenuItem(
 786                           MessageManager.getString("label.show_logo"), av.isShowSequenceLogo());
 787           cprof.addActionListener(new ActionListener()
 788           {
 789             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 790             {
 791               // TODO: pass on reference
 792               // to ap
 793               // so the
 794               // view
 795               // can be
 796               // updated.
 797               av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 798               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 799               ap.repaint();
 800               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 801             }
 802           });
 803           pop.add(cprof);
 804           final JCheckBoxMenuItem cprofnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 805                           MessageManager.getString("label.normalise_logo"), av.isNormaliseSequenceLogo());
 806           cprofnorm.addActionListener(new ActionListener()
 807           {
 808             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 809             {
 810               // TODO: pass on reference
 811               // to ap
 812               // so the
 813               // view
 814               // can be
 815               // updated.
 816               av.setShowSequenceLogo(true);
 817               av.setNormaliseSequenceLogo(cprofnorm.getState());
 818               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 819               ap.repaint();
 820               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 821             }
 822           });
 823           pop.add(cprofnorm);
 824         }
 825         final JMenuItem consclipbrd = new JMenuItem(COPYCONS_SEQ);
 826         consclipbrd.addActionListener(this);
 827         pop.add(consclipbrd);
 828       }
 829     }
 830     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 831   }
 832
 833   /**
 834    * do a single sequence copy to jalview and the system clipboard
 835    *
 836    * @param sq
 837    *          sequence to be copied to clipboard
 838    */
 839   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 840   {
 841     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
 842     { sq };
 843     String[] omitHidden = null;
 844     SequenceI[] dseqs = new SequenceI[]
 845     { sq.getDatasetSequence() };
 846     if (dseqs[0] == null)
 847     {
 848       dseqs[0] = new Sequence(sq);
 849       dseqs[0].setSequence(jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps(
 850               jalview.util.Comparison.GapChars, sq.getSequenceAsString()));
 851
 852       sq.setDatasetSequence(dseqs[0]);
 853     }
 854     Alignment ds = new Alignment(dseqs);
 855     if (av.hasHiddenColumns())
 856     {
 857       omitHidden = av.getColumnSelection().getVisibleSequenceStrings(0,
 858               sq.getLength(), seqs);
 859     }
 860
 861     String output = new FormatAdapter().formatSequences("Fasta", seqs,
 862             omitHidden);
 863
 864     Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard()
 865             .setContents(new StringSelection(output), Desktop.instance);
 866
 867     Vector hiddenColumns = null;
 868     if (av.hasHiddenColumns())
 869     {
 870       hiddenColumns = new Vector();
 871       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 872       {
 873         int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 874                 .elementAt(i);
 875
 876         hiddenColumns.addElement(new int[]
 877         { region[0], region[1] });
 878       }
 879     }
 880
 881     Desktop.jalviewClipboard = new Object[]
 882     { seqs, ds, // what is the dataset of a consensus sequence ? need to flag
 883         // sequence as special.
 884         hiddenColumns };
 885   }
 886
 887   /**
 888    * DOCUMENT ME!
 889    *
 890    * @param g1
 891    *          DOCUMENT ME!
 892    */
 893   public void paintComponent(Graphics g)
 894   {
 895
 896     int width = getWidth();
 897     if (width == 0)
 898     {
 899       width = ap.calculateIdWidth().width + 4;
 900     }
 901
 902     Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
 903     if (av.antiAlias)
 904     {
 905       g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 906               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 907     }
 908
 909     drawComponent(g2, true, width);
 910
 911   }
 912
 913   /**
 914    * Draw the full set of annotation Labels for the alignment at the given
 915    * cursor
 916    *
 917    * @param g
 918    *          Graphics2D instance (needed for font scaling)
 919    * @param width
 920    *          Width for scaling labels
 921    *
 922    */
 923   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 924   {
 925     drawComponent(g, false, width);
 926   }
 927
 928   private final boolean debugRedraw = false;
 929
 930   /**
 931    * Draw the full set of annotation Labels for the alignment at the given
 932    * cursor
 933    *
 934    * @param g
 935    *          Graphics2D instance (needed for font scaling)
 936    * @param clip
 937    *          - true indicates that only current visible area needs to be
 938    *          rendered
 939    * @param width
 940    *          Width for scaling labels
 941    */
 942   public void drawComponent(Graphics g, boolean clip, int width)
 943   {
 944     if (av.getFont().getSize() < 10)
 945     {
 946       g.setFont(font);
 947     }
 948     else
 949     {
 950       g.setFont(av.getFont());
 951     }
 952
 953     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());
 954     g.setColor(Color.white);
 955     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 956
 957     g.translate(0, scrollOffset);
 958     g.setColor(Color.black);
 959
 960     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 961     int fontHeight = g.getFont().getSize();
 962     int y = 0;
 963     int x = 0;
 964     int graphExtras = 0;
 965     int offset = 0;
 966     Font baseFont = g.getFont();
 967     FontMetrics baseMetrics = fm;
 968     int ofontH = fontHeight;
 969     int sOffset = 0;
 970     int visHeight = 0;
 971     int[] visr = (ap != null && ap.annotationPanel != null) ? ap.annotationPanel
 972             .getVisibleVRange() : null;
 973     if (clip && visr != null)
 974     {
 975       sOffset = visr[0];
 976       visHeight = visr[1];
 977     }
 978     boolean visible = true, before = false, after = false;
 979     if (aa != null)
 980     {
 981       hasHiddenRows = false;
 982       int olY = 0;
 983       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 984       {
 985         visible = true;
 986         if (!aa[i].visible)
 987         {
 988           hasHiddenRows = true;
 989           continue;
 990         }
 991         olY = y;
 992         y += aa[i].height;
 993         if (clip)
 994         {
 995           if (y < sOffset)
 996           {
 997             if (!before)
 998             {
 999               if (debugRedraw)
1000               {
1001                 System.out.println("before vis: " + i);
1002               }
1003               before = true;
1004             }
1005             // don't draw what isn't visible
1006             continue;
1007           }
1008           if (olY > visHeight)
1009           {
1010
1011             if (!after)
1012             {
1013               if (debugRedraw)
1014               {
1015                 System.out.println("Scroll offset: " + sOffset
1016                         + " after vis: " + i);
1017               }
1018               after = true;
1019             }
1020             // don't draw what isn't visible
1021             continue;
1022           }
1023         }
1024         g.setColor(Color.black);
1025
1026         offset = -aa[i].height / 2;
1027
1028         if (aa[i].hasText)
1029         {
1030           offset += fm.getHeight() / 2;
1031           offset -= fm.getDescent();
1032         }
1033         else
1034         {
1035           offset += fm.getDescent();
1036         }
1037
1038         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
1039
1040         if (aa[i].graphGroup > -1)
1041         {
1042           int groupSize = 0;
1043           // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1044           // computed efficiently for all visible labels
1045           for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1046           {
1047             if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
1048             {
1049               groupSize++;
1050             }
1051           }
1052           if (groupSize * (fontHeight + 8) < aa[i].height)
1053           {
1054             graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8))) / 2;
1055           }
1056           else
1057           {
1058             // scale font to fit
1059             float h = aa[i].height / (float) groupSize, s;
1060             if (h < 9)
1061             {
1062               visible = false;
1063             }
1064             else
1065             {
1066               fontHeight = -8 + (int) h;
1067               s = ((float) fontHeight) / (float) ofontH;
1068               Font f = baseFont.deriveFont(AffineTransform
1069                       .getScaleInstance(s, s));
1070               g.setFont(f);
1071               fm = g.getFontMetrics();
1072               graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8))) / 2;
1073             }
1074           }
1075           if (visible)
1076           {
1077             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1078             {
1079               if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
1080               {
1081                 x = width - fm.stringWidth(aa[gg].label) - 3;
1082                 g.drawString(aa[gg].label, x, y - graphExtras);
1083
1084                 if (aa[gg]._linecolour != null)
1085                 {
1086
1087                   g.setColor(aa[gg]._linecolour);
1088                   g.drawLine(x, y - graphExtras + 3,
1089                           x + fm.stringWidth(aa[gg].label), y - graphExtras
1090                                   + 3);
1091                 }
1092
1093                 g.setColor(Color.black);
1094                 graphExtras += fontHeight + 8;
1095               }
1096             }
1097           }
1098           g.setFont(baseFont);
1099           fm = baseMetrics;
1100           fontHeight = ofontH;
1101         }
1102         else
1103         {
1104           g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
1105         }
1106       }
1107     }
1108
1109     if (resizePanel)
1110     {
1111       g.drawImage(image, 2, 0 - scrollOffset, this);
1112     }
1113     else if (dragEvent != null && aa != null)
1114     {
1115       g.setColor(Color.lightGray);
1116       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
1117               dragEvent.getY() - scrollOffset);
1118     }
1119
1120     if (!av.wrapAlignment && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
1121     {
1122       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
1123       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2,
1124               18);
1125     }
1126   }
1127 }