gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.util.*;
  24 import java.util.List;
  25
  26 import java.awt.*;
  27 import java.awt.event.*;
  28
  29 import javax.swing.*;
  30
  31 import jalview.commands.*;
  32 import jalview.datamodel.*;
  33 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  34 import jalview.schemes.*;
  35 import jalview.structure.*;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 /**
  39  * DOCUMENT ME!
  40  *
  41  * @author $author$
  42  * @version $Revision: 1.130 $
  43  */
  44 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
  45         MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener,
  46         SelectionListener
  47
  48 {
  49   /** DOCUMENT ME!! */
  50   public SeqCanvas seqCanvas;
  51
  52   /** DOCUMENT ME!! */
  53   public AlignmentPanel ap;
  54
  55   protected int lastres;
  56
  57   protected int startseq;
  58
  59   protected AlignViewport av;
  60
  61   ScrollThread scrollThread = null;
  62
  63   boolean mouseDragging = false;
  64
  65   boolean editingSeqs = false;
  66
  67   boolean groupEditing = false;
  68
  69   // ////////////////////////////////////////
  70   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
  71   // ////////////////////////////////////////
  72   int oldSeq = -1;
  73
  74   boolean changeEndSeq = false;
  75
  76   boolean changeStartSeq = false;
  77
  78   boolean changeEndRes = false;
  79
  80   boolean changeStartRes = false;
  81
  82   SequenceGroup stretchGroup = null;
  83
  84   boolean remove = false;
  85
  86   Point lastMousePress;
  87
  88   boolean mouseWheelPressed = false;
  89
  90   StringBuffer keyboardNo1;
  91
  92   StringBuffer keyboardNo2;
  93
  94   java.net.URL linkImageURL;
  95
  96   private final SequenceAnnotationReport seqARep;
  97
  98   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");
  99
 100   String tmpString;
 101
 102   EditCommand editCommand;
 103
 104   StructureSelectionManager ssm;
 105
 106   /**
 107    * Creates a new SeqPanel object.
 108    *
 109    * @param avp
 110    *          DOCUMENT ME!
 111    * @param p
 112    *          DOCUMENT ME!
 113    */
 114   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
 115   {
 116     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 117     seqARep = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL.toString());
 118     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 119     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 120     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 121     this.av = av;
 122     setBackground(Color.white);
 123
 124     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);
 125     setLayout(new BorderLayout());
 126     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 127
 128     this.ap = ap;
 129
 130     if (!av.isDataset())
 131     {
 132       addMouseMotionListener(this);
 133       addMouseListener(this);
 134       addMouseWheelListener(this);
 135       ssm = av.getStructureSelectionManager();
 136       ssm.addStructureViewerListener(this);
 137       ssm.addSelectionListener(this);
 138     }
 139   }
 140
 141   int startWrapBlock = -1;
 142
 143   int wrappedBlock = -1;
 144
 145   int findRes(MouseEvent evt)
 146   {
 147     int res = 0;
 148     int x = evt.getX();
 149
 150     if (av.wrapAlignment)
 151     {
 152
 153       int hgap = av.charHeight;
 154       if (av.scaleAboveWrapped)
 155       {
 156         hgap += av.charHeight;
 157       }
 158
 159       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 160               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 161
 162       int y = evt.getY();
 163       y -= hgap;
 164       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 165
 166       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 167       if (cwidth < 1)
 168       {
 169         return 0;
 170       }
 171
 172       wrappedBlock = y / cHeight;
 173       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 174
 175       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 176
 177     }
 178     else
 179     {
 180       if (x > seqCanvas.getWidth() + seqCanvas.getWidth())
 181       {
 182         // make sure we calculate relative to visible alignment, rather than
 183         // right-hand gutter
 184         x = seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth();
 185       }
 186       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 187     }
 188
 189     if (av.hasHiddenColumns())
 190     {
 191       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 192     }
 193
 194     return res;
 195
 196   }
 197
 198   int findSeq(MouseEvent evt)
 199   {
 200     int seq = 0;
 201     int y = evt.getY();
 202
 203     if (av.wrapAlignment)
 204     {
 205       int hgap = av.charHeight;
 206       if (av.scaleAboveWrapped)
 207       {
 208         hgap += av.charHeight;
 209       }
 210
 211       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 212               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 213
 214       y -= hgap;
 215
 216       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 217               .getHeight() - 1);
 218     }
 219     else
 220     {
 221       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 222               .getAlignment().getHeight() - 1);
 223     }
 224
 225     return seq;
 226   }
 227
 228   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 229   {
 230     Vector tmp = new Vector();
 231     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 232     if (features != null)
 233     {
 234       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 235       {
 236         if (av.featuresDisplayed == null
 237                 || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))
 238         {
 239           continue;
 240         }
 241
 242         if (features[i].featureGroup != null
 243                 && seqCanvas.fr.featureGroups != null
 244                 && seqCanvas.fr.featureGroups
 245                         .containsKey(features[i].featureGroup)
 246                 && !((Boolean) seqCanvas.fr.featureGroups
 247                         .get(features[i].featureGroup)).booleanValue())
 248           continue;
 249
 250         if ((features[i].getBegin() <= res)
 251                 && (features[i].getEnd() >= res))
 252         {
 253           tmp.addElement(features[i]);
 254         }
 255       }
 256     }
 257
 258     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 259     tmp.copyInto(features);
 260
 261     return features;
 262   }
 263
 264   void endEditing()
 265   {
 266     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 267     {
 268       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 269       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 270               .getSequences());
 271     }
 272
 273     startseq = -1;
 274     lastres = -1;
 275     editingSeqs = false;
 276     groupEditing = false;
 277     keyboardNo1 = null;
 278     keyboardNo2 = null;
 279     editCommand = null;
 280   }
 281
 282   void setCursorRow()
 283   {
 284     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 285     scrollToVisible();
 286   }
 287
 288   void setCursorColumn()
 289   {
 290     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 291     scrollToVisible();
 292   }
 293
 294   void setCursorRowAndColumn()
 295   {
 296     if (keyboardNo2 == null)
 297     {
 298       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 299     }
 300     else
 301     {
 302       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 303       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 304       scrollToVisible();
 305     }
 306   }
 307
 308   void setCursorPosition()
 309   {
 310     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 311
 312     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 313     scrollToVisible();
 314   }
 315
 316   void moveCursor(int dx, int dy)
 317   {
 318     seqCanvas.cursorX += dx;
 319     seqCanvas.cursorY += dy;
 320     if (av.hasHiddenColumns()
 321             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 322     {
 323       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 324       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 325
 326       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 327               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 328       {
 329         seqCanvas.cursorX += dx;
 330       }
 331
 332       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 333               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 334       {
 335         seqCanvas.cursorX = original;
 336       }
 337     }
 338
 339     scrollToVisible();
 340   }
 341
 342   void scrollToVisible()
 343   {
 344     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 345     {
 346       seqCanvas.cursorX = 0;
 347     }
 348     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 349     {
 350       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 351     }
 352
 353     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 354     {
 355       seqCanvas.cursorY = 0;
 356     }
 357     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 358     {
 359       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 360     }
 361
 362     endEditing();
 363     if (av.wrapAlignment)
 364     {
 365       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 366     }
 367     else
 368     {
 369       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 370       {
 371         ap.scrollUp(true);
 372       }
 373       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 374       {
 375         ap.scrollUp(false);
 376       }
 377       if (!av.wrapAlignment)
 378       {
 379         while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 380                 .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 381         {
 382           if (!ap.scrollRight(false))
 383           {
 384             break;
 385           }
 386         }
 387         while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 388                 .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 389         {
 390           if (!ap.scrollRight(true))
 391           {
 392             break;
 393           }
 394         }
 395       }
 396     }
 397     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 398             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 399
 400     seqCanvas.repaint();
 401   }
 402
 403   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 404   {
 405     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 406
 407     if (av.getSelectionGroup() != null)
 408     {
 409       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 410       // Find the top and bottom of this group
 411       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 412       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 413       {
 414         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 415         if (index > max)
 416         {
 417           max = index;
 418         }
 419         if (index < min)
 420         {
 421           min = index;
 422         }
 423       }
 424
 425       max++;
 426
 427       if (topLeft)
 428       {
 429         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 430         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 431         {
 432           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 433         }
 434
 435         min = seqCanvas.cursorY;
 436       }
 437       else
 438       {
 439         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 440         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 441         {
 442           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 443         }
 444
 445         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 446       }
 447
 448       if (min > max)
 449       {
 450         // Only the user can do this
 451         av.setSelectionGroup(null);
 452       }
 453       else
 454       {
 455         // Now add any sequences between min and max
 456         sg.getSequences(null).clear();
 457         for (int i = min; i < max; i++)
 458         {
 459           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 460         }
 461       }
 462     }
 463
 464     if (av.getSelectionGroup() == null)
 465     {
 466       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 467       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 468       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 469       sg.addSequence(sequence, false);
 470       av.setSelectionGroup(sg);
 471     }
 472
 473     ap.paintAlignment(false);
 474     av.sendSelection();
 475   }
 476
 477   void insertGapAtCursor(boolean group)
 478   {
 479     groupEditing = group;
 480     startseq = seqCanvas.cursorY;
 481     lastres = seqCanvas.cursorX;
 482     editSequence(true, false, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 483     endEditing();
 484   }
 485
 486   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 487   {
 488     groupEditing = group;
 489     startseq = seqCanvas.cursorY;
 490     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 491     editSequence(false, false, seqCanvas.cursorX);
 492     endEditing();
 493   }
 494
 495   void insertNucAtCursor(boolean group, String nuc)
 496   {
 497     groupEditing = group;
 498     startseq = seqCanvas.cursorY;
 499     lastres = seqCanvas.cursorX;
 500     editSequence(false, true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 501     endEditing();
 502   }
 503
 504   void numberPressed(char value)
 505   {
 506     if (keyboardNo1 == null)
 507     {
 508       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 509     }
 510
 511     if (keyboardNo2 != null)
 512     {
 513       keyboardNo2.append(value);
 514     }
 515     else
 516     {
 517       keyboardNo1.append(value);
 518     }
 519   }
 520
 521   int getKeyboardNo1()
 522   {
 523     try
 524     {
 525       if (keyboardNo1 != null)
 526       {
 527         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 528         keyboardNo1 = null;
 529         return value;
 530       }
 531     } catch (Exception x)
 532     {
 533     }
 534     keyboardNo1 = null;
 535     return 1;
 536   }
 537
 538   int getKeyboardNo2()
 539   {
 540     try
 541     {
 542       if (keyboardNo2 != null)
 543       {
 544         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 545         keyboardNo2 = null;
 546         return value;
 547       }
 548     } catch (Exception x)
 549     {
 550     }
 551     keyboardNo2 = null;
 552     return 1;
 553   }
 554
 555   /**
 556    * DOCUMENT ME!
 557    *
 558    * @param evt
 559    *          DOCUMENT ME!
 560    */
 561   @Override
 562   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 563   {
 564     mouseDragging = false;
 565     mouseWheelPressed = false;
 566
 567     if (!editingSeqs)
 568     {
 569       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 570       return;
 571     }
 572
 573     endEditing();
 574   }
 575
 576   /**
 577    * DOCUMENT ME!
 578    *
 579    * @param evt
 580    *          DOCUMENT ME!
 581    */
 582   @Override
 583   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 584   {
 585     lastMousePress = evt.getPoint();
 586
 587     if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 588     {
 589       mouseWheelPressed = true;
 590       return;
 591     }
 592
 593     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())
 594     {
 595       if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())
 596       {
 597         groupEditing = true;
 598       }
 599       editingSeqs = true;
 600     }
 601     else
 602     {
 603       doMousePressedDefineMode(evt);
 604       return;
 605     }
 606
 607     int seq = findSeq(evt);
 608     int res = findRes(evt);
 609
 610     if (seq < 0 || res < 0)
 611     {
 612       return;
 613     }
 614
 615     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 616             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 617     {
 618       startseq = seq;
 619       lastres = res;
 620     }
 621     else
 622     {
 623       startseq = -1;
 624       lastres = -1;
 625     }
 626
 627     return;
 628   }
 629
 630   String lastMessage;
 631
 632   @Override
 633   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 634   {
 635     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 636
 637     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 638     {
 639       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 640       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 641     }
 642     lastMessage = tmp;
 643   }
 644
 645   @Override
 646   public void highlightSequence(SearchResults results)
 647   {
 648     if (av.followHighlight)
 649     {
 650       if (ap.scrollToPosition(results, false))
 651       {
 652         seqCanvas.revalidate();
 653       }
 654     }
 655     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 656   }
 657
 658   @Override
 659   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 660   {
 661     System.out.println("update the seqPanel colours");
 662     // repaint();
 663   }
 664
 665   /**
 666    * DOCUMENT ME!
 667    *
 668    * @param evt
 669    *          DOCUMENT ME!
 670    */
 671   @Override
 672   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 673   {
 674     if (editingSeqs)
 675     {
 676       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 677       // If control is down, other platforms will not.
 678       mouseDragged(evt);
 679     }
 680
 681     int res = findRes(evt);
 682     int seq = findSeq(evt);
 683     int pos;
 684     if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 685     {
 686       return;
 687     }
 688
 689     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 690
 691     if (res >= sequence.getLength())
 692     {
 693       return;
 694     }
 695
 696     pos = setStatusMessage(sequence, res, seq);
 697     if (ssm != null && pos > -1)
 698       mouseOverSequence(sequence, res, pos);
 699
 700     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 701
 702     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 703     if (groups != null)
 704     {
 705       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 706       {
 707         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 708         {
 709           if (tooltipText.length() > 6)
 710           {
 711             tooltipText.append("<br>");
 712           }
 713
 714           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 715                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 716           {
 717             tooltipText.append(groups[g].getName());
 718           }
 719
 720           if (groups[g].getDescription() != null)
 721           {
 722             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 723           }
 724         }
 725       }
 726     }
 727
 728     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 729     if (av.showSequenceFeatures)
 730     {
 731       int rpos;
 732       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(
 733               sequence.getDatasetSequence(),
 734               rpos = sequence.findPosition(res));
 735       seqARep.appendFeatures(tooltipText, rpos, features,
 736               this.ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax);
 737     }
 738     if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>
 739     {
 740       setToolTipText(null);
 741       lastTooltip = null;
 742     }
 743     else
 744     {
 745       tooltipText.append("</html>");
 746       if (lastTooltip == null
 747               || !lastTooltip.equals(tooltipText.toString()))
 748       {
 749         setToolTipText(tooltipText.toString());
 750         lastTooltip = tooltipText.toString();
 751       }
 752
 753     }
 754
 755   }
 756
 757   private Point lastp = null;
 758
 759   /*
 760    * (non-Javadoc)
 761    *
 762    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
 763    */
 764   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
 765   {
 766     int x = event.getX(), w = getWidth();
 767     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5; // switch sides when tooltip is too
 768     // close to edge
 769     Point p = lastp;
 770     if (!event.isShiftDown() || p == null)
 771     {
 772       p = (tooltipText != null && tooltipText.length() > 6) ? new Point(
 773               event.getX() + wdth, event.getY() - 20) : null;
 774     }
 775     /*
 776      * TODO: try to modify position region is not obcured by tooltip
 777      */
 778     return lastp = p;
 779   }
 780
 781   String lastTooltip;
 782
 783   /**
 784    * Set status message in alignment panel
 785    *
 786    * @param sequence
 787    *          aligned sequence object
 788    * @param res
 789    *          alignment column
 790    * @param seq
 791    *          index of sequence in alignment
 792    * @return position of res in sequence
 793    */
 794   int setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 795   {
 796     int pos = -1;
 797     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 798             + sequence.getName());
 799
 800     Object obj = null;
 801     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 802     {
 803       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 804               + "");
 805       if (obj != null)
 806       {
 807         text.append(" Nucleotide: ");
 808       }
 809     }
 810     else
 811     {
 812       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 813       if (obj != null)
 814       {
 815         text.append("  Residue: ");
 816       }
 817     }
 818
 819     if (obj != null)
 820     {
 821       pos = sequence.findPosition(res);
 822       if (obj != "")
 823       {
 824         text.append(obj + " (" + pos + ")");
 825       }
 826     }
 827     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 828     return pos;
 829   }
 830
 831   /**
 832    * DOCUMENT ME!
 833    *
 834    * @param evt
 835    *          DOCUMENT ME!
 836    */
 837   @Override
 838   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 839   {
 840     if (mouseWheelPressed)
 841     {
 842       int oldWidth = av.charWidth;
 843
 844       // Which is bigger, left-right or up-down?
 845       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math.abs(evt
 846               .getX() - lastMousePress.getX()))
 847       {
 848         int fontSize = av.font.getSize();
 849
 850         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
 851         {
 852           fontSize--;
 853         }
 854         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
 855         {
 856           fontSize++;
 857         }
 858
 859         if (fontSize < 1)
 860         {
 861           fontSize = 1;
 862         }
 863
 864         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 865         av.charWidth = oldWidth;
 866         ap.fontChanged();
 867       }
 868       else
 869       {
 870         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)
 871         {
 872           av.charWidth--;
 873         }
 874         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
 875         {
 876           av.charWidth++;
 877         }
 878
 879         ap.paintAlignment(false);
 880       }
 881
 882       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 883       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;
 884
 885       lastMousePress = evt.getPoint();
 886
 887       return;
 888     }
 889
 890     if (!editingSeqs)
 891     {
 892       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 893       return;
 894     }
 895
 896     int res = findRes(evt);
 897
 898     if (res < 0)
 899     {
 900       res = 0;
 901     }
 902
 903     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 904     {
 905       return;
 906     }
 907
 908     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 909     {
 910       // dragLeft, delete gap
 911       editSequence(false, false, res);
 912     }
 913     else
 914     {
 915       editSequence(true, false, res);
 916     }
 917
 918     mouseDragging = true;
 919     if (scrollThread != null)
 920     {
 921       scrollThread.setEvent(evt);
 922     }
 923   }
 924
 925   // TODO: Make it more clever than many booleans
 926   synchronized void editSequence(boolean insertGap, boolean editSeq,
 927           int startres)
 928   {
 929     int fixedLeft = -1;
 930     int fixedRight = -1;
 931     boolean fixedColumns = false;
 932     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 933
 934     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
 935
 936     // No group, but the sequence may represent a group
 937     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
 938     {
 939       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 940       {
 941         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
 942         groupEditing = true;
 943       }
 944     }
 945
 946     StringBuffer message = new StringBuffer();
 947     if (groupEditing)
 948     {
 949       message.append("Edit group:");
 950       if (editCommand == null)
 951       {
 952         editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 953       }
 954     }
 955     else
 956     {
 957       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
 958       String label = seq.getName();
 959       if (label.length() > 10)
 960       {
 961         label = label.substring(0, 10);
 962       }
 963       if (editCommand == null)
 964       {
 965         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage("label.edit_params", new String[]{label}));
 966       }
 967     }
 968
 969     if (insertGap)
 970     {
 971       message.append(" insert ");
 972     }
 973     else
 974     {
 975       message.append(" delete ");
 976     }
 977
 978     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
 979     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
 980
 981     // Are we editing within a selection group?
 982     if (groupEditing
 983             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
 984                     .contains(seq)))
 985     {
 986       fixedColumns = true;
 987
 988       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
 989       // but the sequence represents a group
 990       if (sg == null)
 991       {
 992         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
 993         {
 994           endEditing();
 995           return;
 996         }
 997         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
 998       }
 999
1000       fixedLeft = sg.getStartRes();
1001       fixedRight = sg.getEndRes();
1002
1003       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1004               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1005               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1006               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1007       {
1008         endEditing();
1009         return;
1010       }
1011
1012       if (fixedLeft > startres)
1013       {
1014         fixedRight = fixedLeft - 1;
1015         fixedLeft = 0;
1016       }
1017       else if (fixedRight < startres)
1018       {
1019         fixedLeft = fixedRight;
1020         fixedRight = -1;
1021       }
1022     }
1023
1024     if (av.hasHiddenColumns())
1025     {
1026       fixedColumns = true;
1027       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1028       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1029
1030       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1031               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1032       {
1033         endEditing();
1034         return;
1035       }
1036
1037       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1038       // Selection spans a hidden region
1039       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1040       {
1041         if (startres >= y2)
1042         {
1043           fixedLeft = y2;
1044         }
1045         else
1046         {
1047           fixedRight = y2 - 1;
1048         }
1049       }
1050     }
1051
1052     if (groupEditing)
1053     {
1054       List<SequenceI> vseqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences());
1055       int g, groupSize = vseqs.size();
1056       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1057       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1058       {
1059         groupSeqs[g] = vseqs.get(g);
1060       }
1061
1062       // drag to right
1063       if (insertGap)
1064       {
1065         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1066         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1067         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1068                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1069         {
1070           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1071           fixedRight = sg.getEndRes();
1072         }
1073
1074         // Is it valid with fixed columns??
1075         // Find the next gap before the end
1076         // of the visible region boundary
1077         boolean blank = false;
1078         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1079         {
1080           blank = true;
1081
1082           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1083           {
1084             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1085             {
1086               if (!jalview.util.Comparison.isGap(groupSeqs[g]
1087                       .getCharAt(fixedRight - j)))
1088               {
1089                 blank = false;
1090                 break;
1091               }
1092             }
1093           }
1094           if (blank)
1095           {
1096             break;
1097           }
1098         }
1099
1100         if (!blank)
1101         {
1102           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1103           {
1104             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1105                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1106             {
1107               endEditing();
1108               return;
1109             }
1110
1111             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1112             if (av.hasHiddenRows())
1113             {
1114               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1115                       .getWidth();
1116               if (hwidth > alWidth)
1117               {
1118                 alWidth = hwidth;
1119               }
1120             }
1121             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1122             // contains all the sequences
1123             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1124             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1125           }
1126           else
1127           {
1128             endEditing();
1129             return;
1130           }
1131         }
1132       }
1133
1134       // drag to left
1135       else if (!insertGap)
1136       {
1137         // / Are we able to delete?
1138         // ie are all columns blank?
1139
1140         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1141         {
1142           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1143           {
1144             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1145             {
1146               continue;
1147             }
1148
1149             if (!jalview.util.Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1150             {
1151               // Not a gap, block edit not valid
1152               endEditing();
1153               return;
1154             }
1155           }
1156         }
1157       }
1158
1159       if (insertGap)
1160       {
1161         // dragging to the right
1162         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1163         {
1164           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1165           {
1166             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1167           }
1168         }
1169         else
1170         {
1171           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, groupSeqs,
1172                   startres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1173         }
1174       }
1175       else
1176       {
1177         // dragging to the left
1178         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1179         {
1180           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1181           {
1182             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1183           }
1184         }
1185         else
1186         {
1187           editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, groupSeqs,
1188                   startres, lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1189         }
1190
1191       }
1192     }
1193     else
1194     // ///Editing a single sequence///////////
1195     {
1196       if (insertGap)
1197       {
1198         // dragging to the right
1199         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1200         {
1201           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1202           {
1203             insertChar(j, new SequenceI[]
1204             { seq }, fixedRight);
1205           }
1206         }
1207         else
1208         {
1209           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1210           { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1211         }
1212       }
1213       else
1214       {
1215         if (!editSeq)
1216         {
1217           // dragging to the left
1218           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1219           {
1220             for (int j = lastres; j > startres; j--)
1221             {
1222               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1223               {
1224                 endEditing();
1225                 break;
1226               }
1227               deleteChar(startres, new SequenceI[]
1228               { seq }, fixedRight);
1229             }
1230           }
1231           else
1232           {
1233             // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1234             int max = 0;
1235             for (int m = startres; m < lastres; m++)
1236             {
1237               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1238               {
1239                 break;
1240               }
1241               max++;
1242             }
1243
1244             if (max > 0)
1245             {
1246               editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,
1247                       new SequenceI[]
1248                       { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1249             }
1250           }
1251         }
1252         else
1253         {// insertGap==false AND editSeq==TRUE;
1254           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1255           {
1256             for (int j = lastres; j < startres; j++)
1257             {
1258               insertChar(j, new SequenceI[]
1259               { seq }, fixedRight);
1260             }
1261           }
1262           else
1263           {
1264             editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_NUC, new SequenceI[]
1265             { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1266           }
1267         }
1268       }
1269     }
1270
1271     lastres = startres;
1272     seqCanvas.repaint();
1273   }
1274
1275   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1276   {
1277     int blankColumn = fixedColumn;
1278     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1279     {
1280       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1281       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1282
1283       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1284       {
1285         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1286         {
1287           // Theres a space, so break and insert the gap
1288           break;
1289         }
1290       }
1291
1292       if (blankColumn <= j)
1293       {
1294         blankColumn = fixedColumn;
1295         endEditing();
1296         return;
1297       }
1298     }
1299
1300     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1301             av.getAlignment(), true);
1302
1303     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, seq, j, 1,
1304             av.getAlignment(), true);
1305
1306   }
1307
1308   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1309   {
1310
1311     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, seq, j, 1,
1312             av.getAlignment(), true);
1313
1314     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1315             av.getAlignment(), true);
1316   }
1317
1318   /**
1319    * DOCUMENT ME!
1320    *
1321    * @param e
1322    *          DOCUMENT ME!
1323    */
1324   @Override
1325   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1326   {
1327     if (oldSeq < 0)
1328     {
1329       oldSeq = 0;
1330     }
1331
1332     if (scrollThread != null)
1333     {
1334       scrollThread.running = false;
1335       scrollThread = null;
1336     }
1337   }
1338
1339   /**
1340    * DOCUMENT ME!
1341    *
1342    * @param e
1343    *          DOCUMENT ME!
1344    */
1345   @Override
1346   public void mouseExited(MouseEvent e)
1347   {
1348     if (av.getWrapAlignment())
1349     {
1350       return;
1351     }
1352
1353     if (mouseDragging)
1354     {
1355       scrollThread = new ScrollThread();
1356     }
1357   }
1358
1359   @Override
1360   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1361   {
1362     SequenceGroup sg = null;
1363     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
1364     if (evt.getClickCount() > 1)
1365     {
1366       sg = av.getSelectionGroup();
1367       if (sg != null && sg.getSize() == 1
1368               && sg.getEndRes() - sg.getStartRes() < 2)
1369       {
1370         av.setSelectionGroup(null);
1371       }
1372
1373       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(
1374               sequence.getDatasetSequence(),
1375               sequence.findPosition(findRes(evt)));
1376
1377       if (features != null && features.length > 0)
1378       {
1379         SearchResults highlight = new SearchResults();
1380         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
1381                 features[0].getEnd());
1382         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
1383       }
1384       if (features != null && features.length > 0)
1385       {
1386         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
1387         { sequence }, features, false, ap);
1388
1389         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
1390       }
1391     }
1392   }
1393
1394   @Override
1395   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1396   {
1397     e.consume();
1398     if (e.getWheelRotation() > 0)
1399     {
1400       if (e.isShiftDown())
1401       {
1402         ap.scrollRight(true);
1403
1404       }
1405       else
1406       {
1407         ap.scrollUp(false);
1408       }
1409     }
1410     else
1411     {
1412       if (e.isShiftDown())
1413       {
1414         ap.scrollRight(false);
1415       }
1416       else
1417       {
1418         ap.scrollUp(true);
1419       }
1420     }
1421     // TODO Update tooltip for new position.
1422   }
1423
1424   /**
1425    * DOCUMENT ME!
1426    *
1427    * @param evt
1428    *          DOCUMENT ME!
1429    */
1430   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1431   {
1432     int res = findRes(evt);
1433     int seq = findSeq(evt);
1434     oldSeq = seq;
1435
1436     startWrapBlock = wrappedBlock;
1437
1438     if (av.wrapAlignment && seq > av.getAlignment().getHeight())
1439     {
1440       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1441               .getString("label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view"),
1442               MessageManager.getString("label.wrapped_view_no_edit"),
1443               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1444       return;
1445     }
1446
1447     if (seq < 0 || res < 0)
1448     {
1449       return;
1450     }
1451
1452     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1453
1454     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1455     {
1456       return;
1457     }
1458
1459     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1460
1461     if (stretchGroup == null)
1462     {
1463       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1464
1465       if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes())
1466               && (res < stretchGroup.getEndRes()))
1467       {
1468         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1469       }
1470       else
1471       {
1472         stretchGroup = null;
1473       }
1474     }
1475     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1476             || (stretchGroup.getStartRes() > res)
1477             || (stretchGroup.getEndRes() < res))
1478     {
1479       stretchGroup = null;
1480
1481       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1482
1483       if (allGroups != null)
1484       {
1485         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1486         {
1487           if ((allGroups[i].getStartRes() <= res)
1488                   && (allGroups[i].getEndRes() >= res))
1489           {
1490             stretchGroup = allGroups[i];
1491             break;
1492           }
1493         }
1494       }
1495
1496       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1497
1498     }
1499
1500     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
1501     {
1502       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(
1503               sequence.getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));
1504       Vector links = new Vector();
1505       for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1506       {
1507         if (allFeatures[i].links != null)
1508         {
1509           for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1510           {
1511             links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1512           }
1513         }
1514       }
1515
1516       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);
1517       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1518       return;
1519     }
1520
1521     if (av.cursorMode)
1522     {
1523       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1524       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1525       seqCanvas.repaint();
1526       return;
1527     }
1528
1529     if (stretchGroup == null)
1530     {
1531       // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1532
1533       // define a new group here
1534       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1535       sg.setStartRes(res);
1536       sg.setEndRes(res);
1537       sg.addSequence(sequence, false);
1538       av.setSelectionGroup(sg);
1539
1540       stretchGroup = sg;
1541
1542       if (av.getConservationSelected())
1543       {
1544         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1545                 "Background");
1546       }
1547
1548       if (av.getAbovePIDThreshold())
1549       {
1550         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1551                 "Background");
1552       }
1553       if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1554       {
1555         // Edit end res position of selected group
1556         changeEndRes = true;
1557       }
1558       else if ((stretchGroup != null)
1559               && (stretchGroup.getStartRes() == res))
1560       {
1561         // Edit end res position of selected group
1562         changeStartRes = true;
1563       }
1564       stretchGroup.getWidth();
1565     }
1566
1567     seqCanvas.repaint();
1568   }
1569
1570   /**
1571    * DOCUMENT ME!
1572    *
1573    * @param evt
1574    *          DOCUMENT ME!
1575    */
1576   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1577   {
1578     if (stretchGroup == null)
1579     {
1580       return;
1581     }
1582
1583     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1584                                        // state
1585     if (stretchGroup.cs != null)
1586     {
1587       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1588               av.getHiddenRepSequences());
1589
1590       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1591       {
1592         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1593                 stretchGroup.getName());
1594       }
1595       else
1596       {
1597         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1598                 stretchGroup.getName());
1599       }
1600     }
1601     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1602     ap.paintAlignment(true);
1603
1604     changeEndRes = false;
1605     changeStartRes = false;
1606     stretchGroup = null;
1607     av.sendSelection();
1608   }
1609
1610   /**
1611    * DOCUMENT ME!
1612    *
1613    * @param evt
1614    *          DOCUMENT ME!
1615    */
1616   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1617   {
1618     int res = findRes(evt);
1619     int y = findSeq(evt);
1620
1621     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1622     {
1623       return;
1624     }
1625
1626     if (stretchGroup == null)
1627     {
1628       return;
1629     }
1630
1631     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1632     {
1633       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1634     }
1635
1636     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1637     {
1638       // Edit end res position of selected group
1639       changeEndRes = true;
1640     }
1641     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1642     {
1643       // Edit start res position of selected group
1644       changeStartRes = true;
1645     }
1646
1647     if (res < av.getStartRes())
1648     {
1649       res = av.getStartRes();
1650     }
1651
1652     if (changeEndRes)
1653     {
1654       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1655       {
1656         stretchGroup.setEndRes(res);
1657       }
1658     }
1659     else if (changeStartRes)
1660     {
1661       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1662       {
1663         stretchGroup.setStartRes(res);
1664       }
1665     }
1666
1667     int dragDirection = 0;
1668
1669     if (y > oldSeq)
1670     {
1671       dragDirection = 1;
1672     }
1673     else if (y < oldSeq)
1674     {
1675       dragDirection = -1;
1676     }
1677
1678     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1679             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1680     {
1681       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1682       // selection is quite slow.
1683       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1684
1685       oldSeq += dragDirection;
1686
1687       if (oldSeq < 0)
1688       {
1689         break;
1690       }
1691
1692       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1693
1694       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1695       {
1696         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1697       }
1698       else
1699       {
1700         if (seq != null)
1701         {
1702           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1703         }
1704
1705         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1706       }
1707     }
1708
1709     if (oldSeq < 0)
1710     {
1711       oldSeq = -1;
1712     }
1713
1714     mouseDragging = true;
1715
1716     if (scrollThread != null)
1717     {
1718       scrollThread.setEvent(evt);
1719     }
1720
1721     seqCanvas.repaint();
1722   }
1723
1724   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1725   {
1726     if (evt == null)
1727     {
1728       if (scrollThread != null)
1729       {
1730         scrollThread.running = false;
1731         scrollThread = null;
1732       }
1733       mouseDragging = false;
1734     }
1735     else
1736     {
1737       if (scrollThread == null)
1738       {
1739         scrollThread = new ScrollThread();
1740       }
1741
1742       mouseDragging = true;
1743       scrollThread.setEvent(evt);
1744     }
1745
1746   }
1747
1748   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1749   class ScrollThread extends Thread
1750   {
1751     MouseEvent evt;
1752
1753     boolean running = false;
1754
1755     public ScrollThread()
1756     {
1757       start();
1758     }
1759
1760     public void setEvent(MouseEvent e)
1761     {
1762       evt = e;
1763     }
1764
1765     public void stopScrolling()
1766     {
1767       running = false;
1768     }
1769
1770     @Override
1771     public void run()
1772     {
1773       running = true;
1774
1775       while (running)
1776       {
1777         if (evt != null)
1778         {
1779           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))
1780           {
1781             running = ap.scrollUp(true);
1782           }
1783
1784           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight())
1785                   && (av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq()))
1786           {
1787             running = ap.scrollUp(false);
1788           }
1789
1790           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
1791           {
1792             running = ap.scrollRight(false);
1793           }
1794           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
1795           {
1796             running = ap.scrollRight(true);
1797           }
1798         }
1799
1800         try
1801         {
1802           Thread.sleep(20);
1803         } catch (Exception ex)
1804         {
1805         }
1806       }
1807     }
1808   }
1809
1810   /**
1811    * modify current selection according to a received message.
1812    */
1813   @Override
1814   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1815           SelectionSource source)
1816   {
1817     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1818     // handles selection messages...
1819     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1820     // shared between viewports.
1821     if (av == source
1822             || !av.followSelection
1823             || (av.isSelectionGroupChanged(false) || av
1824                     .isColSelChanged(false))
1825             || (source instanceof AlignViewport && ((AlignViewport) source)
1826                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId())))
1827     {
1828       return;
1829     }
1830     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1831     // suspect)
1832     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1833     // sequence selection
1834     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1835     // if (!av.isSelectionGroupChanged(false))
1836     {
1837       SequenceGroup sgroup = null;
1838       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1839       {
1840         if (av.getAlignment() == null)
1841         {
1842           jalview.bin.Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId="
1843                   + av.getSequenceSetId() + " ViewId=" + av.getViewId()
1844                   + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1845           return;
1846         }
1847         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1848                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1849         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1850                 || (colsel == null || colsel.size() == 0))
1851         {
1852           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1853           copycolsel = false;
1854         }
1855       }
1856       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1857       {
1858         av.setSelectionGroup(sgroup);
1859       }
1860       else
1861       {
1862         av.setSelectionGroup(null);
1863       }
1864       av.isSelectionGroupChanged(true);
1865       repaint = true;
1866     }
1867     if (copycolsel)
1868     {
1869       // the current selection is unset or from a previous message
1870       // so import the new colsel.
1871       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1872       {
1873         if (av.getColumnSelection() != null)
1874         {
1875           av.getColumnSelection().clear();
1876           repaint = true;
1877         }
1878       }
1879       else
1880       {
1881         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1882         if (av.getColumnSelection() == null)
1883         {
1884           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1885         }
1886         else
1887         {
1888           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1889         }
1890       }
1891       av.isColSelChanged(true);
1892       repaint = true;
1893     }
1894     if (copycolsel
1895             && av.hasHiddenColumns()
1896             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1897                     .getHiddenColumns() == null))
1898     {
1899       System.err.println("Bad things");
1900     }
1901     if (repaint)
1902     {
1903       // probably finessing with multiple redraws here
1904       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1905       // ap.paintAlignment(false);
1906     }
1907   }
1908 }