gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.*;\r
  29 \r
  30 import javax.swing.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class SeqPanel extends JPanel\r
  40 {\r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44     /** DOCUMENT ME!! */\r
  45     public AlignmentPanel ap;\r
  46     protected int lastres;\r
  47     protected int startseq;\r
  48     int startEdit = -1;\r
  49     int endEdit = -1;\r
  50     protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  53     int seqEditOccurred = -1;\r
  54     ScrollThread scrollThread = null;\r
  55     boolean mouseDragging = false;\r
  56     boolean editingSeqs = false;\r
  57     boolean groupEditing = false;\r
  58 \r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     int oldSeq = -1;\r
  63     boolean changeEndSeq = false;\r
  64     boolean changeStartSeq = false;\r
  65     boolean changeEndRes = false;\r
  66     boolean changeStartRes = false;\r
  67     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  68     boolean remove = false;\r
  69 \r
  70     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  71 \r
  72     /**\r
  73      * Creates a new SeqPanel object.\r
  74      *\r
  75      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  76      * @param p DOCUMENT ME!\r
  77      */\r
  78     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  79     {\r
  80         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  81         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  83         this.av = avp;\r
  84         setBackground(Color.white);\r
  85 \r
  86         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  87         setLayout(new BorderLayout());\r
  88         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  89 \r
  90         ap = p;\r
  91 \r
  92 \r
  93         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  94             {\r
  95                 public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  96                 {\r
  97                     doMouseMoved(evt);\r
  98                     if (editingSeqs)\r
  99                     {\r
 100                       // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 101                       // If control is down\r
 102                       if(!av.isDataset())\r
 103                         doMouseDragged(evt);\r
 104                     }\r
 105                 }\r
 106 \r
 107                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 108                 {\r
 109                     if (editingSeqs)\r
 110                     {\r
 111                       if(!av.isDataset())\r
 112                         doMouseDragged(evt);\r
 113                     }\r
 114                     else\r
 115                     {\r
 116                       if(!av.isDataset())\r
 117                         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 118                     }\r
 119                 }\r
 120             });\r
 121 \r
 122        addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 123        {\r
 124          public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 125          {\r
 126 \r
 127            if (mouseWheelPressed)\r
 128            {\r
 129              Font font = av.getFont();\r
 130              int fontSize = font.getSize();\r
 131              if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
 132                fontSize++;\r
 133              else if (fontSize > 1)\r
 134                fontSize--;\r
 135 \r
 136              av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
 137              ap.fontChanged();\r
 138            }\r
 139            else\r
 140            {\r
 141              if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 142                ap.scrollUp(false);\r
 143              else\r
 144                ap.scrollUp(true);\r
 145            }\r
 146 \r
 147          }\r
 148        });\r
 149 \r
 150 \r
 151        if(!av.isDataset())\r
 152        {\r
 153          addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 154          {\r
 155            public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 156            {\r
 157              mouseWheelPressed = false;\r
 158 \r
 159              if (editingSeqs)\r
 160              {\r
 161                doMouseReleased(evt);\r
 162              }\r
 163              else\r
 164              {\r
 165                doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 166              }\r
 167            }\r
 168 \r
 169            public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 170            {\r
 171              if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 172              {\r
 173                mouseWheelPressed = true;\r
 174                return;\r
 175              }\r
 176 \r
 177              if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 178                  evt.isControlDown())\r
 179              {\r
 180                if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 181                {\r
 182                  groupEditing = true;\r
 183 \r
 184                }\r
 185 \r
 186                editingSeqs = true;\r
 187                doMousePressed(evt);\r
 188              }\r
 189              else\r
 190              {\r
 191                doMousePressedDefineMode(evt);\r
 192              }\r
 193            }\r
 194 \r
 195            public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 196            {\r
 197              if (editingSeqs)\r
 198              {\r
 199                return;\r
 200              }\r
 201 \r
 202              doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 203            }\r
 204 \r
 205            public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 206            {\r
 207              if (editingSeqs)\r
 208              {\r
 209                return;\r
 210              }\r
 211 \r
 212              doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 213            }\r
 214          });\r
 215        }\r
 216     }\r
 217 \r
 218     int startWrapBlock=-1;\r
 219     int wrappedBlock=-1;\r
 220     int findRes(MouseEvent evt)\r
 221    {\r
 222      int res = 0;\r
 223      int x = evt.getX();\r
 224 \r
 225     if (av.wrapAlignment)\r
 226     {\r
 227 \r
 228       int hgap = av.charHeight;\r
 229       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 230         hgap += av.charHeight;\r
 231 \r
 232       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 233           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 234 \r
 235         int y = evt.getY();\r
 236         y -= hgap;\r
 237         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 238 \r
 239 \r
 240         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 241 \r
 242         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 243         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 244 \r
 245         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 246 \r
 247     }\r
 248     else\r
 249     {\r
 250         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 251     }\r
 252 \r
 253     return res;\r
 254 \r
 255    }\r
 256 \r
 257    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 258    {\r
 259 \r
 260      int seq = 0;\r
 261      int y = evt.getY();\r
 262 \r
 263      if (av.wrapAlignment)\r
 264      {\r
 265        int hgap = av.charHeight;\r
 266        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 267          hgap += av.charHeight;\r
 268 \r
 269        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 270            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 271 \r
 272          y -= hgap;\r
 273 \r
 274        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 275      }\r
 276      else\r
 277      {\r
 278        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 279      }\r
 280 \r
 281      return seq;\r
 282    }\r
 283 \r
 284 \r
 285     /**\r
 286      * DOCUMENT ME!\r
 287      *\r
 288      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 289      */\r
 290     public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 291     {\r
 292         if (seqEditOccurred > -1)\r
 293         {\r
 294             editOccurred(seqEditOccurred);\r
 295         }\r
 296 \r
 297         startseq = -1;\r
 298         lastres = -1;\r
 299         seqEditOccurred = -1;\r
 300         editingSeqs = false;\r
 301         groupEditing = false;\r
 302 \r
 303         ap.repaint();\r
 304     }\r
 305 \r
 306     /**\r
 307      * DOCUMENT ME!\r
 308      *\r
 309      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 310      */\r
 311     public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 312     {\r
 313       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 314                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 315 \r
 316       int seq = findSeq(evt);\r
 317       int res = findRes(evt);\r
 318 \r
 319       if(seq<0 || res<0)\r
 320         return;\r
 321 \r
 322         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 323                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 324         {\r
 325             startseq = seq;\r
 326             lastres = res;\r
 327         }\r
 328         else\r
 329         {\r
 330             startseq = -1;\r
 331             lastres = -1;\r
 332         }\r
 333 \r
 334         startEdit = lastres;\r
 335         endEdit = lastres;\r
 336 \r
 337         return;\r
 338     }\r
 339 \r
 340     /**\r
 341      * DOCUMENT ME!\r
 342      *\r
 343      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 344      */\r
 345     public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 346     {\r
 347       int res = findRes(evt);\r
 348       int seq = findSeq(evt);\r
 349 \r
 350       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 351             return;\r
 352 \r
 353       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 354 \r
 355       if (res > sequence.getLength())\r
 356       {\r
 357         return;\r
 358       }\r
 359 \r
 360         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 361                 sequence.getName());\r
 362 \r
 363         Object obj = null;\r
 364         if (av.alignment.isNucleotide())\r
 365         {\r
 366           obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 367               "");\r
 368           if(obj!=null)\r
 369             text.append(" Nucleotide: ");\r
 370         }\r
 371         else\r
 372         {\r
 373           obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 374           if(obj!=null)\r
 375             text.append("  Residue: ");\r
 376         }\r
 377 \r
 378         if (obj != null)\r
 379         {\r
 380 \r
 381           if (obj != "")\r
 382           {\r
 383             text.append( obj + " (" +\r
 384                         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 385           }\r
 386         }\r
 387 \r
 388         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 389 \r
 390         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 391         if (av.showSequenceFeatures)\r
 392         {\r
 393             Vector features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 394             if(features!=null)\r
 395             {\r
 396               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 397 \r
 398               for (int i = 0; i < features.size(); i++)\r
 399               {\r
 400                 SequenceFeature sf = (SequenceFeature) features.elementAt(i);\r
 401 \r
 402                 if ( (sf.getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 403                     (sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 404                 {\r
 405                   if (sf.getType().equals("disulfide bond"))\r
 406                   {\r
 407                     if (sf.getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 408                         || sf.getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 409                     {\r
 410                       if (sbuffer.length() > 6)\r
 411                         sbuffer.append("<br>");\r
 412                       sbuffer.append("disulfide bond " + sf.getBegin() + ":" +\r
 413                                      sf.getEnd());\r
 414                     }\r
 415                   }\r
 416                   else\r
 417                   {\r
 418                     if (sbuffer.length() > 6)\r
 419                       sbuffer.append("<br>");\r
 420                     sbuffer.append(sf.getType());\r
 421                     if (sf.getDescription() != null)\r
 422                       sbuffer.append(" " + sf.getDescription());\r
 423 \r
 424                     if (sf.getStatus() != null)\r
 425                     {\r
 426                       sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 427                     }\r
 428                   }\r
 429                 }\r
 430 \r
 431               }\r
 432 \r
 433               sbuffer.append("</html>");\r
 434               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
 435                 setToolTipText("");\r
 436               else\r
 437                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 438             }\r
 439             else\r
 440               setToolTipText("");\r
 441         }\r
 442     }\r
 443 \r
 444     /**\r
 445      * DOCUMENT ME!\r
 446      *\r
 447      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 448      */\r
 449     public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 450     {\r
 451         // If we're dragging we're editing\r
 452         int res = findRes(evt);\r
 453 \r
 454         if (res < 0)\r
 455         {\r
 456             res = 0;\r
 457         }\r
 458 \r
 459         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 460         {\r
 461             return;\r
 462         }\r
 463 \r
 464         boolean dragRight = true;\r
 465 \r
 466         if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 467         {\r
 468             dragRight = false;\r
 469         }\r
 470 \r
 471         if (res != lastres)\r
 472         {\r
 473             // Group editing\r
 474             if (groupEditing)\r
 475             {\r
 476                 SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 477 \r
 478                 if (sg == null)\r
 479                 {\r
 480                     lastres = -1;\r
 481 \r
 482                     return;\r
 483                 }\r
 484 \r
 485                 // drag to right\r
 486                 if (dragRight)\r
 487                 {\r
 488                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 489                 }\r
 490 \r
 491                 // drag to left\r
 492                 else\r
 493                 {\r
 494                     /// Are we able to delete?\r
 495                     // ie are all columns blank?\r
 496                     boolean deleteAllowed = false;\r
 497 \r
 498                     for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 499                     {\r
 500                         SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 501 \r
 502                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 503                         {\r
 504                             if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 505                             {\r
 506                                 continue;\r
 507                             }\r
 508 \r
 509                             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 510                                         seq.getSequence().charAt(j)))\r
 511                             {\r
 512                                 // Not a gap, block edit not valid\r
 513                                 res = j + 1;\r
 514                                 deleteAllowed = false;\r
 515 \r
 516                                 continue;\r
 517                             }\r
 518 \r
 519                             deleteAllowed = true;\r
 520                         }\r
 521                     }\r
 522 \r
 523                     if (!deleteAllowed)\r
 524                     {\r
 525                         lastres = -1;\r
 526 \r
 527                         return;\r
 528                     }\r
 529 \r
 530                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 531                 }\r
 532 \r
 533                 for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 534                 {\r
 535                     SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 536                     int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 537 \r
 538                     // drag to right\r
 539                     if (dragRight)\r
 540                     {\r
 541                         for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 542                         {\r
 543                             insertChar(j, k);\r
 544                         }\r
 545                     }\r
 546 \r
 547                     // drag to left\r
 548                     else\r
 549                     {\r
 550                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 551                         {\r
 552                             if (s.getLength() > j)\r
 553                             {\r
 554                                 deleteChar(res, k);\r
 555                             }\r
 556                         }\r
 557                     }\r
 558                 }\r
 559             }\r
 560             else /////Editing a single sequence///////////\r
 561             {\r
 562                 if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res > lastres))\r
 563                 {\r
 564                     // dragging to the right\r
 565                     for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 566                     {\r
 567                         insertChar(j, startseq);\r
 568                     }\r
 569                 }\r
 570                 else if ((res < av.getAlignment().getWidth()) &&\r
 571                         (res < lastres))\r
 572                 {\r
 573                     // dragging to the left\r
 574                     for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 575                     {\r
 576                         if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 577                                     av.alignment.getSequenceAt(startseq)\r
 578                                                     .getSequence().charAt(res)))\r
 579                         {\r
 580                             deleteChar(res, startseq);\r
 581                         }\r
 582                         else\r
 583                         {\r
 584                             break;\r
 585                         }\r
 586                     }\r
 587                 }\r
 588             }\r
 589         }\r
 590 \r
 591         endEdit = res;\r
 592         lastres = res;\r
 593         seqCanvas.repaint();\r
 594     }\r
 595 \r
 596     /**\r
 597      * DOCUMENT ME!\r
 598      *\r
 599      * @param seqstart DOCUMENT ME!\r
 600      * @param seqend DOCUMENT ME!\r
 601      * @param start DOCUMENT ME!\r
 602      */\r
 603     public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 604     {\r
 605         seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart,\r
 606             seqend, av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 607         seqCanvas.repaint();\r
 608     }\r
 609 \r
 610     /**\r
 611      * DOCUMENT ME!\r
 612      *\r
 613      * @param j DOCUMENT ME!\r
 614      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 615      */\r
 616     public void insertChar(int j, int seq)\r
 617     {\r
 618         av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 619         seqEditOccurred = seq;\r
 620     }\r
 621 \r
 622     /**\r
 623      * DOCUMENT ME!\r
 624      *\r
 625      * @param j DOCUMENT ME!\r
 626      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 627      */\r
 628     public void deleteChar(int j, int seq)\r
 629     {\r
 630         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 631         seqEditOccurred = seq;\r
 632 \r
 633         av.alignment.getWidth();\r
 634         seqCanvas.repaint();\r
 635     }\r
 636 \r
 637     /**\r
 638      * DOCUMENT ME!\r
 639      *\r
 640      * @param i DOCUMENT ME!\r
 641      */\r
 642     void editOccurred(int i)\r
 643     {\r
 644       if (endEdit == startEdit)\r
 645       {\r
 646         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 647         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 648       }\r
 649 \r
 650       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 651 \r
 652     }\r
 653 \r
 654     /**\r
 655      * DOCUMENT ME!\r
 656      *\r
 657      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 658      */\r
 659     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 660     {\r
 661       int res = findRes(evt);\r
 662       int seq = findSeq(evt);\r
 663       oldSeq = seq;\r
 664 \r
 665       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 666 \r
 667       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
 668       {\r
 669           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 670               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
 671               "Wrapped view - no edit",\r
 672               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 673         return;\r
 674       }\r
 675 \r
 676       if(seq<0 || res<0)\r
 677             return;\r
 678 \r
 679 \r
 680         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 681 \r
 682         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
 683         {\r
 684             return;\r
 685         }\r
 686 \r
 687         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 688 \r
 689         if (stretchGroup == null)\r
 690         {\r
 691             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 692 \r
 693             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
 694                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
 695             {\r
 696                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 697             }\r
 698             else\r
 699             {\r
 700                 stretchGroup = null;\r
 701             }\r
 702         }\r
 703         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
 704                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
 705                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
 706         {\r
 707             stretchGroup = null;\r
 708 \r
 709             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 710 \r
 711             if (allGroups != null)\r
 712             {\r
 713                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 714                 {\r
 715                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
 716                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
 717                     {\r
 718                         stretchGroup = allGroups[i];\r
 719                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 720 \r
 721                         break;\r
 722                     }\r
 723                 }\r
 724             }\r
 725         }\r
 726 \r
 727         if (stretchGroup == null)\r
 728         {\r
 729             // define a new group here\r
 730             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 731             sg.setStartRes(res);\r
 732             sg.setEndRes(res);\r
 733             sg.addSequence(sequence, false);\r
 734             av.setSelectionGroup(sg);\r
 735             stretchGroup = sg;\r
 736 \r
 737             if (av.getConservationSelected())\r
 738             {\r
 739                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
 740                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 741             }\r
 742 \r
 743             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 744             {\r
 745                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 746                     "Background");\r
 747             }\r
 748         }\r
 749         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 750         {\r
 751             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
 752             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 753 \r
 754             // edit the properties of existing group\r
 755         }\r
 756 \r
 757         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
 758         {\r
 759             // Edit end res position of selected group\r
 760             changeEndRes = true;\r
 761         }\r
 762         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
 763         {\r
 764             // Edit end res position of selected group\r
 765             changeStartRes = true;\r
 766         }\r
 767 \r
 768         stretchGroup.getWidth();\r
 769 \r
 770         seqCanvas.repaint();\r
 771     }\r
 772 \r
 773     /**\r
 774      * DOCUMENT ME!\r
 775      *\r
 776      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 777      */\r
 778     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 779     {\r
 780         if (mouseDragging)\r
 781         {\r
 782             stretchGroup.recalcConservation();\r
 783             mouseDragging = false;\r
 784         }\r
 785 \r
 786         if (stretchGroup == null)\r
 787         {\r
 788             return;\r
 789         }\r
 790 \r
 791         if(stretchGroup.cs!=null)\r
 792         {\r
 793           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 794           {\r
 795             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
 796                 sequences,\r
 797                 stretchGroup.getWidth());\r
 798           }\r
 799 \r
 800           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 801           {\r
 802             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 803                                               stretchGroup.getName());\r
 804           }\r
 805           else\r
 806           {\r
 807             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 808                                            stretchGroup.getName());\r
 809           }\r
 810         }\r
 811         changeEndRes = false;\r
 812         changeStartRes = false;\r
 813         stretchGroup = null;\r
 814         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 815     }\r
 816 \r
 817     /**\r
 818      * DOCUMENT ME!\r
 819      *\r
 820      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 821      */\r
 822     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 823     {\r
 824       int res = findRes(evt);\r
 825       int y = findSeq(evt);\r
 826 \r
 827       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 828         return;\r
 829 \r
 830       if (stretchGroup == null)\r
 831       {\r
 832             return;\r
 833         }\r
 834 \r
 835         if (res > av.alignment.getWidth())\r
 836         {\r
 837             res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 838         }\r
 839 \r
 840         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 841         {\r
 842             // Edit end res position of selected group\r
 843             changeEndRes = true;\r
 844         }\r
 845         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 846         {\r
 847             // Edit start res position of selected group\r
 848             changeStartRes = true;\r
 849         }\r
 850 \r
 851         if (res < av.getStartRes())\r
 852         {\r
 853             res = av.getStartRes();\r
 854         }\r
 855         else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 856         {\r
 857             res = av.getEndRes();\r
 858         }\r
 859 \r
 860         if (changeEndRes)\r
 861         {\r
 862             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
 863             {\r
 864                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
 865             }\r
 866         }\r
 867         else if (changeStartRes)\r
 868         {\r
 869             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
 870             {\r
 871                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
 872             }\r
 873         }\r
 874 \r
 875         int dragDirection = 0;\r
 876 \r
 877         if (y > oldSeq)\r
 878         {\r
 879             dragDirection = 1;\r
 880         }\r
 881         else if (y < oldSeq)\r
 882         {\r
 883             dragDirection = -1;\r
 884         }\r
 885 \r
 886         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > 0) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
 887         {\r
 888             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 889             // selection is quite slow.\r
 890             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 891 \r
 892             oldSeq += dragDirection;\r
 893 \r
 894             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 895 \r
 896             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 897             {\r
 898                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 899             }\r
 900             else\r
 901             {\r
 902                 if (seq != null)\r
 903                 {\r
 904                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 905                 }\r
 906 \r
 907                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 908             }\r
 909         }\r
 910 \r
 911         oldSeq = y;\r
 912         mouseDragging = true;\r
 913 \r
 914         if (scrollThread != null)\r
 915         {\r
 916             scrollThread.setEvent(evt);\r
 917         }\r
 918 \r
 919         seqCanvas.repaint();\r
 920     }\r
 921 \r
 922     /**\r
 923      * DOCUMENT ME!\r
 924      *\r
 925      * @param e DOCUMENT ME!\r
 926      */\r
 927     public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 928     {\r
 929         if (scrollThread != null)\r
 930         {\r
 931             scrollThread.running = false;\r
 932         }\r
 933     }\r
 934 \r
 935     /**\r
 936      * DOCUMENT ME!\r
 937      *\r
 938      * @param e DOCUMENT ME!\r
 939      */\r
 940     public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 941     {\r
 942         if (av.getWrapAlignment())\r
 943         {\r
 944             return;\r
 945         }\r
 946 \r
 947         if (mouseDragging)\r
 948         {\r
 949             scrollThread = new ScrollThread();\r
 950         }\r
 951     }\r
 952 \r
 953     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 954     class ScrollThread extends Thread\r
 955     {\r
 956         MouseEvent evt;\r
 957         boolean running = false;\r
 958 \r
 959         public ScrollThread()\r
 960         {\r
 961             start();\r
 962         }\r
 963 \r
 964         public void setEvent(MouseEvent e)\r
 965         {\r
 966             evt = e;\r
 967         }\r
 968 \r
 969         public void stopScrolling()\r
 970         {\r
 971             running = false;\r
 972         }\r
 973 \r
 974         public void run()\r
 975         {\r
 976             running = true;\r
 977 \r
 978             while (running)\r
 979             {\r
 980                 if (evt != null)\r
 981                 {\r
 982                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
 983                             (av.getStartSeq() > 0))\r
 984                     {\r
 985                         running = ap.scrollUp(true);\r
 986                     }\r
 987 \r
 988                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
 989                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 990                     {\r
 991                         running = ap.scrollUp(false);\r
 992                     }\r
 993 \r
 994                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
 995                     {\r
 996                         running = ap.scrollRight(true);\r
 997                     }\r
 998                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
 999                     {\r
1000                         running = ap.scrollRight(false);\r
1001                     }\r
1002                 }\r
1003 \r
1004                 try\r
1005                 {\r
1006                     Thread.sleep(75);\r
1007                 }\r
1008                 catch (Exception ex)\r
1009                 {\r
1010                 }\r
1011             }\r
1012         }\r
1013     }\r
1014 }\r