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[jalview.git] / help / help / html / colourSchemes / gecos-ocean.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
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19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Ocean Colour Scheme</title>
24 <style type="text/css">
25 <!--
26 td {
27         text-align: center;
28 }
29 -->
30 </style>
31 </head>
32
33 <body>
34   <p>
35     <strong><a name="gecos-ocean">Ocean</a></strong>
36   </p>
37   <p>
38   This colour scheme was generated by the gecos software. See<br/>
39   Kunzmann, P., Mayer, B.E. & Hamacher, K. Substitution matrix based color schemes for sequence alignment visualization. <em>BMC Bioinformatics</em> <strong>21</strong>, 209 (2020). https://doi.org/10.1186/s12859-020-3526-6<br/>
40   and https://gecos.biotite-python.org/ .<br/>
41   Gecos sets perceptual differences in the colour scheme according to differences in the substitution matrix.
42   </p>
43   <p>
44     ocean is a blue shifted, light color scheme, based on BLOSUM62.
45   </p>
46   <div align="center">
47     <table width="400" border="1">
48
49 <tr>
50     <td bgcolor="#c6ca9b">A</td>
51     <td bgcolor="#c68136">C</td>
52     <td bgcolor="#4cdfa1">D</td>
53     <td bgcolor="#60dac9">E</td>
54 </tr>
55 <tr>
56     <td bgcolor="#ab88ae">F</td>
57     <td bgcolor="#33a551">G</td>
58     <td bgcolor="#00cffe">H</td>
59     <td bgcolor="#f2baaa">I</td>
60 </tr>
61 <tr>
62     <td bgcolor="#40a090">K</td>
63     <td bgcolor="#bb8a83">L</td>
64     <td bgcolor="#a48b88">M</td>
65     <td bgcolor="#0adfc3">N</td>
66 </tr>
67 <tr>
68     <td bgcolor="#afd365">P</td>
69     <td bgcolor="#8bd3d1">Q</td>
70     <td bgcolor="#0ca0a8">R</td>
71     <td bgcolor="#6d9b74">S</td>
72 </tr>
73 <tr>
74     <td bgcolor="#8d9566">T</td>
75     <td bgcolor="#e9bea4">V</td>
76     <td bgcolor="#758aee">W</td>
77     <td bgcolor="#bac3fc">Y</td>
78 </tr>
79
80     </table>
81   </div>
82 </body>
83 </html>