help/help/html/colourSchemes/nucleotideambiguity.html

   1 <html>
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Nucleotide Colour Scheme</title>
  24 <style type="text/css">
  25 <!--
  26 td {
  27         text-align: center;
  28 }
  29 -->
  30 </style>
  31 </head>
  32
  33 <body>
  34   <p>
  35     <strong>Nucleotide Ambiguity Colours</strong>
  36   </p>
  37
  38
  39   <p>
  40   This colour scheme was devised by Suzanne Duce and the Jalview Team to highlight ambiguity codes used in nucleotide sequences.
  41   </p>
  42   <div align="center">
  43     <table width="200" border="1">
  44       <tr>
  45         <td bgcolor="#f0fff0">A</td>
  46         <td>Adenine</td>
  47       </tr>
  48       <tr>
  49         <td bgcolor="#f0fff0">C</td>
  50         <td>Cytosine</td>
  51       </tr>
  52       <tr>
  53         <td bgcolor="#f0fff0">G</td>
  54         <td>Guanine</td>
  55       </tr>
  56       <tr>
  57         <td bgcolor="#f0fff0">T</td>
  58         <td>Thymine</td>
  59       </tr>
  60       <tr>
  61         <td bgcolor="#f0fff0">U</td>
  62         <td>Uracil</td>
  63       </tr>
  64       <tr>
  65         <td bgcolor="#ffffff">I</td>
  66         <td>Inosine</td>
  67       </tr>
  68       <tr>
  69         <td bgcolor="#4f6f6f">X</td>
  70         <td>Xanthine (sometimes Unknown)</td>
  71       </tr>
  72       <tr>
  73         <td bgcolor="#CD5C5C">R</td>
  74         <td>Unknown Purine</td>
  75       </tr>
  76       <tr>
  77         <td bgcolor="#008000">Y</td>
  78         <td>Unknown Pyrimidine</td>
  79       </tr>
  80       <tr>
  81         <td bgcolor="#4682B4">W</td>
  82         <td>Weak nucleotide (A or T)</td>
  83       </tr>
  84       <tr>
  85         <td bgcolor="#FF8C00">S</td>
  86         <td>Strong nucleotide (G or C)</td>
  87       </tr>
  88       <tr>
  89         <td bgcolor="#9ACD32">M</td>
  90         <td>Amino (A or C)</td>
  91       </tr>
  92       <tr>
  93         <td bgcolor="#9932CC">K</td>
  94         <td>Keto (G or T)</td>
  95       </tr>
  96       <tr>
  97         <td bgcolor="#8b4513">B</td>
  98         <td>Not A (G or C or T)</td>
  99       </tr>
 100       <tr>
 101         <td bgcolor="#808080">H</td>
 102         <td>Not G (A or C or T)</td>
 103       </tr>
 104       <tr>
 105         <td bgcolor="#483D8B">D</td>
 106         <td>Not C (A or G or T)</td>
 107       </tr>
 108       <tr>
 109         <td bgcolor="#b8860b">V</td>
 110         <td>Not T (A or G or C)</td>
 111       </tr>
 112       <tr>
 113         <td bgcolor="#2f4f4f">N</td>
 114         <td>Unknown</td>
 115       </tr>
 116     </table>
 117   </div>
 118 </body>
 119 </html>