help/help/html/features/bioJsonFormat.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>BioJSON in Jalview</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>BioJSON support in Jalview</strong>
  28   </p>
  29   <p>BioJSON is a JavaScript Object Notation (JSON) specification
  30     for the representation and exchange of multiple sequence alignment
  31     data.</p>
  32   <p>
  33     Jalview 2.9 includes support for reading and writing BioJSON v1.0
  34     data directly, or embedded in HTML documents. It can also generate
  35     HTML pages which employ the <a href="biojsmsa.html">BioJS MSA
  36       viewer</a> for interactive display of BioJSON data.
  37   </p>
  38   <p>
  39     <strong>Finding out more about BioJSON</strong>
  40   </p>
  41   <p>
  42     The BioJSON specification is published at <a
  43       href="http://jalview.github.io/biojson/">http://jalview.github.io/biojson/</a>.
  44   </p>
  45   <p>
  46     <em>Import of BioJSON data from HTML pages</em>
  47   </p>
  48   <p>When importing embedded data in an HTML document, Jalview
  49     searches for a hidden (usually) input or div element named
  50     "seqData":</p>
  51   <pre>
  52     <code>&lt;div name="seqData" id="seqData" style="display: none;"&gt;#valid BioJSON data#&lt;/div&gt;</code>
  53   </pre>
  54   <strong>OR</strong>
  55   <pre>
  56     <code>&lt;input type="hidden" id="seqData" name="seqData" value='#valid BioJSON data#'/&gt;</code>
  57   </pre>
  58   <p>Jalview can also import BioJSON data directly.</p>
  59
  60   <p>
  61     <strong>Jalview's Support for BioJSON v1.0</strong>
  62   </p>
  63   <p>BioJSON exports of an alignment view include the following
  64     additional data:</p>
  65   <ul>
  66     <li>Alignment Annotations</li>
  67     <li>Alignment Features</li>
  68     <li>Alignment Sequences</li>
  69     <li>Color Scheme</li>
  70     <li>Hidden Columns</li>
  71     <li>Hidden Sequences</li>
  72     <li>Sequence Groups</li>
  73   </ul>
  74   <p>The following data are NOT currently preserved on export:</p>
  75   <ul>
  76     <li>Alignment Reference sequences</li>
  77     <li>Representative sequence groups</li>
  78     <li>Trees</li>
  79     <li>3D Structures</li>
  80   </ul>
  81 </body>
  82 </html>