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   1 <html>
   2 <!--
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  11  -->
  12 <title>Summary of Command Line Arguments (version 2.11.3.0 onwards)</title>
  13 <body>
  14
  15   <h1>Summary of Command Line Arguments (version 2.11.3.0 onwards)</h1>
  16
  17   <p>
  18   See <a href="clarguments-ng.html">Jalview Command Line Arguments (next generation)</a>
  19   for more explanation about using Jalview's command line arguments.
  20   </p>
  21
  22   <table border="1" cellpadding="3">
  23   <tr>
  24   <td><strong>argument</strong></td>
  25   <td><strong>action</strong></td>
  26   <td><strong>subval modifiers</strong> (optional)</td>
  27   <td align="center"><strong>linked</strong> (optional)</td>
  28   </tr>
  29
  30   <tr>
  31   <td><code>--open&nbsp;<em>filename/URL ...</em></code></td>
  32   <td>
  33   Opens one or more alignment files in new alignment windows.
  34   <a href="clarguments-ng.html#open">Examples</a>.
  35   </td>
  36   <td>
  37     <code>
  38       colour=<em>colourscheme</em>,
  39       title=<em>title</em>,
  40       features=<em>featurefile</em>,
  41       annotations=<em>annotationfile</em>,
  42       tree=<em>treefile</em>,
  43       showannotations,
  44       ssannotations,
  45       sortbytree,
  46       wrap
  47     </code>
  48   </td>
  49   <td align="center">&#x2713;</td>
  50   </tr>
  51
  52   <tr>
  53   <td><code>--append&nbsp;<em>filename/URL ...</em></code></td>
  54   <td>Appends one or more alignment files to an open alignment window (or opens a new alignment if none already open).</td>
  55   <td>
  56    <code>
  57       colour=<em>colourscheme</em>,
  58       title=<em>title</em>,
  59       features=<em>featurefile</em>,
  60       annotations=<em>annotationfile</em>,
  61       tree=<em>treefile</em>,
  62       showannotations,
  63       ssannotations,
  64       sortbytree,
  65       wrap
  66     </code>.
  67     <a href="clarguments-ng.html#append">Examples</a>.
  68    </td>
  69   <td align="center">&#x2713;</td>
  70   </tr>
  71
  72   <tr>
  73   <td><code>--title&nbsp;<em>"title"</em></code></td>
  74   <td>Specifies the title for the open alignment window.</td>
  75   <td></td>
  76   <td align="center">&#x2713;</td>
  77   </tr>
  78
  79   <tr>
  80   <td><code>--colour&nbsp;<em>colourscheme</em></code></td>
  81   <td>Applies the given colour scheme to the open alignment window.  Valid values are:
  82   <code>clustal</code>,
  83   <code>blosum62</code>,
  84   <code>pc-identity</code>,
  85   <code>zappo</code>,
  86   <code>taylor</code>,
  87   <code>gecos-flower</code>,
  88   <code>gecos-blossom</code>,
  89   <code>gecos-sunset</code>,
  90   <code>gecos-ocean</code>,
  91   <code>hydrophobic</code>,
  92   <code>helix-propensity</code>,
  93   <code>strand-propensity</code>,
  94   <code>turn-propensity</code>,
  95   <code>buried-index</code>,
  96   <code>nucleotide</code>,
  97   <code>nucleotide-ambiguity</code>,
  98   <code>purine-pyrimidine</code>,
  99   <code>rna-helices</code>,
 100   <code>t-coffee-scores</code>,
 101   <code>sequence-id</code>.
 102   <a href="clarguments-ng.html#colour">Examples</a>.
 103   <td></td>
 104   <td align="center">&#x2713;</td>
 105   </tr>
 106
 107   <tr>
 108   <td><code>--features&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 109   <td>Add a feature file to the open alignment.</td>
 110   <td></td>
 111   <td align="center">&#x2713;</td>
 112   </tr>
 113
 114
 115
 116   <tr>
 117   <td><code>--tree&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 118   <td>Add a tree file to the open alignment.</td>
 119   <td></td>
 120   <td align="center">&#x2713;</td>
 121   </tr>
 122
 123   <tr>
 124   <td><code>--sortbytree / --nosortbytree</code></td>
 125   <td>Enforces sorting (or not sorting) the alignment in the order of an attached phylogenetic tree.</td>
 126   <td></td>
 127   <td align="center">&#x2713;</td>
 128   </tr>
 129
 130
 131   <tr>
 132   <td><code>--annotations&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 133   <td>Add an annotations file to the open alignment.</td>
 134   <td></td>
 135   <td align="center">&#x2713;</td>
 136   </tr>
 137
 138   <tr>
 139   <td><code>--showannotations / --noshowannotations</code></td>
 140   <td>Enforces showing (or not showing) alignment annotations.</td>
 141   <td></td>
 142   <td align="center">&#x2713;</td>
 143   </tr>
 144
 145
 146   <tr>
 147   <td><code>--structure&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 148   <td>Load a structure file attached to a sequence in the open alignment.</td>
 149   <td>
 150     <code>
 151       seqid=<em>sequenceid</em></code> or <code><em>sequence index</em>,
 152       paefile=<em>paefilename</em>,
 153       tempfac=<em>temperature factor type</em>,
 154       ssannotations,
 155       notempfac,
 156       structureviewer=<em>structure viewer</em>
 157     </code></td>
 158   <td align="center">&#x2713;</td>
 159   </tr>
 160
 161
 162   <tr>
 163   <td><code>--paematrix&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 164   <td>Add a PAE file to the preceding <code>--structure</code></td>
 165   <td></td>
 166   <td align="center">&#x2713;</td>
 167   </tr>
 168
 169
 170   <tr>
 171   <td><code>--tempfac&nbsp;<em>temperature factor type</em></code></td>
 172   <td>Set the type of temperature factor.  Possible values are
 173     <code>default</code>,
 174     <code>plddt</code>
 175   </td>
 176   <td></td>
 177   <td align="center">&#x2713;</td>
 178   </tr>
 179
 180
 181   <tr>
 182   <td><code>--structureviewer&nbsp;<em>structure viewer</em></code></td>
 183   <td>Set the structure viewer to use to open the 3d structure file specified in previous <code>--structure</code>.  Possible values are:
 184   <br/>
 185     <code>none</code>,
 186     <br/>
 187     <code>jmol</code>,
 188     <br/>
 189     <code>chimera</code> <em>- requires installation, might need configuring in Preferences</em>,
 190     <br/>
 191     <code>chimerax</code> <em>- requires installation, might need configuring in Preferences</em>,
 192     <br/>
 193     <code>pymol</code> <em>- requires installation, might need configuring in Preferences</em>
 194   </td>
 195   <td></td>
 196   <td align="center">&#x2713;</td>
 197   </tr>
 198
 199
 200   <tr>
 201   <td><code>--notempfac</code></td>
 202   <td>Do not show the temperature factor annotation for the preceding <code>--structure</code></td>
 203   <td></td>
 204   <td align="center">&#x2713;</td>
 205   </tr>
 206
 207
 208   <tr>
 209   <td><code>--groovy&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 210   <td>Process a groovy script in the file for the open alignment.</td>
 211   <td></td>
 212   <td align="center">&#x2713;</td>
 213   </tr>
 214
 215
 216   <tr>
 217   <td><code>--image&nbsp;<em>new filename</em></code></td>
 218   <td>Output an image of the open alignment window.  Format is specified by the subval modifier, a following <code>--type</code> argument or guessed from the file extension.  Valid formats/extensions are:
 219   <code>svg</code>,
 220   <code>png</code>,
 221   <code>eps</code>,
 222   <code>html</code>,
 223   <code>biojs</code>
 224   </td>
 225   <td>
 226     <code>type=<em>image format</em>,
 227     <code>textrenderer=<em>text format</em>
 228   </td>
 229   <td align="center">&#x2713;</td>
 230   </tr>
 231
 232   <tr>
 233   <td><code>--type&nbsp;<em>image format</em></code></td>
 234   <td>Set the image format for the preceding <code>--image</code>.  Valid values are:
 235   <code>svg</code>,
 236   <code>png</code>,
 237   <code>eps</code>,
 238   <code>html</code>,
 239   <code>biojs</code>
 240   </td>
 241   <td></td>
 242   <td align="center">&#x2713;</td>
 243   </tr>
 244
 245   <tr>
 246   <td><code>--textrenderer&nbsp;<em>text format</em></code></td>
 247   <td>Sets whether text in a vector image format (SVG, HTML, EPS) should be rendered as text or vector line-art.  Possible values are:
 248     <code>text</code>,
 249     <code>lineart</code>
 250   </td>
 251   <td></td>
 252   <td align="center">&#x2713;</td>
 253   </tr>
 254
 255   <tr>
 256   <td><code>--output&nbsp;<em>outputfilename</em></code></td>
 257   <td>Export the open alignment.  Format is specified by the subval modifier, a following <code>--format</code> argument or guessed from the file extension.  Valid formats/extensions are:
 258   <br/>
 259   Fasta (<code>fa, fasta</code>),
 260   <br/>
 261
 262   </td>
 263   <td></td>
 264   <td align="center">&#x2713;</td>
 265   </tr>
 266
 267
 268   <tr>
 269   <td><code>--&nbsp;<em></em></code></td>
 270   <td></td>
 271   <td></td>
 272   <td align="center">&#x2713;</td>
 273   </tr>
 274
 275
 276   <tr>
 277   <td><code>--&nbsp;<em></em></code></td>
 278   <td></td>
 279   <td></td>
 280   <td align="center">&#x2713;</td>
 281   </tr>
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 300
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 302
 303
 304
 305
 306   <tr>
 307   <td><code>--&nbsp;<em></em></code></td>
 308   <td></td>
 309   <td></td>
 310   <td align="center">&#x2713;</td>
 311   </tr>
 312
 313
 314
 315   </table>