help/help/html/features/clarguments.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
   4  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
   5  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
   6  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   7  *
   8  * You should have received a copy of the GNU General Public License
   9  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  10  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  11  -->
  12 <title>Jalview Command Line Arguments: summary</title>
  13 <body>
  14
  15   <h1>Jalview Command Line Arguments: summary</h1>
  16
  17   <p>
  18   Jalview Command Line Arguments: summary
  19   <br/>
  20   <a href="clarguments-intro.html">Jalview Command Line Arguments: introduction</a>
  21   <br/>
  22   <a href="clarguments-basic.html">Jalview Command Line Arguments: basic usage</a>
  23   <br/>
  24   <a href="clarguments-advanced.html">Jalview Command Line Arguments: advanced usage</a>
  25   <br/>
  26   <a href="clarguments-argfiles.html">Jalview Command Line Arguments: argfiles</a>
  27   </p>
  28
  29   <hr/>
  30
  31
  32   <h2>Initialising arguments</h2>
  33
  34   <table border="1" cellpadding="3">
  35     <tr valign="top">
  36     <td><strong>argument</strong></td>
  37     <td><strong>action</strong></td>
  38     </tr>
  39
  40     <tr valign="top">
  41     <td><code>&#8209;&#8209;help / -h</code></td>
  42     <td>Display a help statement</td>
  43     </tr>
  44
  45     <tr valign="top">
  46     <td><code>&#8209;&#8209;headless</code></td>
  47     <td>Run Jalview in headless mode.  No GUI interface will be created and Jalview will quit after all arguments have been processed.</td>
  48     </tr>
  49
  50     <tr valign="top">
  51     <td><code>&#8209;&#8209;jabaws&nbsp;<em>URL</em></code></td>
  52     <td>Set a different URL to connect to a JABAWS server.</td>
  53     </tr>
  54
  55     <tr valign="top">
  56     <td><code>&#8209;&#8209;news / &#8209;&#8209;nonews</code></td>
  57     <td>Show (or don't show) the news feed.</td>
  58     </tr>
  59
  60     <tr valign="top">
  61     <td><code>&#8209;&#8209;splash / &#8209;&#8209;nosplash</code></td>
  62     <td>Show (or don't show) the About Jalview splash screen.</td>
  63     </tr>
  64
  65     <tr valign="top">
  66     <td><code>&#8209;&#8209;questionnaire / &#8209;&#8209;noquestionnaire</code></td>
  67     <td>Show (or don't show) the questionnaire if one is available.</td>
  68     </tr>
  69
  70     <tr valign="top">
  71     <td><code>&#8209;&#8209;usagestats / &#8209;&#8209;nousagestats</code></td>
  72     <td>Send (or don't send) initial launch usage stats. <em>Note: usage stats are useful for future funding for Jalview!</em></td>
  73     </tr>
  74
  75     <tr valign="top">
  76     <td><code>&#8209;&#8209;webservicediscovery / &#8209;&#8209;nowebservicediscovery</code></td>
  77     <td>Attempt (or don't attempt) to connect to JABAWS web services.</td>
  78     </tr>
  79
  80     <tr valign="top">
  81     <td><code>&#8209;&#8209;props&nbsp;<em>filename</em></code></td>
  82     <td>Use file <em>filename</em> as the preferences file <em>instead</em> of the usual <code>~/.jalview_properties</code> file.</td>
  83     </tr>
  84
  85     <tr valign="top">
  86     <td><code>&#8209;&#8209;debug</code></td>
  87     <td>Start Jalview in debug log level.</td>
  88     </tr>
  89
  90     <tr valign="top">
  91     <td><code>&#8209;&#8209;quiet</code></td>
  92     <td>Stop all output to STDOUT (after the Java Virtual Machine has started).  Use <code>&#8209;&#8209;quiet</code> a second time to stop all output to STDERR.</td>
  93     </tr>
  94
  95     <tr valign="top">
  96     <td><code>&#8209;&#8209;initsubstitutions / &#8209;&#8209;noinitsubstitutions</code></td>
  97     <td>Set <code>&#8209;&#8209;substitutions</code> to be initially enabled (or initially disabled).</td>
  98     </tr>
  99
 100     <tr valign="top">
 101     <td><code>&#8209;&#8209;threads <em>NUMBER</em></code></td>
 102     <td>When opening multiple alignment windows, set a limit of <em>NUMBER</em> alignments being processed at one time.  The default is 3.</td>
 103     </tr>
 104
 105     <tr valign="top">
 106     <td><code>&#8209;&#8209;jvmmempc=<em>PERCENT</em></code></td>
 107     <td>
 108       Limit maximum heap size (memory) to <em>PERCENT</em>% of total physical memory detected.
 109       This defaults to 90 if total physical memory can be detected.
 110       <br/>
 111       The equals sign ("=") separator must be used with no spaces.
 112       <br/>
 113       See <a href="../memory.html">Memory usage settings for Jalview</a> for more details.
 114     </td>
 115     </tr>
 116
 117     <tr valign="top">
 118     <td><code>&#8209;&#8209;jvmmemmax=<em>MAXMEMORY</em></code></td>
 119     <td>
 120       Limit maximum heap size (memory) to <em>MAXMEMORY</em>. <em>MAXMEMORY</em> can be specified in bytes, kilobytes(k), megabytes(m),
 121       gigabytes(g) or if you're lucky enough, terabytes(t).
 122       This defaults to 32g if total physical memory can be detected, or to 8g if total physical memory cannot be detected.
 123       <br/>
 124       The equals sign ("=") separator must be used with no spaces.
 125       <br/>
 126       See <a href="../memory.html">Memory usage settings for Jalview</a> for more details.
 127     </td>
 128     </tr>
 129
 130   </table>
 131
 132
 133   <h2>Opening an alignment</h2>
 134
 135   <table border="1" cellpadding="3">
 136     <tr valign="top">
 137     <td><strong>argument</strong></td>
 138     <td><strong>action</strong></td>
 139     <td><strong>sub-value modifiers</strong> (optional)</td>
 140     <td><strong>linked</strong> (optional)</td>
 141     </tr>
 142
 143     <tr valign="top">
 144     <td><code>&#8209;&#8209;open&nbsp;<em>filename/URL ...</em></code></td>
 145     <td>
 146     Opens one or more alignment files <em>filename</em> or URLs <em>URL</em> in new alignment windows.
 147     </td>
 148     <td>
 149       <code>
 150         colour=<em>name</em>,
 151         <br/>
 152         title=<em>string</em>,
 153         <br/>
 154         features=<em>filename</em>,
 155         <br/>
 156         annotations=<em>filename</em>,
 157         <br/>
 158         tree=<em>filename</em>,
 159         <br/>
 160         showannotations,
 161         <br/>
 162         showssannotations,
 163         <br/>
 164         sortbytree,
 165         <br/>
 166         wrap
 167       </code>
 168     </td>
 169     <td align="center">&#x2713;</td>
 170     </tr>
 171
 172     <tr valign="top">
 173     <td><code>&#8209;&#8209;append&nbsp;<em>filename/URL ...</em></code></td>
 174     <td>Appends one or more alignment files <em>filename</em> or URLs <em>URL</em> to the open alignment window (or opens a new alignment if none already open).</td>
 175     <td>
 176     <code>
 177         colour=<em>name</em>,
 178         <br/>
 179         title=<em>string</em>,
 180         <br/>
 181         features=<em>filename</em>,
 182         <br/>
 183         annotations=<em>filename</em>,
 184         <br/>
 185         tree=<em>filename</em>,
 186         <br/>
 187         showannotations,
 188         <br/>
 189         showssannotations,
 190         <br/>
 191         sortbytree,
 192         <br/>
 193         wrap
 194       </code>
 195     </td>
 196     <td align="center">&#x2713;</td>
 197     </tr>
 198
 199     <tr valign="top">
 200     <td><code>&#8209;&#8209;title&nbsp;<em>"string""</em></code></td>
 201     <td>Specifies the title for the open alignment window as <em>string</em>.</td>
 202     <td></td>
 203     <td align="center">&#x2713;</td>
 204     </tr>
 205
 206     <tr valign="top">
 207     <td><code>&#8209;&#8209;colour&nbsp;<em>name</em></code></td>
 208     <td>Applies the colour scheme <em>name</em> to the open alignment window.  Valid values for <em>name</em> are:
 209     <br/>
 210     <code>clustal</code>,
 211     <br/>
 212     <code>blosum62</code>,
 213     <br/>
 214     <code>pc-identity</code>,
 215     <br/>
 216     <code>zappo</code>,
 217     <br/>
 218     <code>taylor</code>,
 219     <br/>
 220     <code>gecos-flower</code>,
 221     <br/>
 222     <code>gecos-blossom</code>,
 223     <br/>
 224     <code>gecos-sunset</code>,
 225     <br/>
 226     <code>gecos-ocean</code>,
 227     <br/>
 228     <code>hydrophobic</code>,
 229     <br/>
 230     <code>helix-propensity</code>,
 231     <br/>
 232     <code>strand-propensity</code>,
 233     <br/>
 234     <code>turn-propensity</code>,
 235     <br/>
 236     <code>buried-index</code>,
 237     <br/>
 238     <code>nucleotide</code>,
 239     <br/>
 240     <code>nucleotide-ambiguity</code>,
 241     <br/>
 242     <code>purine-pyrimidine</code>,
 243     <br/>
 244     <code>rna-helices</code>,
 245     <br/>
 246     <code>t-coffee-scores</code>,
 247     <br/>
 248     <code>sequence-id</code>.
 249     <td></td>
 250     <td align="center">&#x2713;</td>
 251     </tr>
 252
 253     <tr valign="top">
 254     <td><code>&#8209;&#8209;features&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 255     <td>Add a feature file <em>filename</em> or URL <em>URL</em> to the open alignment.</td>
 256     <td></td>
 257     <td align="center">&#x2713;</td>
 258     </tr>
 259
 260
 261
 262     <tr valign="top">
 263     <td><code>&#8209;&#8209;tree&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 264     <td>Add a tree file <em>filename</em> or URL <em>URL</em> to the open alignment.</td>
 265     <td></td>
 266     <td align="center">&#x2713;</td>
 267     </tr>
 268
 269     <tr valign="top">
 270     <td><code>&#8209;&#8209;sortbytree / &#8209;&#8209;nosortbytree</code></td>
 271     <td>Enforces sorting (or not sorting) the alignment in the order of an attached phylogenetic tree.</td>
 272     <td></td>
 273     <td align="center">&#x2713;</td>
 274     </tr>
 275
 276
 277     <tr valign="top">
 278     <td><code>&#8209;&#8209;annotations&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 279     <td>Add an annotations file <em>filename</em> or URL <em>URL</em> to the open alignment.</td>
 280     <td></td>
 281     <td align="center">&#x2713;</td>
 282     </tr>
 283
 284     <tr valign="top">
 285     <td><code>&#8209;&#8209;showannotations / &#8209;&#8209;noshowannotations</code></td>
 286     <td>Enforces showing (or not showing) alignment annotations.</td>
 287     <td></td>
 288     <td align="center">&#x2713;</td>
 289     </tr>
 290
 291     <tr valign="top">
 292     <td><code>&#8209;&#8209;wrap / &#8209;&#8209;nowrap</code></td>
 293     <td>Enforces wrapped (or not wrapped) alignment formatting.</td>
 294     <td></td>
 295     <td align="center">&#x2713;</td>
 296     </tr>
 297
 298     <tr valign="top">
 299     <td><code>&#8209;&#8209;nostructure</code></td>
 300     <td>Do not open or process any 3D structure in the <code>&#8209;&#8209;open</code> or <code>&#8209;&#8209;append</code> files.</td>
 301     <td></td>
 302     <td align="center">&#x2713;</td>
 303     </tr>
 304
 305   </table>
 306
 307
 308   <h2>Adding a 3D structure</h2>
 309
 310   <table border="1" cellpadding="3">
 311     <tr valign="top">
 312     <td><strong>argument</strong></td>
 313     <td><strong>action</strong></td>
 314     <td><strong>sub-value modifiers</strong> (optional)</td>
 315     <td><strong>linked</strong> (optional)</td>
 316     </tr>
 317
 318     <tr valign="top">
 319     <td><code>&#8209;&#8209;structure&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 320     <td>Load a structure file <em>filename</em> or URL <em>URL</em> associated with a sequence in the open alignment.  The sequence to be associated with can be specified with a following <code>&#8209;&#8209;seqid</code> argument, or the sub-value modifier <code>seqid=<em>ID</em></code> can be used.  A sub-value <em>INDEX</em> can also be used to specify the <em>INDEX-th</em> sequence in the open alignment.</td>
 321     <td>
 322       <code>
 323         seqid=<em>id</em></code> or <code><em>INDEX</em>,
 324         <br/>
 325         paefile=<em>filename</em>,
 326         <br/>
 327         tempfac=<em>name</em>,
 328         <br/>
 329         showssannotations,
 330         <!--
 331         <br/>
 332         notempfac,
 333         -->
 334         <br/>
 335         structureviewer=<em>name</em>
 336       </code></td>
 337     <td align="center">&#x2713;</td>
 338     </tr>
 339
 340
 341     <tr valign="top">
 342     <td><code>&#8209;&#8209;seqid&nbsp;<em>ID</em></code></td>
 343     <td>Specify the sequence name for the preceding <code>&#8209;&#8209;structure</code> to be associated with.</td>
 344     <td></td>
 345     <td align="center">&#x2713;</td>
 346     </tr>
 347
 348
 349     <tr valign="top">
 350     <td><code>&#8209;&#8209;paematrix&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 351     <td>Add a PAE json matrix file <em>filename</em> to the preceding <code>&#8209;&#8209;structure</code>.</td>
 352     <td></td>
 353     <td align="center">&#x2713;</td>
 354     </tr>
 355
 356
 357     <tr valign="top">
 358     <td><code>&#8209;&#8209;tempfac&nbsp;<em>name</em></code></td>
 359     <td>Set the type of temperature factor.  Valid values for <em>name</em> are:
 360       <br/>
 361       <code>default</code>,
 362       <br/>
 363       <code>plddt</code>
 364     </td>
 365     <td></td>
 366     <td align="center">&#x2713;</td>
 367     </tr>
 368
 369
 370     <tr valign="top">
 371     <td><code>&#8209;&#8209;structureviewer&nbsp;<em>name</em></code></td>
 372     <td>Set the structure viewer to use to open the 3d structure file specified in previous <code>&#8209;&#8209;structure</code> to <em>name</em>.  Valid values of <em>name</em> are:
 373     <br/>
 374     <code>none</code>,
 375     <br/>
 376     <code>jmol</code>,
 377     <br/>
 378     <code>chimera</code> <em>- requires installation, might need configuring in Preferences</em>,
 379     <br/>
 380     <code>chimerax</code> <em>- requires installation, might need configuring in Preferences</em>,
 381     <br/>
 382     <code>pymol</code> <em>- requires installation, might need configuring in Preferences</em>
 383     </td>
 384     <td></td>
 385     <td align="center">&#x2713;</td>
 386     </tr>
 387
 388
 389     <!--
 390     <tr valign="top">
 391     <td><code>&#8209;&#8209;notempfac</code></td>
 392     <td>Do not show the temperature factor annotation for the preceding <code>&#8209;&#8209;structure</code></td>
 393     <td></td>
 394     <td align="center">&#x2713;</td>
 395     </tr>
 396     -->
 397
 398
 399     <tr valign="top">
 400     <td><code>&#8209;&#8209;showssannotations / &#8209;&#8209;noshowssannotations</code></td>
 401     <td>Do not show secondary structure annotations for the preceding <code>&#8209;&#8209;structure</code></td>
 402     <td></td>
 403     <td align="center">&#x2713;</td>
 404     </tr>
 405
 406   </table>
 407
 408
 409   <h2>Outputting files</h2>
 410
 411   <table border="1" cellpadding="3">
 412     <tr valign="top">
 413     <td><strong>argument</strong></td>
 414     <td><strong>action</strong></td>
 415     <td><strong>sub-value modifiers</strong> (optional)</td>
 416     <td><strong>linked</strong> (optional)</td>
 417     </tr>
 418
 419     <tr valign="top">
 420     <td><code>&#8209;&#8209;output&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 421     <td>Export the open alignment to file <em>filename</em>.  The format <em>name</em> is specified by the sub-value modifier <code>format=<em>name</em></code>, a following <code>&#8209;&#8209;format <em>name</em></code> argument or guessed from the file extension.  Valid format names (and file extensions) are:
 422     <br/>
 423     <code>fasta</code> (<code>fa, fasta, mfa, fastq</code>),
 424     <br/>
 425     <code>pfam</code> (<code>pfam</code>),
 426     <br/>
 427     <code>stockholm</code> (<code>sto, stk</code>),
 428     <br/>
 429     <code>pir</code> (<code>pir</code>),
 430     <br/>
 431     <code>blc</code> (<code>blc</code>),
 432     <br/>
 433     <code>amsa</code> (<code>amsa</code>),
 434     <br/>
 435     <code>json</code> (<code>json</code>),
 436     <br/>
 437     <code>pileup</code> (<code>pileup</code>),
 438     <br/>
 439     <code>msf</code> (<code>msf</code>),
 440     <br/>
 441     <code>clustal</code> (<code>aln</code>),
 442     <br/>
 443     <code>phylip</code> (<code>phy</code>),
 444     <br/>
 445     <code>jalview</code> (<code>jvp, jar</code>).
 446     </td>
 447     <td><code>format=<em>name</em></code></td>
 448     <td align="center">&#x2713;</td>
 449     </tr>
 450
 451     <tr valign="top">
 452     <td><code>&#8209;&#8209;format&nbsp;<em>name</em></code></td>
 453     <td>Sets the format for the preceding <code>&#8209;&#8209;output</code> file.  Valid formats are:
 454     <br/>
 455     <code>fasta</code>,
 456     <br/>
 457     <code>pfam</code>,
 458     <br/>
 459     <code>stockholm</code>,
 460     <br/>
 461     <code>pir</code>,
 462     <br/>
 463     <code>blc</code>,
 464     <br/>
 465     <code>amsa</code>,
 466     <br/>
 467     <code>json</code>,
 468     <br/>
 469     <code>pileup</code>,
 470     <br/>
 471     <code>msf</code>,
 472     <br/>
 473     <code>clustal</code>,
 474     <br/>
 475     <code>phylip</code>,
 476     <br/>
 477     <code>jalview</code>.
 478     </td>
 479     <td></td>
 480     <td align="center">&#x2713;</td>
 481     </tr>
 482
 483     <tr valign="top">
 484     <td><code>&#8209;&#8209;image&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 485     <td>Output an image of the open alignment window.  Format is specified by the sub-value modifier, a following <code>&#8209;&#8209;type</code> argument or guessed from the file extension.  Valid formats/extensions are:
 486     <br/>
 487     <code>svg</code>,
 488     <br/>
 489     <code>png</code>,
 490     <br/>
 491     <code>eps</code>,
 492     <br/>
 493     <code>html</code>,
 494     <br/>
 495     <code>biojs</code>.
 496     </td>
 497     <td>
 498       <code>type=<em>name</em>,
 499       <code>textrenderer=<em>name</em>,
 500       <code>scale=<em>number</em>,
 501       <code>width=<em>number</em>,
 502       <code>height=<em>number</em>
 503     </td>
 504     <td align="center">&#x2713;</td>
 505     </tr>
 506
 507     <tr valign="top">
 508     <td><code>&#8209;&#8209;type&nbsp;<em>name</em></code></td>
 509     <td>Set the image format for the preceding <code>&#8209;&#8209;image</code> to <em>name</em>.  Valid values for <em>name</em> are:
 510     <br/>
 511     <code>svg</code>,
 512     <br/>
 513     <code>png</code>,
 514     <br/>
 515     <code>eps</code>,
 516     <br/>
 517     <code>html</code>,
 518     <br/>
 519     <code>biojs</code>.
 520     </td>
 521     <td></td>
 522     <td align="center">&#x2713;</td>
 523     </tr>
 524
 525     <tr valign="top">
 526     <td><code>&#8209;&#8209;textrenderer&nbsp;<em>name</em></code></td>
 527     <td>Sets whether text in a vector image format (SVG, HTML, EPS) should be rendered as text or vector line-art.  Valid values for <em>name</em> are:
 528     <br/>
 529     <code>text</code>,
 530     <br/>
 531     <code>lineart</code>.
 532     </td>
 533     <td></td>
 534     <td align="center">&#x2713;</td>
 535     </tr>
 536
 537     <tr valign="top">
 538     <td><code>&#8209;&#8209;scale&nbsp;<em>number</em></code></td>
 539     <td>Sets a scaling for bitmap image format (PNG).  Should be given as a floating point number.  This can also be set as a sub-value modifier to the <code>--image</code> value.  If used in conjunction with <code>--width</code> and <code>--height</code> then the smallest scaling will be used (<code>scale</code>, <code>width</code> and <code>height</code> provide bounds for the image).</td>
 540     <td></td>
 541     <td align="center">&#x2713;</td>
 542     </tr>
 543
 544     <tr valign="top">
 545     <td><code>&#8209;&#8209;width&nbsp;<em>number</em></code></td>
 546     <td>Sets a width for bitmap image format (PNG) with the height maintaining the aspect ratio.  Should be given as a positive integer.  This can also be set as a sub-value modifier to the <code>--image</code> value.  If used in conjunction with <code>--scale</code> and <code>--height</code> then the smallest scaling will be used (<code>scale</code>, <code>width</code> and <code>height</code> provide bounds for the image).</td>
 547     <td></td>
 548     <td align="center">&#x2713;</td>
 549     </tr>
 550
 551     <tr valign="top">
 552     <td><code>&#8209;&#8209;height&nbsp;<em>number</em></code></td>
 553     <td>Sets a height for bitmap image format (PNG) with the width maintaining the aspect ratio.  Should be given as a positive integer.  This can also be set as a sub-value modifier to the <code>--image</code> value.  If used in conjunction with <code>--scale</code> and <code>--width</code> then the smallest scaling will be used (<code>scale</code>, <code>width</code> and <code>height</code> provide bounds for the image).</td>
 554     <td></td>
 555     <td align="center">&#x2713;</td>
 556     </tr>
 557
 558     <tr valign="top">
 559     <td><code>&#8209;&#8209;groovy&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 560     <td>Process a groovy script in the file for the open alignment.</td>
 561     <td></td>
 562     <td align="center">&#x2713;</td>
 563     </tr>
 564
 565     <tr valign="top">
 566     <td><code>&#8209;&#8209;backups / &#8209;&#8209;nobackups</code></td>
 567     <td>Enable (or disable) writing backup files when saving an <code>&#8209;&#8209;output</code> file.  This applies to the current open alignment -- to apply to all <code>&#8209;&#8209;output</code> and <code>&#8209;&#8209;image</code> files, use after <code>&#8209;&#8209;all</code>.</td>
 568     <td></td>
 569     <td align="center">&#x2713;</td>
 570     </tr>
 571
 572     <tr valign="top">
 573     <td><code>&#8209;&#8209;overwrite / &#8209;&#8209;nooverwrite</code></td>
 574     <td>Enable (or disable) overwriting of output files without backups enabled.  This applies to the current open alignment -- to apply to all <code>&#8209;&#8209;output</code> and <code>&#8209;&#8209;image</code> files, use after <code>&#8209;&#8209;all</code>.</td>
 575     <td></td>
 576     <td align="center">&#x2713;</td>
 577     </tr>
 578
 579     <tr valign="top">
 580     <td><code>&#8209;&#8209;close</code></td>
 581     <td>Close the current open alignment window.  This occurs after other output arguments.  This applies to the current open alignment -- to apply to all <code>&#8209;&#8209;output</code> and <code>&#8209;&#8209;image</code> files, use after <code>&#8209;&#8209;all</code>.</td>
 582     <td></td>
 583     <td align="center">&#x2713;</td>
 584     </tr>
 585
 586   </table>
 587
 588
 589   <h2>Controlling flow of arguments</h2>
 590
 591   <table border="1" cellpadding="3">
 592     <tr valign="top">
 593     <td><strong>argument</strong></td>
 594     <td><strong>action</strong></td>
 595     </tr>
 596
 597     <tr valign="top">
 598     <td><code>&#8209;&#8209;new</code></td>
 599     <td>
 600     Move on to a new alignment window.  This will ensure <code>&#8209;&#8209;append</code> will start a new alignment window and other linked arguments will apply to the new alignment window.
 601     <br/>
 602     <em>Note</em> that <code>--open</code> already starts a new alignment window for each file it opens.
 603     </td>
 604     </tr>
 605
 606     <tr valign="top">
 607     <td><code>&#8209;&#8209;substitutions / &#8209;&#8209;nosubstitutions</code></td>
 608     <td>The following argument values allow (or don't allow) subsituting filename parts.  This is initially true.  Valid substitutions are
 609     <code>{basename}</code> - the filename-without-extension of the currently <code>&#8209;&#8209;open</code>ed file (or first <code>&#8209;&#8209;append</code>ed file),
 610     <br/>
 611     <code>{dirname}</code>, - the directory (folder) name of the currently <code>&#8209;&#8209;open</code>ed file (or first <code>&#8209;&#8209;append</code>ed file),
 612     <br/>
 613     <code>{argfilebasename}</code> - the filename-without-extension of the current <code>&#8209;&#8209;argfile</code>,
 614     <br/>
 615     <code>{argfiledirname}</code> - the directory (folder) name of the current <code>&#8209;&#8209;argfile</code>,
 616     <br/>
 617     <code>{n}</code> - the value of the index counter (starting at 0).
 618     <br/>
 619     <code>{++n}</code> - increase and substitute the value of the index counter,
 620     <br/>
 621     <code>{}</code> - the value of the current alignment window <em>default</em> index.
 622     </td>
 623     </tr>
 624
 625     <tr valign="top">
 626     <td><code>&#8209;&#8209;argfile&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 627     <td>
 628     Open one or more files <em>filename</em> and read, line-by-line, as arguments to Jalview.
 629     <br/>
 630     Values in an argfile should be given with an equals sign ("=") separator with no spaces.
 631     <br/>
 632     <strong>Note</strong> that if you use one or more <code>&#8209;&#8209;argfile</code> arguments then all other non-initialising arguments will be ignored.
 633     </td>
 634     </tr>
 635
 636     <tr valign="top">
 637     <td><code>&#8209;&#8209;npp</code></td>
 638     <td>Increase the index counter used in argument value substitutions.</td>
 639     </tr>
 640
 641     <tr valign="top">
 642     <td><code>&#8209;&#8209;all / &#8209;&#8209;noall</code></td>
 643     <td>Apply (or stop applying) the following output arguments to <em>all</em> sets of linked arguments.</td>
 644     </tr>
 645
 646     <tr valign="top">
 647     <td><code>&#8209;&#8209;quit</code></td>
 648     <td>After all files have been opened, appended and output, quit Jalview.  In <code>&#8209;&#8209;headless</code> mode this already happens.</td>
 649     </tr>
 650
 651   </table>
 652
 653 </body>
 654 </html>