JAL-1551 spotlessApply
[jalview.git] / help / help / html / features / creatinFeatures.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Creating Sequence Features</title>
24 </head>
25 <body>
26   <strong>Creating Sequence Features</strong>
27   <p>
28     Jalview can create sequence features from the matches of a <a
29       href="search.html">regular expression search</a>, or from the
30     currently selected area via the <strong>&quot;selection&#8594;Create
31       sequence feature&quot;</strong> entry in the <a
32       href="../menus/popupMenu.html">selection area popup menu</a>. In
33     both cases, the <strong>Create Features</strong> dialog box will
34     then be opened:
35   </p>
36   <p>
37     <img src="crnewfeature.gif">
38   </p>
39   <p>Select or enter the attributes for the features being created,
40     and then press OK to create the new features.</p>
41   <p>Each attribute is described below:
42   <ul>
43     <li><strong>Sequence Feature Name</strong>
44       <p>Either give the new features a new name or use the menu to
45         re-use an existing feature name.</p></li>
46     <li><strong>Feature group</strong>
47       <p>Enter a new group name, or re-use an existing group from
48         the pull-down menu.</p></li>
49     <li><strong>Feature Colour</strong>
50       <p>Keep the existing colour for this feature's name and group,
51         or select the colour box to open a colour chooser to pick a
52         different one.</p></li>
53     <li><strong>Description</strong>
54       <p>Enter a description for all the features being created.
55         Each feature defined on a sequence may have its own description
56         that will be displayed in the tooltip for the feature in that
57         region.</p></li>
58   </ul>
59   </p>
60   <p>
61     <em>Sequence Feature Creation was introduced in Jalview Version
62       2.2</em>
63   </p>
64 </body>
65 </html>