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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Creating Sequence Features</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <strong>Creating Sequence Features</strong>
  27   <p>
  28     Jalview can create sequence features from the matches of a <a
  29       href="search.html">regular expression search</a>, or from the
  30     currently selected area via the <strong>&quot;selection&#8594;Create
  31       sequence feature&quot;</strong> entry in the <a
  32       href="../menus/popupMenu.html">selection area popup menu</a>. In
  33     both cases, the <strong>Create Features</strong> dialog box will
  34     then be opened:
  35   </p>
  36   <p>
  37     <img src="crnewfeature.gif">
  38   </p>
  39   <p>Select or enter the attributes for the features being created,
  40     and then press OK to create the new features.</p>
  41   <p>Each attribute is described below:
  42   <ul>
  43     <li><strong>Sequence Feature Name</strong>
  44       <p>Either give the new features a new name or use the menu to
  45         re-use an existing feature name.</p></li>
  46     <li><strong>Feature group</strong>
  47       <p>Enter a new group name, or re-use an existing group from
  48         the pull-down menu.</p></li>
  49     <li><strong>Feature Colour</strong>
  50       <p>Keep the existing colour for this feature's name and group,
  51         or select the colour box to open a colour chooser to pick a
  52         different one.</p></li>
  53     <li><strong>Description</strong>
  54       <p>Enter a description for all the features being created.
  55         Each feature defined on a sequence may have its own description
  56         that will be displayed in the tooltip for the feature in that
  57         region.</p></li>
  58   </ul>
  59   </p>
  60   <p>
  61     <em>Sequence Feature Creation was introduced in Jalview Version
  62       2.2</em>
  63   </p>
  64 </body>
  65 </html>