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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sequence Feature Settings Dialog Box</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Sequence Feature Settings Dialog Box</strong>
  28   </p>
  29         <p>
  30                 Select <strong>View&#8594;Feature Settings...</strong> in an alignment
  31                 window to open the feature settings dialog box, which allows
  32                 precise control of the visibility and appearance of sequence features for
  33                 an alignment view.
  34         </p>
  35         <div align="center">
  36     <img src="featureSettings.png" width="400"> <br/>
  37     Sequence Feature Settings for the Jalview Application (version 2.11)
  38   </div>
  39         <p>The top section of the dialog box lists all the sequence feature
  40                 groups, along with a tickbox for each that controls whether its
  41                 features are displayed. When many groups are present, their names may
  42                 be truncated, but the full name is shown in a tooltip when the mouse
  43                 hovers over their checkbox.</p>
  44                 <p><em>Feature colour schemes and filters</em>
  45         <p>
  46                 The table in the middle lists all the feature types in the currently
  47                 selected groups, along with their display style, any configured
  48                 filters, and a tickbox indicating whether the type is enabled for
  49                 display.</p><p>Features may be highlighted with either a single colour or a <a
  50       href="featureschemes.html">feature colourscheme</a> based on
  51     either the scores associated with that feature or from the feature's
  52     description (e.g. to distinguish different names associated with a
  53     DOMAIN feature).The colour used for a feature can
  54                                 be changed by clicking on its <strong><em>colour box</em></strong>. To configure the shading
  55                                 style or filter for a feature, click its <strong><em>configuration</em></strong> box.
  56         </p>
  57           <p>
  58     <em>Feature settings pop-up menu</em><br> <strong>Right-click</strong>
  59     on a feature to open a pop-up menu that allows you to
  60   <ul>
  61     <li>Hide, show and select columns containing that feature</li>
  62     <li>Sort the alignment or current selection according to count or score for that feature
  63       type (see below)</li>
  64   </ul>
  65
  66         <p>
  67                 <strong>Transparency and Feature Ordering</strong>
  68         </p>
  69         <p>Sequence features represent a variety of different types of
  70                 positional annotation, and often overlap. For example, a metal binding
  71                 site feature may be attached to one position along a stretch of
  72                 sequence marked with a secondary structure feature.</p>
  73         <p>
  74     The ordering of the sequence features in the dialog box list is the
  75     order used by Jalview for rendering sequence features. A feature at
  76     the bottom of the list is rendered <em>below</em> a feature higher
  77     up in the list.<br> <em><strong>You can change
  78         the order of a feature by dragging it up and down the list with
  79         the mouse.</strong></em>
  80   </p>
  81         <p>
  82                 Use the <strong><em>Optimise order</em></strong> button to adjust the
  83                 feature render ordering to place features that on average cover shorter regions
  84                 of sequence above features annotating longer regions.
  85         </p>
  86         <p><a name="transparency"></a>
  87     The <strong><em>transparency slider</em></strong> controls
  88     the visibility of features rendered below other features. Reducing
  89     the transparency will mean that features at the top of the list can
  90     obscure features lower down, and increasing it allows the user to
  91     'see through' the upper layers of a set of features.
  92   </p>
  93   <p>
  94     <strong><em>You can save all features, with their
  95         current colours and visibility in a Jalview format file.  </em></strong>
  96   </p>
  97   <p>
  98     <a name="selectbyfeature"><strong>Selecting alignment
  99         columns by feature</strong></a>
 100   </p>
 101   <p>
 102                 Double-clicking a <strong>feature type</strong> in the <strong>Feature
 103                         Settings</strong> dialog allows you to select columns in the
 104                 alignment that contain (or do not contain) features of that type that
 105                 are currently visible (e.g. not filtered out or otherwise excluded due
 106                 to an applied colour scheme threshold). If a region of the alignment
 107                 is currently selected, then only features in the current selection
 108                 will be searched. The following keys affect the way in which
 109                 selections are made:<ul>
 110     <li>Hold down <strong>Alt</strong> to select columns not
 111       containing features of a particular type.
 112     </li>
 113     <li>Hold down <strong>Shift</strong> to add columns to the
 114       current selection.
 115     </li>
 116     <li>Press <strong>Command/Windows key</strong> to toggle column
 117       selection state (XOR)
 118     </li>
 119   </ul>
 120   Options are also provided in the feature's pop-up menu (see below).
 121   <br />
 122   <em>Select columns by feature was added in Jalview 2.8.1</em>
 123   </p>
 124   <p>
 125     <strong><a name="sortbyfeature">Ordering alignment by
 126         features</a></strong>
 127   </p>
 128   <p>
 129     The 'Seq Sort by Score' and 'Seq Sort by Density' buttons will sort
 130     the alignment based on the average score or total number of
 131     currently active features and groups on each sequence. A dialog box
 132     is shown if there are no features to use for sorting sequences. To
 133     order the alignment using a specific feature type, use the
 134     <em>sort by ..</em> entries in the pop-up menu for that type.<br> <br>When
 135     a selected region exists, only features lying within the columns
 136     containing the selected region will be considered, but all sequences
 137     (including those not selected) will be reordered.
 138     <em>Feature sorting and graduated feature colouring were
 139       introduced in Jalview 2.5</em>
 140   </p>
 141
 142 </body>
 143 </html>