JAL-1551 spotlessApply
[jalview.git] / help / help / html / features / jvlfiles.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <title>JVL - Jalview Launch Files</title>
23 <body>
24   <p>
25     <strong>Jalview Launch Files - JVL</strong>
26   </p>
27   <p>Files with a '.jvl' (or .JVL) extension can be opened by the
28     Jalview desktop application, and allow you to:</p>
29   <ul>
30     <li><strong>Switch between different Jalview Versions</strong></li>
31     <li><strong>Configure the <a href="../memory.html">proportion
32           of memory</a> allocated to Jalview
33     </strong></li>
34     <li><strong>Import data and pass <a
35         href="clarguments.html">command line arguments</a></strong></li>
36   </ul>
37   <p>
38     Some example JVL files are given below - copy and paste them into a
39     text editor and save them as a file with the extension '.jvl'. To
40     test, open your saved .jvl file via the OSX File Chooser or Windows
41     file explorer, or pass it to Jalview via the <a
42       href="./commandline.html">command line</a>
43   </p>
44   <p>
45     <strong>Passing command line arguments</strong>
46   <pre>
47 # Jalview Launch File
48 # Please install the Jalview Desktop from 
49 # https://www.jalview.org/getdown/release
50 # and then try to open this file again
51 jalview.apparg=-open
52 jalview.apparg=https://www.jalview.org/examples/jpred_msa.fasta
53 jalview.apparg=-annotations
54 jalview.apparg=https://www.jalview.org/examples/jpred_msa.seq.concise
55 jalview.apparg=-colour
56 jalview.apparg=Clustal
57 </pre>
58   <p>
59     <strong>Launching a different version of Jalview</strong>
60   <pre>
61 # Jalview Launch File
62 # Please install the Jalview Desktop from 
63 # http://www.jalview.org/getdown/release
64 # and then try to open this file again
65 appbase=https://www.jalview.org/getdown/archive/2_10_5/
66 </pre>
67   For security, the Jalview application will only allow
68   <em>appbase</em> URLs from www.jalview.org.
69 </body>
70 </html>