help/help/html/features/multipleViews.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Multiple Alignment Views</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Multiple Alignment Views</strong>
  28   </p>
  29   <p>Multiple alignment views allow the same alignment to be viewed
  30     independently in many different ways simultaneously. Each view is an
  31     independent visualization of the same alignment, so each may have a
  32     different ordering, colouring, row and column hiding and sequence
  33     feature and annotation display setting, but alignment, feature and
  34     annotation edits are common to all, since this affects the
  35     underlying data.</p>
  36   <p>
  37     Create a new view using the <strong>&quot;View&#8594;New
  38       View&quot;</strong> menu item, or by pressing <strong>Control+T</strong>. A
  39     newly created view will be identical to the view it was created
  40     from, but any changes to the way the alignment is coloured or
  41     displayed will only affect the new view.
  42   </p>
  43   <!--  TODO sharing selections between views -->
  44   <p>
  45     A particular view may focus on some specific aspect of an alignment
  46     - for example, hiding all but the region of an alignment containing
  47     a particular domain. <strong>Right-clicking</strong> a view's tab
  48     opens the View Name dialog box, allowing it to be renamed to
  49     something more meaningful.
  50   </p>
  51   <p>
  52     <strong>Viewing Multiple Views Simultaneously</strong>
  53   </p>
  54   <p>
  55     Multiple views of an alignment are, by default, gathered together as
  56     tabs within a single alignment window. They can be viewed
  57     simultanously by pressing <strong>X</strong> (or via <strong>&quot;View&#8594;Expand&quot;</strong>)
  58     to expand each view into its own linked alignment window. Expanded
  59     views are gathered back into a single tabbed alignment window by
  60     pressing <strong>G</strong>, or by selecting <strong>&quot;View&#8594;Gather&quot;</strong>.
  61   </p>
  62   <p>
  63     <strong>Hidden Sequence Representatives and Multiple Views</strong>
  64   </p>
  65   <p>
  66     There are some unexpected interactions between hidden sequence
  67     representatives and their display in multiple views. See the
  68     corresponding entry in the <a href="hiddenRegions.html">documentation
  69       for hidden regions</a>.
  70   </p>
  71   <p>
  72     <strong>Structure and Analysis Viewers and Multiple Views</strong>
  73   </p>
  74   <p>
  75     A tree calculated on a particular view, or loaded onto it, is by
  76     default associated with just that view. However, the <a
  77       href="../calculations/treeviewer.html">Tree Viewer's</a> <strong>&quot;View&#8594;Associate
  78       leaves&quot;</strong> submenu allows a tree's view association to be
  79     changed to to any or all other views.
  80   </p>
  81   <p>
  82     The results of a <a href="../calculations/pca.html">PCA
  83       calculation</a> on a particular view may also be associated with other
  84     views, using the PCA Viewer's <strong>&quot;View&#8594;Associate
  85       Nodes&quot;</strong> submenu.
  86   </p>
  87   <p>
  88     <a href="jmol.html">PDB Structure Viewers</a> opened on a structure
  89     associated with a sequence in a particular view are now (as of
  90     Jalview 2.3) associated with the same sequence in all views. This
  91     means that when 'Colour by Sequence' is selected in the structure
  92     view, the colour will be updated to the colours given in the view
  93     with the current input focus.
  94     <!--
  95  also, by default, only be associated
  96 with the sequence as it is displayed in that view. The
  97 &quot;View&#8594;Associate View&quot; submenu allows the association of
  98 alternative views.</p> -->
  99   <p>
 100     <em>Multiple Views were introduced in Jalview 2.2</em>
 101   </p>
 102 </body>
 103 </html>