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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Overview Window</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>View&#8594;Overview window</strong>
28   </p>
29   <p>Select the overview window menu item to get a navigable image
30     of the whole alignment. By default, gaps are shown as dark grey, in
31     the overview (since 2.10.2b1).</p>
32   <p>The red box indicates the currently viewed region of the
33     alignment, this may be moved by clicking and dragging with the
34     mouse.</p>
35   <p>Click anywhere else in the overview to centre the view on that
36     position</p>
37   <p></p>
38   <p>
39     <strong>Hiding hidden regions in the overview</strong>
40   </p>
41   <p>
42     Hidden sequences and columns are by default shown as dark-grey rows
43     and columns in the overview. Hidden regions can also be omitted
44     entirely (to make the Overview 'WYSIWIG') by <strong>Right-clicking</strong>
45     (or CMD-Clicking) to open the overview's popup menu.<br /> <br />
46     <em>The option to include/exclude hidden regions in the
47       overview was introduced in Jalview 2.10.2</em>.
48   
49   <p>
50     <img src="overview.png" width="800" height="196" alt="1hdc.pfam example alignment">
51   </p>
52   <p>&nbsp;</p>
53   <em>Previous to 2.10.2b1, gaps were white, and sequences shown as
54     dark grey unless coloured.</em>
55 </body>
56 </html>