help/help/html/features/paematrices.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Working with PAE Matrices in Jalview</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27         <p>
  28                 <strong>Working with Predicted Alignment Error Matrices in
  29                         Jalview</strong>
  30         </p>
  31
  32         <p>Predicted Alignment Error matrices are produced by deep-learning
  33                 based 3D-structure prediction pipelines such as AlphaFold.</p>
  34         <p>
  35                 Jalview retrieves PAE matrices when importing predicted 3D structures
  36                 from the EBI-AlphaFold database via <a
  37                         href="../features/structurechooser.html">Jalview's structure
  38                         chooser</a> GUI.
  39         </p>
  40         <p>
  41                 If you have produced your own models using a pipeline such as
  42                 ColabFold, then you can load it via the 'Add PAE matrix file' button
  43                 in the <a href="../features/structurechooser.html#loadpdbfile">Load
  44                         PDB File</a> dropdown menu in the 3D structure chooser, providing it is
  45                 in a <a href="../io/paematrixformat.html">supported PAE format</a>. ,
  46                 or the <a href="../features/clarguments-basic.html">Command Line
  47                         Interface</a>. See <a href="../features/paematrices.html">Working
  48                         with PAE Matrices</a> for information on how they are visualised and
  49                 analysed in Jalview.
  50         </p>
  51         </p>
  52         <p>
  53                 An additional <em>Predicted Alignment Error</em> file can also be
  54                 provided when importing 3D structure data. Jalview supports import of
  55                 PAE Matrices provided as <a href="../io/paematrixformat.html">AlphaFold
  56                         format JSON files</a> - which are also produced by ColabFold. See <a
  57                         href="paematrices.html">Working with PAE Matrices</a> for details on
  58                 what Jalview allows you to do with associated PAE matrix data.
  59         </p>
  60         <p>
  61                 <em>The Structure Chooser interface was introduced in Jalview
  62                         2.9. </em>
  63         </p>
  64 </body>
  65 </html>