help/help/html/features/pdbsequencefetcher.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>The PDB Sequence Fetcher</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26
  27   <strong>The PDB Sequence Fetcher</strong>
  28   <p>
  29     Jalview provides a specialised interface that allows fast and
  30     efficient discovery and retrieval of data from the PDB database,
  31     based on the EMBL-EBI's PDBe BioSOLR query interface. It allows
  32     interactive querying of PDB metadata with free text and structured
  33     queries, so structures can be located without prior knowledge of
  34     their database accessions, or <em>via</em> manual cross-referencing
  35     with other bioinformatics websites.
  36   </p>
  37   <p>
  38     To open the PDB Sequence Fetcher, select PDB as the database from
  39     any <a href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a> dialog (opened <em>via</em>
  40     <strong>&quot;File &#8594;Fetch Sequences&quot;</strong>).
  41   </p>
  42   <img src="pdbseqfetcher.png" align="left"
  43     alt="PDB sequence fetcher (introduced in Jalview 2.9)" />
  44
  45   <p>
  46     <a name="pdbfts"><strong>Searching the PDB Database</strong></a>
  47   </p>
  48   <p>To search the PDB, begin typing in the text box. If the
  49     'autosearch' checkbox is enabled, then the results of your query
  50     will be automatically updated and shown in the search results tab;
  51     otherwise, press return to update the results. To access previous
  52     searches, press the down-arrow or click the drop down menu icon at
  53     the side of the search box. If you just want to paste in a list of
  54     IDs, the 'Retrieve IDs' tab provides a batch-retrieval interface.</p>
  55   <p>
  56     You can sort results according to the displayed columns, and select
  57     entries with the mouse and keyboard. Once you have selected one or
  58     more entries, hit the <strong>OK</strong> button to retrieve and
  59     view them in Jalview.
  60   </p>
  61   <p>
  62   <ul>
  63     <li><strong>Searching a specific PDB field</strong><br />If
  64       you want to find structures based on a specific PDB metadata
  65       field, you can select it from the drop-down menu.</li>
  66     <li><strong>Retrieving a unique chain for a PDB entry</strong><br>To
  67       retrieve a specific chain for a PDB entry, append the PDB ID with
  68       a colon followed by the chain code in the search box.<br /> e.g
  69       1xyz:A</li>
  70
  71     <li><strong>Bulk PDB retrieval</strong><br>Multiple PDB
  72       IDs can be specified for retrieval via the
  73       <strong>Retrieve IDs</strong> tab.</li>
  74
  75     <li><strong>Wild card searching</strong><br>The following
  76       wild cards are supported by the EMBL-EBI PDBe query service:
  77       <ul>
  78         <li><strong>?</strong> matches a single character<br />The
  79           search string te?t would match both test and text.</li>
  80         <li><strong>*</strong> matches multiple characters<br />The
  81           search string: tes* - would match test, testing, and tester.</li>
  82       </ul> <em>Note:</em> you can use wildcard characters anywhere in a
  83       query string.<br />For example: te*t - would match test and text.
  84       *est - would match pest and test.</li>
  85     <li><strong>Structured queries</strong><br />The PDBe SOLR
  86       interface supports boolean query syntax, allowing quoted search
  87       strings to be combined with AND, OR, and NOT. Currently, no
  88       special support for constructing these queries is provided in the
  89       query dialog box.</li>
  90   </ul>
  91   <p>
  92     <strong>Customising The PDB Sequence Fetcher</strong>
  93   </p>
  94   <p>
  95     To change the displayed meta-data in the search result, click the
  96     'Configure Displayed Columns' tab, and select the fields you'd like
  97     displayed. These fields can also be configured <em>via</em> the
  98     Structure tab of the <a href="preferences.html#structure">Jalview
  99       Desktop Preferences</a>.
 100   </p>
 101   <p>
 102     <em>The PDB Sequence Fetcher interface was introduced in
 103       Jalview 2.9</em>
 104   </p>
 105 </body>
 106 </html>