help/help/html/features/seqfeaturereport.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
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  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sequence Feature Reports</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Sequence Feature Reports</strong> <br /> Sequence features
  28     can carry a number of attributes. To view all the attributes for a
  29     particular sequence feature, mouse over the feature and <em>right-click</em>
  30     to open the <a href="../menus/popupMenu.html#featuredetails">Popup Menu</a> and
  31     select the feature's entry from the <em>Feature Details</em>
  32     submenu.
  33   </p>
  34   <img src="seqfeaturesrep.png" width="460"
  35     alt="Full details for a particular Sequence Feature can be displayed as HTML in a report window" />
  36   <p>
  37     <em>Virtual Feature Reports</em><br /> When a sequence feature
  38     report is shown for features mapped between CDS and Protein
  39     sequences, the report will include both the original and mapped
  40     feature's location.
  41   </p>
  42   <p>
  43     <strong>Copying and pasting annotation to other programs</strong><br>
  44     The <strong>File&rarr;Save</strong> option in the sequence
  45     annotation report window allows the report to be saved as HTML,
  46     which will preserve links and any other metadata. It is also
  47     possible to copy and paste the text to other programs, but in some
  48     cases, the HTML will not be preserved. In that case, you can toggle
  49     the display of HTML source code with the <strong>Edit&rarr;Show
  50       HTML Source</strong> drop down menu entry.
  51   </p>
  52   <em>Feature Reports were added in Jalview 2.11.</em>
  53 </body>
  54 </html>